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Post-AlphaFold 시대, 단백질을 보는 해상도를 바꾸다: Folddisco를 이용한 구조 모티프 검색 [서울대학교]
단백질의 기능은 전체 구조보다 활성 부위나 금속 결합 자리와 같이 소수의 핵심 잔기가 모인 '구조 모티프'에 의해 결정되는 경우가 빈번하다. 서열상 멀리 떨어져 있는 구조 모티프는 기존의 서열 검색으로는 탐지가 어려우며, 단백질 전체를 비교하는 방식으로는 이를 놓치기 쉽다. AlphaFold의 등장 이후 수 억 개 규모의 단백질 구조가 축적되었으나, 이 데이터에서 특정 모티프를 탐색하는 일은 여전히 쉽지 않은 과제였다. 본 발표에서 소개할 Folddisco(폴드디스코)는 단백질 전체가 아니라 바로 이 '핵심 부위'를 검색의 출발점으로 삼는 도구다. 폴드디스코는 잔기들의 국소적 기하 패턴을 빠르게 색인하고, 흔한 helix나 sheet보다 드문 기하학적 형태에 주목함으로써 기능적으로 의미 있는 자리를 효과적으로 식별하는 알고리즘을 통해 기존 최고 성능 도구 대비 약 20배 빠른 속도를 구현하였다. 본 세미나에서는 폴드디스코의 작동 원리와 함께, 기능이 규명되지 않은 단백질의 기능 추정, GPCR의 활성/비활성 상태 구분, 단백질 결합 부위 탐색 등 누구나 웹과 오픈 소스로 자유롭게 활용할 수 있는 다양한 사례를 소개하며, 단백질을 전체 구조가 아닌 기능의 핵심 단위에서 바라보는 새로운 관점을 제시하고자 한다.
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