국가연구개발 사업단(이하 “사업단”이라 함) 추진체계는 1999년부터 도입되어 다부처 및 대규모 연구개발사업을 중심으로 확대, 그러나 현재 사업단 운용에 있어 통일된 정의와 법적 근거는 미비. 21C 프론티어 사업을 추진하면서 대형사업의 종합적 운영·관리와 기술변화의 효율적 대응, 분산되어 있던 연구기관의 유기적 연계 등을 위해 1999년 사업단 방식을 도입(교육과학기술부, 2010). 1999년 인간유전체 기능연구 사업단과 지능형 마이크로시스템 개발 사업단을 시작으로 2003년 22개의 사업단으로 확대.