목 차 

1. 서론
2. 9월 21일 주요내용
  2.1. JCA-AACR Joint Symposia: Clonal Hematopoiesis: A paradigm shift in the development of blood and solid cancers
    2.1.1. Pre-Leukemic Hematopoietic Stem Cells in Human AML by Ravi Majeti (Stanford University)
    2.1.2. Relationship between clonal hematopoiesis and cancer revealed by analysis of large-scale cohorts by Ryunosuke Saiki (Kyoto University)
  2.2. International Symposia 3: The comprehensive understanding of cancer genome by integrated whole genome sequencing and epigenome analyses using new technologies
    2.2.1. Integrated multi-omics analysis using WGS, ChIP-seq, and RNAseq data for pan-negative lung adenocarcinoma by by Ken Asada (Natl. Cancer Ctr. Res. Inst.)
    2.2.2. Epigenetic Impact of Truncal Mutations in Clear Cell Renal Cell Carcinoma by Bin T. Teh (Duke-NUS Medical School)
3. 9월 22일 주요내용
  3.1. Special symposium 4 (JCA-JSP Joint Symposium): Advances in spatial analysis using cancer tissue
    3.1.1. Overview and perspective of spatial analysis in Cancer Research by Yasushi Yatabe (National Cancer Center)
    3.1.2. In situ gene expression profiling for understanding cellular interactions in lung cancer tissues at a single-cell level by Ayako Suzuki (University of Tokyo)
  3.2. Clonal evolution in normal tissues
    3.2.1. Evolutionary histories of breast cancer and related clones by Tomomi Nishimura (Kyoto Univ.)
    3.2.2 Clonal hematopoiesis and MDS/AML in Fanconi anemia by Jean Soulier (University Paris Cite)
4. 9월 23일 주요내용
  4.1. English Oral Sessions E14-8 Rare cancer and Childhoood/AYA cancer
4.1.1. Mutational landscape of normal human skin revealed by whole-exome sequencing by Yoon-Seob Kim (The Catholic university of Korea)
    4.2. International Symposia 12: Proteogenomics Analysis Opens New Cancer: Treatment and Diagnostic Strategies
    4.2.1. A New Horizon in Precision Oncology – Proteogenomics by Henry Rodriguez (NCI)
    4.2.2. Proteogenomic profiling of myxoid liposarcoma by Koji Ueda (Can. Proteomics Gr.)
5. 총평
  5.1. 학회 장점
  5.2. 학회 단점


1. 서론

2023년 9월 21일부터 9월 23일까지 일본 요코하마의 PACIFICO Yokohama에서 “The 82nd Annual Meeting of the Japanese Cancer Association” 학회가 개최되었다. 해당 학회는 일본 암학회 (Japanese Cancer Association)에서 매년 개최하는 학술대회로서 금번 학술대회는 일본 요코하마 PACIFICO Yokohama에서 3일간 개최되었다. 약 4500명의 연구자가 참석하였고 이외 다양한 암 관련 연구/제약회사들을 비롯한 관계자도 참석하였다. 학회는 빠르게 발전하는 암연구분야에서 “Welcome to the New Era”라는 테마 문장을 표방하여 개최되었으며, 정상 조직의 돌연변이, 종양내 이질성, 단일세포 분석, RNA splicing 이상, whole genome sequencing과 같은 대표적인 암유전체 최신 연구 분야를 포함한 다양한 암 연구분야에 대한 많은 세션과 포스터 발표가 있었다.

그림 1. 학회발표 PPT 화면

그림 2. 요코하마 랜드마크 코스모 월드(좌), 런천세션 대기 중인 참가자들(우)

2. 9월 21일 주요내용

2.1. JCA-AACR Joint Symposia: Clonal Hematopoiesis: A paradigm shift in the development of blood and solid cancers

Clonal hematopoiesis은 조혈모세포가 노화과정에서 epigenetic pathways, splicing machineries, DNA repair과 같은 다양한 경로와 연관된 유전자의 체성돌연변이 획득을 하는 현상을 말하며, clonal hematopoiesis의 발견으로 혈액암 및 고형암에서 많은 새로운 사실들이 알려졌다. Clonal hematopoiesis은 다양한 노화 관련 질환에 predisposing state로 작용하며, 고형암 및 혈액암 환자에서의 clonal hematopoiesis에서 유래된 면역세포는 암세포를 돕는 niche로 작동한다. 또한 면역항암제 및 암에 대한 세포독성 약제의 부작용과 clonal hematopoiesis와의 관련성도 보고되고 있다. 따라서 liquid biopsy에서 panel sequencing을 통해 clonal hematopoiesis을 확인하는 것은 치료법의 선택에 영향을 미칠 수 있다. 역설적으로 암치료에 의해서도 clonal hematopoiesis 및 이로 인한 이차적인 혈액암이 유발될 수 있다. 이번 세션에서는 혈액암 및 고형암과 관련하여 암발생 및 치료에 있어 Clonal hematopoiesis의 역할에 대한 최근 연구들이 발표되었다.

2.1.1. Pre-Leukemic Hematopoietic Stem Cells in Human AML by Ravi Majeti (Stanford University) 

AML (Acute myeloid leukemia)은 단일 cell lineage에서 다수의 돌연변이가 연속적으로 축적되면서 발생하며, 이러한 돌연변이는 처음에 HSC (hematopoietic stem cells)에서 발생하여 pre-leukemic HSC라 여겨지며, 후성유전체 조절 연관 유전자에서 주로 변이가 발생한다. 유사한 돌연변이가 노인에서도 흔하게 관찰되며 이를 clonal hematopoiesis라 부른다. Pre-leukemic 세포에서 주로 세포 증식과 관련된 유전자의 추가적인 변이의 획득으로 인해 AML이 발생한다. 연자는 CRISPR/Cas9/HDR 방법을 이용하여 normal cord blood-derived HSPCs에 변이를 유도하고, in vivo 및 in vitro에서 변이의 효과를 관찰하였으며 HSC의 self-renewal, differentiation, and engraftment에 영향을 확인하였다. 또한 in vivo에서 이러한 변이 세포들이 myeloid disease로 자연적으로 진행함을 확인하였다. 이에 연자는 AML로 진행 전에 pre-leukemic HSCs에 표적 치료가 가능한지 연구를 진행 중이다.

2.1.2. Relationship between clonal hematopoiesis and cancer revealed by analysis of large-scale cohorts by Ryunosuke Saiki (Kyoto University)

Clonal Hematopoiesis은 조혈모세포가 정상적인 상황에서도 DNMT3A, ASXL1, TET2, JAK2와 같은 유전자의 mutant clone expansion을 보이는 현상 및 del (20q) , del (13q) , 14q UPD와 같은 mosaic chromosomal alterations (mCAs) 현상들을 말한다. Clonal Hematopoiesis은 고령의 환자군에서 흔히 관찰되며 혈액암의 전구상태로 여겨졌으나 최근 이외에도 사망률의 증가 및 심혈관계 질환과 같은 다양한 질환과의 연관성이 주목받고 있다. Clonal hematopoiesis은 TERT와 같은 유전자의 germline polymorphism 및 흡연, 항암치료, 방사선치료와 같은 환경적인 요인에 모두 영향을 받는 것으로 알려져 있다. 대단위 코호트의 연구에서 gene mutation 및 mCA의 종류에 따라 혈액암의 위험성이 매우 다양한 것으로 나타났다. 더욱이 Myeloid-like 및 lymphoid-like clonal hematopoiesis 둘 간의 구별은 myeloid and lymphoid neoplasm의 더 나은 예측을 가능하게 한다. 임상적 인자와 clonal hematopoiesis을 통합한 risk model은 추후 myeloid neoplasm 발생 위험을 높은 신뢰도로 예측할 수 있었다. 최근에는 혈액암뿐만 아니라 고형암 특히 폐암과 clonal hematopoiesis의 연관성이 주목받고 있다. Mendelian randomization 연구 결과에서도 일부 고형암과 clonal hematopoiesis의 인과관계가 확인되었다. 고형암 환자에서의 clonal hematopoiesis은 암 환자의 낮은 사망률과 연관이 있으며 이는 돌연변이를 가진 면역세포와 암세포 간의 상호작용에 의한 결과로 이해된다.

2.2. International Symposia 3: The comprehensive understanding of cancer genome by integrated whole genome sequencing and epigenome analyses using new technologies

일본에서도 The Whole Cancer Genome Sequencing Project가 시작되어서 다수의 whole-genome data가 축적되고 있다. 이로 인해 비전사 영역의 돌연변이 및 구조이상이 새로이 많이 발견될 것으로 여겨지며, 이중 enhancers, transcriptional regulators, long non-coding RNAs와 같은 기능을 하는 genomic regions에 대한 이해가 필요한 상황이다. 기능 유전체 분야에서 ChIP-seq, ATAC-seq, full-length transcriptomics와 같은 연구법들이 활용되고 있다. 금번 세션에서는 전장 유전체 및 후성유전체 통합분석 연구들에 대해서 다루어졌으며, 기존 genomics 기반의 연구에 비해 유전체/후성유전체 통합연구를 통해 폐암과 신장암과 같은 대표적인 종양 분야에서 임상적 의의를 가지는 암유전체의 새로운 특성들에 관한 연제들이 발표되었다.

2.2.1. Integrated multi-omics analysis using WGS, ChIP-seq, and RNAseq data for pan-negative lung adenocarcinoma by by Ken Asada (Natl. Cancer Ctr. Res. Inst.)

조절 영역에의 암유전체는 전사체 dynamics의 중요한 조절인자로 여겨지고 있으며 histone modification이 chromatin remodeling을 통해 전사 활동도를 조절한다. 이 연구에서는 1700명이 넘는 폐암 환자가 등록되었으며, 이들 중 알려진 driver mutation이 없는 샘플들을 특정한 기준을 세워서 pan-negative 샘플로 정의하고 이러한 pan-negative 폐선암 샘플에서 multi-omics 분석을 시행하였다. 이 연구의 코호트에서 Notch coactivator인 mastermind-like transcriptional coactivator 2 (MAML2)가 낮게 조절되었다. MAML2 발현과 역의 상관관계를 가지는 유전자(PUS1, TACC3, NME1, BIRC5)들의 발현 증가는 예후와 관련이 있었다. 이를 통해 pan-negative 폐선암 환자에서 예후와 연관된 유전자들을 발견할 수 있었다.

2.2.2. Epigenetic Impact of Truncal Mutations in Clear Cell Renal Cell Carcinoma by Bin T. Teh (Duke-NUS Medical School) 

Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC)은 가장 흔한 신장암의 아형으로 2개의 가장 흔한 truncal mutation으로 VHL 및 PBRM1가 있다. 해당 두 가지 돌연변이의 후성유전체 영향 및 ccRCC의 형성 및 종양 특성과의 연관성을 연구하였다. LOH 혹은 비활성화 돌연변이로 인한 VHL의 소실은 광범위한 enhancer의 기능이상을 유발하였으며 ccRCC의 조직학적 특성과 연관 있었다. Super-enhancer profiling을 통해 ZNF395이 ccRCC-특이적이며 VHL에 의해 조절되는 master regulator이며 ZNF395의 소실은 in vitro 및 in vivo에서 종양의 소실을 유발하였다. VHL 결핍 ccRCC에서 PBRM1의 비활성화는 NF-kB 경로를 활성화시켰다. 연자이신 Bin T. Teh 교수는 유전체학 분야의 리더 연구자 중 하나로 아시아 환자군에서 흔한 암종에 대해서 NGS 기반 genomics 연구를 통해 임상병리적 특성과의 관련성 즉 genotype-phenotype correlation을 연구하는 분야의 권위자로서 발표한 신장암을 비롯에서 다양한 암종의 암유전체 연구를 진행하고 있다.

3. 9월 22일 주요내용

3.1. Special symposium 4 (JCA-JSP Joint Symposium): Advances in spatial analysis using cancer tissue 

본 심포지엄은 일본 암학회(Japanese Cancer Association, JCA)와 일본 병리학회(Japanese Society of Pathology, JSP)와 간의 joint symposia로서 최근 암조직 연구에 도입되어 광범위하게 쓰이는 공간전사체 분석을 주제로 하였다. 공간 전사체 분석을 위해서 Visium, Xenium, CosMx, MERSCOPE 과 같은 다양한 상용 플랫폼들이 출시된 바가 있다. 현재 가장 광범위하게 쓰이고 풍부한 데이터를 제공하는 것은 10x genomics 사의 Visium 플랫폼이며 해당 플랫폼은 약 5mm 전후의 frozen 조직에서 in situ 방식으로 전장 유전체 수준의 전사체 분석이 가능하지만 해상도가 단일세포 수준이 아닌 55um 크기의 원에 존재하는 수십 개의 세포의 평균적인 전사체 발현을 제공한다는 단점이 있다. 반면 최근 동일 회사에서 최근 출시된 Xenium은 Visium에 비해서 단일세포 수준의 높은 해상도를 제공하지만 전장 유전체 수준은 아닌 특정 수백 개의 유전자의 발현을 검출하는 해상도가 가능하다는 차별점이 있어 Visium의 단점을 보완해 줄 새로운 방법으로 생각된다. 한편 Nanostring사에서 제공하는 GeoMx 및 CosMx 플랫폼들은 특정한 region of interest (ROI)에 대해서 선택적으로 분석하는 방법으로 RNA 및 일부 단백질을 함께 분석할 수 있는 장점이 있다. 금번 세션은 다양한 플랫폼별로 각각 연구 연제들이 발표되어 개별 공간전사체 플랫폼들의 장단점에 대해서 배우고 체감할 수 있었다. 공간 전사체 연구 경험이 있는 필자는 (J Invest Dermatol. 2022 Dec;142(12):3232-3242.e16., PMID: 35853485) 세션을 들은 후 현재의 공간 전사체의 기술적 한계로 인해 공간전사체 연구를 하게 되면 2가지 이상의 기술을 사용하여 동일 조직을 분석하거나, 고전적인 단일 분자를 이용한 면역염색 등으로 검증을 거치는 것이 신뢰도 높은 데이터를 생산할 수 있는 방법이라고 생각하게 되었다. 또한 좌장이 병리 및 암에 대한 지식을 가진 공간 전사체 연구분야의 경험이 있는 발표 연자를 모집하기 어려웠다고 언급하여 임상/병리/유전체에 대한 통합적 해석이 필요한 공간 전사체 연구 수행의 어려움에 대해서 느끼게 되었다.

3.1.1. Overview and perspective of spatial analysis in Cancer Research by Yasushi Yatabe (National Cancer Center)

공간 전사체에 대한 개괄이 소개되었다. 기본적으로 종양 내의 세포의 다양성은 암의 진행, 치료 저항, 재발에 있어서 해심이 되며 개별 암세포는 서로 다른 전이능과 치료 반응을 보인다(intra-tumor heterogeneity). 단일 분자 수준에서 immunohistochemistry 및 fluorescent in-situ hybridization와 같은 조직병리학적 분석법이 세포다양성을 평가하기 위해서 주로 사용되어 왔다. 하지만 최근 기술의 발전으로 조직에서 직접 omics data을 분석할 수 있게 되었으며 특히 단일세포시퀀싱과 조직을 활용한 spatial analysis의 결합을 통해 종양에 대한 새로운 이해가 가능할 것으로 생각된다. 이 중 spatial analysis의 경우 종양 조직의 형태학적 해석을 위해 병리학자들의 참여가 필수적이라고 생각된다. Spatial analysis은 크게 분석방법에 따라 in-situ sequencing 및 in-situ hybridization 2가지 방식으로 나뉘며, 또한 전체 조직 혹은 조직 내 관심 영역(region of interest, ROI)을 분석하는 방식으로 나누어진다. Thymoma의 Type A 및 Type B 2가지 아형 분류에 대한 연자의 연구가 소개되었으며 병리과 의사인 연자는 조직 자체의 형태학적 특성에 대한 이해가 뒷받침되어야 분자적 특성에 대해 통합적 이해가 가능하므로 공간 전산체 분야에서 병리과 의사의 역할이 매우 중요하다고 강조하였다.

3.1.2. In situ gene expression profiling for understanding cellular interactions in lung cancer tissues at a single-cell level by Ayako Suzuki (University of Tokyo)

폐선암 환자에서 조직 in situ 공간 전사체 연구가 발표되었다. 기존에 많이 사용되는 Visium 방식은 조직 전체의 전장 전사체 분석이 가능하나 55-um spot 크기의 단일세포 수준이 아닌 해상도를 가지는 단점이 있으며 이에 대비해 Xenium 방식은 단일세포 수준으로 targeted panel의 전사체를 분석할 수 있다. 연자는 5명의 폐암 환자 조직에서 Visium 및 302개 표적 유전자의 in situ gene expression 분석이 가능한 Xenium 플랫폼을 모두 사용하여 전사체 연구를 수행하였다. 같은 조직에서 Visium/Xenium 분석결과를 비교해 보면 방식은 특히 염증세포를 단일세포 수준으로 분석할 수 있는데 효과적이었다. 종양 조직은 well-differentiated, proliferative, invasive 영역으로 나누어지며 각각 SFTPB, FOS, CXCL14와 같은 높게 발현되는 대표적인 유전자가 있었다. Tumor microenvironment (TME) scoring 분석을 통해서 항염증 SPP1+ 대식세포가 proliferative 및 invasive region에서 주로 관찰됨을 확인하였다. Invasive signature는 fibroblast/CAF signature와 연관이 있었다. 암의 경계 부분에서 염증 반응 관련 유전자 발현이 증가되고 종양세포의 IDO1 발현이 증가되었다. 이 연구에서 단일세포 수준이 아닌 Visium에서 도출된 다양한 발견들이 단일세포 수준의 PhenoCycler라는 항체 이용 immunofluorescence staining 및 단일세포 수준의 공간전사체 Xenium 방식으로 검증될 수 있었다.

3.2. Clonal evolution in normal tissues

노화나 환경적 요인(예를 들어 담배나 술)으로 인해서 정상 조직에서 somatic mutation이 축척되면서 거의 대부분의 암들이 발생하는 것으로 알려져 있다. 최근 연구들은 다양한 기관에서 정상 조직에서의 cancer driver mutation으로 인한 조기의 clonal expansion 및 이로 인한 이후 전암성 병변의 발생을 보고하였다. 또한, 건강한 사람과 염증성 질환을 가진 사람에서 암과는 다른 양상의 driver mutation으로 인한 clonal evolution이 보고되어서 아마도 정상 노화 및 비암성 병에서는 positively selected clone이 다른 역할을 할 것으로 여겨진다. 이외에도 일부 cancer predisposition syndromes에서도 조기 체성 돌연변이 및 clonal evolution 획득이 보고되었다. 본 세션에서는 유방암, 혈액암에 대한 normal tissue clonal evolution에 대한 연재 발표가 있었다.

저자가 이전에 정상 피부의 유전체 연구에 대해서 논문을 발표하였고(J Invest Dermatol. 2023 Jul;143(7):1187-1196.e9, PMID: 36716918), 해당 주제로 본 학회에서 구연발표(이후 기술)를 하였기 때문에 매우 관심을 가지고 본 세션을 참여하였다. 해당 분야의 선도적인 리더 연구자 그룹으로는 세션 좌장인 Kyoto University의 Seishi Ogawa, 이외 영국 Sanger Institute의 Peter Campbell, 국내 카이스트 주영석 교수님 그룹 등이 있다.

3.2.1. Evolutionary histories of breast cancer and related clones by Tomomi Nishimura (Kyoto Univ.)

본 연구는 정상 조직에서 암으로의 진화과정을 보기 위하여 유방암 및 비암 유방 병변에서 다수의 미세절제 조직을 분석하였다. 약 20%의 유방암 조직에서 공통된 driver alteration인 der (1:16)을 관찰하였으며 der (1:16)(+) 암에서는 해당 변이는 초기 사춘기에서 후기 성인기에 획득되고 30대 초반에 공통된 ancestor을 가진 뒤에 암 및 비암 clone들이 진화하였다. 이후 수년 내에 해당 clone이 기존에 유방 표피를 대체하여 암 진단 시에 폐경전 유방 조직에서 유방암 진단 전 큰 부분을 차지하게 된다. 해당 연구는 이전에 잘 알려지지 않았던 der (1:16)의 유방암 발생에서의 역할에 대해서 밝혔다는 데 의의가 있다.

3.2.2 Clonal hematopoiesis and MDS/AML in Fanconi anemia by Jean Soulier (University Paris Cite)

Fanconi anemia (FA) 환자들은 chromosome instability의 소인이 있어 이로 인해 예후가 좋지않은 골수성 백혈병 발생 위험이 있다. 본 연구는 335명의 전향적 코호트를 기반으로 하여 62명의 FA 환자를 대상으로 유전체 분석을 하였다. FA 환자들에서 BRCA-related cancers와 유사한 so-matic structural variants의 패턴 unbalanced, microhomology-mediated translocations driving copy-number alterations을 발견하였다. 절반의 환자들에서 chromosome 1q gain과 이로 인한 clonal hematopoiesis 및 p53 신호경로를 억제하는 MDM4 trisomy으로 인해서 AML 위험성의 증가를 보였다. 기능적으로 MDM4 triplication은 FA 조혈모세포의 생존력 증가를 통해서 염증 매개 골수기능 이상 및 클론 증식을 보였다. 본 연구는 FA 환자에서 이차적 백혈병 발생에 있어 MDM4로 인한 p53 경로 활성화의 억제가 중요한 역할을 하여 치료적 가능성이 있다는 것을 보였다는 의의가 있다.

4. 9월 23일 주요내용

4.1. English Oral Sessions E14-8 Rare cancer and Childhoood/AYA cancer

4.1.1. Mutational landscape of normal human skin revealed by whole-exome sequencing by Yoon-Seob Kim (The Catholic university of Korea) 

본 연제는 저자가 구연발표한 주제로 이전 발표한 정상 피부의 유전체 연구에 대해서 논문을 기반으로 발표하였다(J Invest Dermatol. 2023 Jul;143(7):1187-1196.e9, PMID: 36716918). 최근 연구들에서 정상피부가 다수의 cancer driver mutation을 가지는 수많은 클론으로 구성됨이 알려졌으나, 이전 연구들은 대부분 targeted sequencing에 기반을 하였으며 동일 환자에서 암조직과의 직접적인 비교는 미비하였다. 본 연구에서는 인체 정상 피부의 mutational landscape을 연구하기 위해 39명의 환자에서 생리적인 정상 피부 및 혈액을 전장엑솜시퀀싱 분석을 하였고 이중 10명의 환자에서 동일한 환자의 피부암 조직을 함께 분석하였다. 태양 노출 피부(돌연변이 양 중앙값 530, 10.4/Mb, 범위 51-2947)는 비노출부 피부(중앙값 13, 0.25/Mb, 범위 1-166)에 비해서 돌연변이 양이 매우 높았다 환자의 나이는 돌연변이 양의 log 값과 유의미한 양의 상관관계가 있었다. 정상 피부의 유전체에서 unbiased detection of driver genes 분석을 통해 6개의 유전자를 발굴하였으며(NOTCH1, FAT1, TP53, PPM1D, KMT2D, ASXL1), 발굴된 driver genes들은 이전의 정상 피부의 연구들과 합치되는 결과였다. De novo mutational signature 분석을 통해 자외선 및 노화와 연관된 단일 돌연변이 패턴을 확인하였으며 해당 패턴은 2례의 돌연변이 패턴 분석에 충분한 돌연변이(N>100)를 가진 비노출부 피부를 포함하여 대부분의 정상 피부에서 샘플 간의 이질성 없이 균질하게 관찰되었다. 염색체 이상은 오직 3례의 정상 피부에서만이 copy-neutral loss of heterozygosity 형태(9q 2례 및 6q 1례)로 나타났으며 이는 피부암에서 염색체 변이가 흔하게 관찰되는 것과 대비되는 소견으로 염색체이상이 암발생의 후기에 기능할 수 있음을 시사한다. 정상 피부의 돌연변이 양은 같은 환자의 피부암에서의 돌연변이 양과 상관관계가 없었으며, 동일 환자에서 피부암과 정상피부 사이에서 공유되는 protein-coding mutations은 없었다. 이는 정상 피부의 암 변이 클론을 암 발생의 기원으로 보는 시각과 합치되지 않는 결과이며, 역설적으로 암이 암변이를 가지지 않는 클론에서 발생하여 clonal sweep이 일어났을 수 있음을 시사한다. 결론적으로 본 연구는 정상 피부의 mutational landscape을 제시하였고 이를 통해 정상피부에서 암으로의 초기 진행에서의 driver genes의 역할을 시사하였다.

4.2. International Symposia 12: Proteogenomics Analysis Opens New Cancer: Treatment and Diagnostic Strategies

최근 다양한 omics 분석 기술의 발전으로 multi-omics 분석 연구가 세계적으로 활발히 수행되고 있다. 특히 최근 수많은 단백질을 동시에 정량화하는 proteomics 기술이 발전되고 있으며, 이를 genomics와 통합적으로 해석하는 proteogenomics 분석 연구가 활발해지고 있으며, The International Cancer Proteogenome Consortium (ICPC)와 같은 컨소시엄을 통한 대단위 연구가 진행되고 있다. 본 세션에서는 위암, 간암, 췌장암, 지방육종과 같은 다양한 암종에 대한 proteogenomics 연구들이 소개되어서 genomics 연구에 비해서 비교적 생소한 proteomics 연구들의 현황에 대해서 파악할 수 있는 시간이었다.

4.2.1. A New Horizon in Precision Oncology – Proteogenomics by Henry Rodriguez (NCI)

Proteogenomics 분야의 현황에 대한 총론이 소개되었다. 최근 정밀의학의 발전으로 암의 사망률 특히 폐암의 감소하고 있으며, 기존의 genomics 중심에서 단백질체 수준에서 기능적 적용에 대해서도 주목되고 있으며 주요 암종에 대한 proteomics 연구인 CPTAC (Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium)과 같은 대단위 컨소시엄 연구도 진행되고 있다. 이처럼 최근 proteomics 및 genomics 데이터를 통합한 proteogenomics 분야로 암의 원인 및 잠재적 치료법을 개발이 촉진되고 있다.

4.2.2. Proteogenomic profiling of myxoid liposarcoma by Koji Ueda (Can. Proteomics Gr.)

Myxoid liposarcoma (MLS)은 드문 암종으로 liposarcoma의 약 30%을 차지하는 2번째로 흔한 liposarcoma 아형이다. 특히 high-grade MLS은 흔히 지연된 원격전이를 유발한다. MLS는 거의 모든 환자에서 FUS-DDIT3 fusion gene이 발견되는 것이 특징이며, 아직 명확한 예후 인자는 밝혀지지 않았다. 본 연구에서는 72명의 MLS 수술 검체에 대해서 DNA에 대한 whole exome sequencing (WES), RNA에 대한 RNA-seq, 단백질에 대한 Total proteome 및 phosphoproteome LC-MS 분석을 시행하여 proteogenomics 분석으로 새로운 진단적 바이오마커 및 치료 타깃을 발굴하고자 하였다. Proteomics은 LC/MS 방식으로 총 7750개 단백질을 확인 및 정량하였다. Genomics, transcriptomics, proteomics 통합 분석으로 caner-associated macrophages의 유도 및 활성화가 MLS의 나쁜 예후와 유의한 상관관계가 있음을 밝혔다. Proteomics 및 transcriptomics 에서 공통적으로 종양면역의 활성화가 좋은 예후와 연관 있음을 확인하였다. 특히 PIC 과발현에 의한 tumor-associated macrophage의 조절이 MLS의 악성 표현형을 촉진하였다. 이러한 종양 미세환경을 정의하는 인자들은 잠재적인 MLS의 예후인자일 뿐 아니라 종양 관련 대식세포의 생성 및 활동을 억제하여 원격 전이 예방에 기여하는 새로운 치료법의 개발을 이끌 수 있다.

5. 총평

금년도 일본암학회는 암 연구 분야 중 필자가 특히 관심을 가지고 있는 normal tissue genomics 및 공간 전산체 분야들과 함께 최신 omics 기술 분야인 genomics/epigenetics, genomics/proteomics 통합분석 연구 분야의 현황에 대해서 파악할 수 있는 좋은 기회였다. 필자는 금번 일본암학회가 두 번째 참석이었는데 일본암학회는 가까운 시차가 없는 나라에서 개최되는 비교적 큰 규모의 암학회라는 점이 가장 큰 특장점이고 개인적 소감으로는 다음과 같은 장단점이 있었다.

5.1. 학회 장점 

(1) 미국 학회의 경우 도착 첫날은 시차 때문에 피곤한 경우가 많아서 최소 학회 시작 1-2일전 미리 도착하여 시차적응이 필요하고 한국 귀국 후에도 시차로 인한 불편감이 지속되나 일본의 경우 한국과 시차가 없어서 적응이 빨라 학회 개최 당일 도착하고 학회 직후 귀국해도 불편함이 전혀 없음.
(2) 통상적으로 일본 대도시에서 개최하여 저가항공을 비롯한 다수의 저렴한 가격 항공편으로 접근가능하며 학회 등록비가 외국인은 3천 엔으로 매우 저렴하고 암학회로 제약회사 및 연구회사의 지원으로 다수의 travel grant 및 luncheon seminar가 있어서 금전적으로 혜택이 큼.
(3) 학회 이후 학회 발표의 다시보기를 지원하여 학회 종료 이후에도 흥미로웠던 내용들에 대해서 복습이 가능함.
(4) 미국 암학회 AACR과 같이 매우 큰 규모의 학회는 아니라서 세션 간 이동 및 학회 준비가 비교적 간단함.

5.2. 학회 단점

(1) 절반 정도의 세션만이 영어로 진행되어 일본어가 불가능한 외국인 참여자로서는 참여 세션이 제한되며 영어 세션도 상대적으로 일본 연자들의 영어 구사도가 떨어져서 언어적으로 이해하기 어려울 수 있음.
(2) 장점 (4)와 연관되어서 반대로 단점으로 매우 큰 학회는 아니라서 비교적 관심도가 떨어지는 세부 주제에 대해서는 다뤄지지 않을 수 있음.
(3) 상대적으로 보수적인 일본학계 분위기상 대부분의 참석자가 정장을 입고 참석하는 경우가 많아 필자도 정장으로 참석하였는데 9월 초이지만 비가 와서 그랬는지 금번 요코하마 날씨가 정장을 입고 참석하기에는 매우 더웠음.