유전자를 클로닝하거나 생합성 경로를 재구성하는 모든 연구 현장은 공통된 세 가지 병목에 직면한다: 표적 유전자 확보의 제약, 대용량 DNA 라이브러리 구축의 비효율성, 그리고 완성된 클론을 하나하나 검증해야 하는 시간과 비용.
본 발표에서 소개하는 통합 파이프라인은 이 세 병목을 단계적으로 해소한다. 원재료가 없어도 된다. OligoBridge는 올리고뉴클레오타이드 풀 기반의 자동화 Golden Gate Assembly를 통해 표적 유전자를 완전 합성 방식으로 재구성하며, 183종의 다양한 표적에서 98.8%(423/428)의 플라스미드 구축률을 달성하였다. 원재료를 활용할 수 있는 경우에는 PrimerWeaver(Nucleic Acids Research, 2026)가 제한효소 클로닝, Golden Gate, Gibson Assembly, USER 클로닝 등 다양한 전략에 최적화된 프라이머를 브라우저 기반으로 자동 설계한다. 두 경로로 제작된 구축물은 ClonePrism으로 바로 검증된다. 96-웰 플레이트 기반 3차원 풀링 전략과 Oxford Nanopore Technologies 롱리드 시퀀싱을 결합하여 수백 개의 클론 서열 정보를 20여 회의 반응으로 동시에 해독하며, 개별 Sanger 시퀀싱은 더 이상 필요하지 않다.
세 도구의 통합 파이프라인은 특정 분야에 국한되지 않고, 유전자 확보가 어려운 모든 연구 환경에서 설계부터 검증까지 전 과정의 효율성을 제고한다.