[과학통통 시즌5] 행정은 내가 할게, 연구는 누가 할래? - 논문보고 실험 준비하기 | 최신글 > 연재 > 동향

[과학통통 시즌5] 행정은 내가 할게, 연구는 누가 할래? - 논문보고 실험 준비하기

등록2025.11.13.
조회2014

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등록2025.11.13.
조회2014

연구실에 오신것을 환영합니다. :D

Hi ! - Unsplash free image(HI! ESTUDIO)

연구실에 왔으니 실험을 해볼까요?
실습수업이나 인턴 때에도 이미 많은 실험을 해보셨겠지만,
막상 실험을 계획해 보면 사실 실험의 8할은 ‘준비’라는 것을 알게 되실 거에요.

자 그럼 논문의 method&material 에서 protocol을 찾고,
실험을 계획하고, 실행하기까지 함께 해볼까요?

1. 어디서부터 시작해야 할지 모르겠어요.
실험을 계획할 때 에는 먼저 이 순서를 기억해 보세요.

HOW TO? - Unsplash free image (Walls.io)1) [WHAT? 어떤 실험을 해야 하는지]

실험실의 벤치에서 DNA나 RNA를 추출하는 실험인지,

클린벤치에서 배지를 붓는 작업인지,

형광 염색으로 암실 조건이 필요한 실험인지 등의 기본적인 공간과 환경을 확인하세요.

<Check List>

▽ 해당 실험을 하기 위해 충분히 실험대 위가 깨끗한지 확인하세요.

▽ 클린벤치, 오토클레이브, PCR 기기 등 은 예약이 필요하지 않은지 확인하세요.

▽ 암실 조건은 충분히 갖춰져 있는지 확인하세요.

▽ 인큐베이션 과정이 있다면, 사용하려는 온도로 잘 맞추어져 있는지 확인하세요.

2) [HOW? 실험 과정은 어떠한지]

키트를 이용하여 환자의 대변 샘플에서 DNA를 추출하는 실험을 해야 한다고 가정해 보겠습니다.

키트를 사용할 예정이니 키트의 프로토콜을 확인하면 됩니다.

다만, 연구에 따라 키트의 프로토콜을 변형하는 경우가 있으니 참고 논문에서 다른 점이 있는지 확인하세요.

<Check List>

▽ 전체 과정에서 필요한 장비를 확인하세요. (예, 원심분리기, 볼텍스, 히팅블럭 등)

▽ 실험 소요 시간을 파악하세요. 전체 과정 중 원심분리기를 돌리는 시간은 넉넉잡아 +1~2분씩 더하는 것이 좋습니다.

▽ 바로 이어서 실험을 해야 하는 연구를 한다면, 오전과 오후 시간이 충분히 활용될 수 있는지 계산해 보세요.

▽ 키트에서 제공하지 않는 필수품을 확인하세요. (일반적으로 membrane을 이용한 키트는 Washing buffer에 에탄올을 더하는 과정이 필요합니다.)

▽ 얼음이나 액체질소를 이용하여 냉동/동결하는 단계가 있다면 내가 사용하고도 충분한 양이 있는지 확인하세요.

3) [DONE? NOT DONE! 실험이 끝나고는 어떻게 하죠?]

실험을 다 마친 다음에는 깔끔하게 정리합니다.

<Check List>

▽ 내가 테이블에 올려두고 사용한 쓰레기통은 깔끔히 비우고, 필요시 세척하세요.

▽ 실험 벤치는 70% 에탄올을 뿌려 페이퍼타올로 닦아 소독합니다.

▽ 클린벤치 사용 완료 시에는 소독 후, 최소 15분 이상 UV 소독을 합니다. (이때, 클린벤치 내부에 다른 사람의 샘플이 없는지 꼭 확인하세요.)

▽ 얼음이나 액체질소가 충분하지 않다면 연구실의 단체 채팅방 등을 통해 알리고, 주문하세요.

▽ 주사 바늘이나 면도날 등 날카로운 것은 따로 모아서 학교 규정에 따라 처리하세요.

▽ 유리 쓰레기 또한 따로 모아서 학교 규정에 따라 처리하세요.

실험을 어떻게 해야 할지는 파악했는데,

실험을 하려고 보니 필요한 시약이나 키트가 너무나 많습니다!

중요한 물품들을 체크해 보고, 주문하는 방법에 대해 알아볼까요?

깔끔한 실험실! - Unsplash free image (Tranava Univeristy)2. 기본 중 기본템부터 확인하기
실험에 필요한 물품은 시약부터 전자레인지까지 아주 다양합니다.
기본적인 실험에 사용되는 기본물품과 몇 가지 실험에 필요한 물품 예시는 다음과 같습니다.

[MUST HAVE! 기본 기기] 모든 실험 전에 기본적으로 꼭 필요!
□ 파이펫 1000p , 200p, 20p, 2p
□ 팁 1000p, 200p, 20p, 2p
□ 내 손에 주름 없이 딱 맞는 니트릴장갑
□ 1.5ml, 2ml, cryo tube (멸균된 것)
□ 네임펜
□ 정제수(3차 증류수)

□ (연구실에 따라) 저울, pH 머신, 히팅 플레이트

[고압멸균]
□ 오토클레이브 기기

□ 오토클레이브용 용기
□ 오토클레이브 테이프
□ 내열장갑 (증기나 뜨거운 물로 인한 화상의 위험이 있습니다. 천 재질보다는 실리콘 재질이 더 안전합니다.)

[DNA 추출]
□ DNA extraction kit
□ 1.5ml tube
□ 1.5ml tube 랙
□ 키트에서 필요하다고 명시한 시약 (대표적인 예로 99.9% 에탄올, 정제수 등)
□ 원심분리기
□ 볼텍스
opt) ice용 라벨지 (매우 중요한 샘플로 장기간 딥프리저 보관용 인 경우)
opt) 15ml 혹은 50ml 코니칼 튜브
키트에 따라) heat block 혹은 water bath (1 채널 혹은 2 채널)
키트에 따라) 비드비터, 비드, 바닥이 둥근 1.5ml 혹은 2.0ml tube

[PCR]
□ PCR 기기

□ PCR kit
□ PCR tube&캡 (qPCR의 경우, qPCR용으로 구비)
□ PCR tube용 랙

□ 전기영동 기기
□ Gel staining dye (Gel red, SYBR safe 등)
□ Primer set (Forward, Reverse)
□ DNA ladder(ex. 1000bp, 500bp, 100bp …)
□ Agarose powder
□ 플라스크 100ml
□ 젤 캐스팅 세트 (트레이, 콤 포함)
□ TAE buffer (1X 혹은 50X과 증류수)
□ 50ml / 100ml 플라스크
□ 전자레인지
□ 랩
□ 내열장갑 (증기로 인한 화상의 위험이 있습니다. 천 재질보다는 실리콘 재질이 더 안전합니다.)
□ 얼음
□ 얼음 바스켓

[Cloning]
□ PCR에 필요한 모든 물품

□ 인큐베이터

□ 쉐이킹 인큐베이터
□ Heat block 혹은 water bath (1 채널)
□ 플라스미드 벡터
□ 선별배지
□ 제한효소

[ELISA]
□ PCR tube
□ PCR tube용 랙
□ ELISA 키트

□ 멀티파이펫 (300p)
□ 포일
□ Reservoir
□ ELISA 리더

3. 뭘, 얼마큼 사야 해요?
실험에 필요한 기본 물품이 준비되었다면, 내가 하려는 실험의 세부 준비물을 살펴볼까요?
예시로 이 논문의 method & material의 내용에서 무엇을 사야 하는지 확인해 보겠습니다.

Reference: Hashizume H, Sato M, Sato MO, et al. Application of environmental DNA analysis for the detection of Opisthorchis viverrini DNA in water samples. Acta Trop. 2017;169:1-7. doi:10.1016/j.actatropica.2017.01.008

Multiplex qPCR을 하기 위해 어떤 것이 필요할지 살펴보면,

노란색으로 표기한 것은 필요한 시약이고,

주황색으로 표기한 것은 이 실험에 맞게 제작해야 하는 것입니다.

조금 더 자세히 살펴볼까요?

DNA extraction kit의 protocol을 보면 원심분리기, 에탄올(99.9%), 볼텍스가 필요함을 알 수 있고,

전기영동기기와 Real-Time PCR 기기가 필요함을 확인할 수 있습니다.

자연스럽게 전기영동기기 소모품(comb과 Real-Time PCR 소모품(전용 pcr튜브&캡)도 필요하겠지요.

논문의 Methods&Materials을 꼼꼼히 읽어보세요.

4. 이제 주문할게요! 근데 어떤 걸로 사야 해요?

필요한 것이, 필요한 위치에 완벽한 실험대 ! - Unsplash free image (National Cancer Institute)[시약, 키트]
정답은 아니지만, 일반적으로 섬세한 실험(세포/분자 실험, 정량 분석 실험 등)을 할 때에는 많은 실험실에서는 MERCK 사의 시약을 많이 사용합니다.
예를 들어, 전기영동을 할 때에 필요한 Agarose나 TAE 50X 등은 꼭 비싼 시약을 쓸 필요는 없습니다.
정량분석을 하지 않고 정성 분석을 하는 PCR이라거나,

샘플양이 충분한 DNA 추출이 필요할 경우에도 꼭 비싼 시약/키트를 사용하지 않아도 괜찮습니다.
국산 제품으로 영업사원분께 추천받으셔도 좋습니다.

[Enzyme]
이것 또한 정답은 아니지만

일반적으로 NEB의 시약이 다양하고, buffer의 범용성이 넓어 자주 사용됩니다.

하지만 꼭 protocol을 따라야 하지 않거나, 레퍼런스 논문에서도 국산제품(저자 나라의)을 사용한 경우라면

배송이 빠른 제품이나 국산 제품을 사용하셔도 좋습니다.

다만, 내가 사용하는 enzyme이 아주 특이하고 흔하지 않은 것이라면 안전하게 큰 회사의 것을 사용하시는 것을 추천합니다.

[플라스틱, 유리초자, 튜브 등 소모품]
가장 실험에 영향이 덜 가는 부분입니다.
빠르게 받아볼 수 있거나, 저렴한 제품을 사용하셔도 무방합니다.
다만, 15ml, 50ml 튜브, 용량이 표시된 플라스크는 고급 제품이 아닌 이상 계량용으로 사용하시면 안 됩니다.
일반적으로 SPL이나 대한과학 등의 제품이 쉽고 빠르게 구할 수 있는 브랜드입니다.

[실험물품 세척제]
일반적인 식기세척용 세제를 사용하시는 경우도 많지만,
실험 물품 세척에는 7X cleaning solution과 같이 잔류 세제 및 미생물, 잔여물 등이 세척되는 세제를 사용하시는 것을 추천합니다.

[액체질소 CO2 등]
액체질소나 CO2 가스, 그 외에도 생수 정수기를 사용하는 경우 생수통 등 도 완전히 떨어지기 전에 주문을 해두어야 합니다.

연구실에서 주로 거래하는 곳이 없다면, 네이버에 “지역+액체질소”처럼 검색하시거나 (예, 관악구 액체질소, 일산 액체질소, 실험실 액체질소) 옆 연구실에 여쭤보시는 것도 좋습니다.

5. 그럼 어디에다가 주문하면 돼요?

공식 홈페이지를 통해 구매하거나, 취급점/공식 대리점을 통해 주문할 수 있습니다.

브릭의 시약벤더에서 구매하려는 제품을 검색해 보세요.

https://www.ibric.org/bric/biomarket/vendor.do

주문 시에는 제조사, 카탈로그 넘버, 제품명, 유닛, 수량을 영업사원분께 보내거나,
예시: “SPL / AL50050 / SPL 50ml Conical Tube (500개입) / 1박스 견적 요청 드립니다.”
인터넷으로 주문 시에는 물품의 유닛과 개수를 꼼꼼히 확인하여 주문하시면 됩니다.
여러 거래처에 문의할 때 에는 먼저 견적을 받으시고, 적절한 곳에서 발주를 요청하시면 됩니다.

여기서 엑셀 파일 혹은 엑셀 스프레드 시트를 하나 만들어서
구매 요청한 물품, 구매 완료한 물품을 정리하는 것이 중요합니다.

이 시트는 금액이 포함되어 있어 수정되거나, 변형되면 안 되니

연구실에서 공용으로 사용하는 것이 있더라도, 개인용으로 따로 사용하시는 것을 추천드립니다.

엑셀의 첫 번째 시트에는 주문 시와 똑같이 제조사, 카탈로그 넘버, 제품명, 유닛, 수량뿐 아니라

주문요청일과 납품받은 날짜, 구매처, 비고란을 함께 적어주세요.

비고란에는 해당 제품의 홈페이지를 넣어두면 추후에 재주문, 프로토콜 찾기에 유용합니다.
두 번째 시트에는 우리 연구실에서 거래하는 거래처의 정보를 적어주세요.

비고란에 주로 거래하는 물품 (예, A사:키트, 시약 B사:플라스틱웨어, C사: 배지 등)과 특장점 (예, A사: 납품이 빠름, B사: 가장 저렴 등)을 적어두시면 도움이 됩니다.

제가 제작한 엑셀 스프레드 시트를 공유드립니다. 구성을 그대로 가져와 제작해 보세요. :)