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'transposon' 에 대한 통합검색결과 60건입니다.

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Cyclin-dependent kinase inhibitor p18 regulates lineage transitions of excitatory neurons, astrocytes, and interneurons in the mouse cortex
- EMBO J. 12 December 2024 | https://doi.org/10.1038/s44318-024-00325-9
- 2024.12
- Brian Kang(Stanford University)
Sequence modeling and design from molecular to genome scale with Evo
- Science Nov 15 2024, 386 (6723) | https://doi.org/10.1126/science.ado9336
- 2024.11
- 조정남(Durham University)
Genetic and epigenetic reprogramming in response to internal and external cues by induced transposon mobilization in Moso bamboo
- New Phytol. 05 September 2024 | https://doi.org/10.1111/nph.20107
- 2024.09
- 생명과학
Human cytomegalovirus harnesses host L1 retrotransposon for efficient replication
- Nat. Commun. 02 September 2024 | https://doi.org/10.1038/s41467-024-51961-y
- 2024.09
- 생명과학
- Hanlee P. Ji(Stanford University School of Medicine)
Resolving the 22q11.2 deletion using CTLR-Seq reveals chromosomal rearrangement mechanisms and individual variance in breakpoints
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA Jul 30 2024, 121 (31) | https://doi.org/10.1073/pnas.2322834121
- 2024.07
Rhizobacterial syntrophy between a helper and a beneficiary promotes tomato plant health
- ISME J. Jul 02 2024, wrae120 | https://doi.org/10.1093/ismejo/wrae120
- 2024.07
- 생명과학
Single-cell lineage tracing approaches to track kidney cell development and maintenance
- Kidney Int. Mar 28 2024, S0085-2538(24)00244-8 | https://doi.org/10.1016/j.kint.2024.01.045
- 2024.03
- 생명과학
Chromosome-level genome assembly of chub mackerel (Scomber japonicus) from the Indo-Pacific Ocean
- Sci. Data Dec 08 2023, 10 (1) 880 | https://doi.org/10.1038/s41597-023-02782-z
- 2023.12
- 생명과학
- 조정남(Durham University)
m6A RNA demethylase AtALKBH9B promotes mobilization of a heat-activated long terminal repeat retrotransposon in Arabidopsis
- Sci. Adv. Dec 2023, 9 (48) | https://doi.org/10.1126/sciadv.adf3292
- 2023.12
- 생명과학
- 조정남(Durham University)
The CARBON CATABOLITE REPRESSION 4A-mediated RNA deadenylation pathway acts on the transposon RNAs that are not regulated by small RNAs
- New Phytol. Nov 27 2023, | https://doi.org/10.1111/nph.19435
- 2023.11
- 생명과학
- 윤형준(University of California, Berkeley)
Eukaryotic RNA-guided endonucleases evolved from a unique clade of bacterial enzymes
- Nucleic Acids Res. Nov 16 2023, gkad1053 | https://doi.org/10.1093/nar/gkad1053
- 2023.11
- 박용순(Texas A&M University, 공주대학교)
  Interview
9,10-KODA, an α-ketol produced by the tonoplast-localized 9-lipoxygenase ZmLOX5, plays a signaling role in maize defense against insect herbivory
- Mol. Plant. 2023 Jul 11;S1674-2052(23)00179-X | https://doi.org/10.1016/j.molp.2023.07.003
- 2023.07
- 생명과학
- 박정언(Cornell University)
Multiple adaptations underly co-option of a CRISPR surveillance complex for RNA-guided DNA transposition
- Mol. Cell Volume 83, Issue 11, 1 June 2023 | https://doi.org/10.1016/j.molcel.2023.05.005
- 2023.06
- 생명과학
- 박정언(Cornell University)
Structures of the holo CRISPR RNA-guided transposon integration complex
- Nature 2022 Nov 28 | https://doi.org/10.1038/s41586-022-05573-5
- 2022.11
- 생명과학
박승국

University of Texas at Austin

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 Bacteria, archaea 그리고 organelle genome 등에서 발견되는 group II intron 은 그 biological 및 biochemical 적 측면에 있어서 eukaryote spliceosome 및 retrotransposon 의 조상이라고 간주될 만큼 겹치는 부분이 많습니다. 뿐만 아니라 group II intron 으로부터 encoding 되는 reverse transcriptase (RT) 는 오늘날 Next generation sequencing 및 genome editing tool 등 과 같은 다양한 biotechnological application 등으로 사용되고 있습니다. 제가 연구한 group II intron RT 및 group II intron-like RT 는 human genome 의 약 17% 를 차지하고 있는 non-LTR retrotransposon RT 인 LINE-1 RT 와 굉장히 흡사한 RT domain 을 가지고 있습니다. 저의 연구는 group II intron 및 group II intron-like RT 가 DNA damage repair 를 할 수 있다는 가능성을 in vivo 그리고 in vitro assay 를 통해 증명하였고, 이는 reverse transcriptase 의 기존에 의심조차 하지 않았던 새로운 biological 그리고 biochemical functions (DNA polymerase 및 DNA repair 기능) 들을 제시하고 있습니다. 나아가 cancer cell 에서 높게 발현되는 LINE-1 RT 가 이와 유사한 기능을 통해 DNA damage 를 통해 cancer cell 을 파괴하는 radiotherapy 나 chemotherapy 등에 저항성을 가질 수 있고, LINE-1 을 targeting 한 inhibitor 의 개발이 cancer therapy 에 중요할 수 있다는 가능성을 제시하는 연구입니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다. 제가 박사과정동안 몸 담았던 Lambowitz lab 은 The University of Texas at Austin 에 위치하고 있습니다. 아마 유학을 조금이라고 준비하거나 미국에 계신분들은 UT Austin이 미국내에서 어느정도 위상을 가지고 있는 대학인지 금방 아실 거라고 생각합니다. 한 겨울에도 따듯한 날씨와 맑은 공기의 오스틴은 추위에 약한 저로선 정말 최고의 도시였습니다. 제가 속한 Lambowitz lab 은 현재 NGS 를 기반으로 한 sequencing analysis team과, 새로운 reverse transcriptase 를 연구하는 biochemistry team 으로 나누어져 있습니다. 전형적인 방목형 실험실로서 저로 하여금 다양한 실험들을 능동적으로 수행할 수 있었습니다. 주변에 다양한 background를 가지고 있는 post-doc
- Cell
- 2022.11.14
빈진혁

Netherlands Cancer Institute

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 암에 대한 유전체 연구가 광범위하게 이루어지면서 암을 유발할 수 있는 유전자들이 많이 발굴되어 왔으며 이를 타겟으로 하는 표적 치료제가 활발히 개발되고 있습니다. 하지만 이러한 유전자에서 발생하는 여러 변이들 중 많은 경우 그 영향이 제대로 평가되지 않은 ‘unknown significance’ 이며, 이들을 제대로 이해하는 것은 기존의 표적 치료제의 효과를 증가시키는 데 매우 중요하다고 볼 수 있습니다. FGFR2의 경우 amplification, rearrangement, hotspot missense mutation 등 여러 변이들에 대하여 FGFR 억제제의 효과가 평가되어 왔으나 그 결과는 각 연구에 따라 상이하게 나타나 어떤 변이가 FGFR 억제제에 민감하게 반응하는지에 대해 제대로 연구되지 않았습니다. 본 논문은 FGFR2의 C-terminal 절단이 여러 암 종에서 강력한 발암 요인이 될 수 있음을 새롭게 밝히고 인간 암에서 어떠한 형태 및 빈도로 나타나는지 광범위한 임상 샘플의 유전체 데이터에서 살펴본 논문입니다. 또한 어떠한 형태로든 C-terminal 절단이 일어난 암세포는 FGFR 억제제에 대한 높은 반응성을 보이는 것을 여러 전임상 및 임상 샘플에서 확인함으로써, FGFR 억제제의 표준 치료법의 대상이 되는 현재의 환자군 (Intron 17 및 exon 18의 구조변이를 가지는 담관암) 외에도 더 넓은 환자군 (C-terminal 절단을 일으킬 수 있는 어떠한 형태의 변이 및 다른 암 종)이 FGFR 억제제의 효과를 볼 수 있음을 보여주고 있습니다. 향후 이에 대한 여러 임상 시험을 통해 더 많은 암 환자들이 치료받을 수 있는 길이 열릴 것으로 생각합니다. 또한 FGFR2 외에도 다른 여러 receptor tyrosine kinase 들에 대한 ‘unknown significance’이 평가들이 새롭게 이루어질 것으로 생각됩니다. 본 연구의 뿌리는 약 10년전에 시작된 Sleeping beauty transposon 기반의 in-vivo screening이였습니다. 이 스크리닝에서는 유방암을 일으킬 수 있는 다양한 유전자들이 발굴되었고, FGFR2의 C-terminal truncation은 그 중 가장 빈번하게 나타나는 마우스 침윤성 유방암 인자였습니다 (Kas et al., Nature Genetics, 2017). 본 연구에서는 FGFR2 C-terminal truncation의 인간 암에 대한 임상적 연관성을 심도 깊게 보여줌으로써 10년전에 시작된 연구를 잘 매듭 지은 것 같아 기쁘
- Nature
- 2022.09.08
- 박정언(Cornell University)
Mechanistic details of CRISPR-associated transposon recruitment and integration revealed by cryo-EM
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2022 Aug 9;119(32):e2202590119 | https://doi.org/10.1073/pnas.2202590119
- 2022.08
- 생명과학
Hypercompact adenine base editors based on transposase B guided by engineered RNA
- Nat. Chem. Biol. Published 01 August 2022 | https://doi.org/10.1038/s41589-022-01077-5
- 2022.08
- 생명과학
- 빈진혁(Netherlands Cancer Institute)
  Interview
Truncated FGFR2 is a clinically actionable oncogene in multiple cancers
- Nature Published 10 August 2022 | https://doi.org/10.1038/s41586-022-05066-5
- 2022.08
- 생명과학
- Matthew E. Kim(University of California, San Diego)
The Rhox gene cluster suppresses germline LINE1 transposition
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA June 8, 2021, 118 (23) : e2024785118 | https://doi.org/10.1073/pnas.2024785118
- 2021.06