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'adar' 에 대한 통합검색결과 7건입니다.

한빛사7건

ADAR1-dependent miR-3144-3p editing simultaneously induces MSI2 expression and suppresses SLC38A4 expression in liver cancer
- Exp. Mol. Med. Published: 04 January 2023 | https://doi.org/10.1038/s12276-022-00916-8
- 2023.01
- 생명과학
김형석

가톨릭대학교 의과대학 (현, 고신대학교)

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 RNA 변형 (RNA modification)은 전사 후 스플라이싱이나 교정, 변형 등에 의해서 RNA 자체 안정성을 조절하여 세포의 운명을 결정하는 등 생체 내 매우 정교하고 복잡한 과정을 조절합니다. 과거에는 주로 rRNA나 tRNA에 주로 발생하는 것으로 알려졌으나, 생명과학기술이 발달하며 mRNA나 lncRNA, 심지어 miRNA에서도 화학 변형이 알려지고 있고, 최근에는 후성전사체 (Epitranscriptome)라는 용어로 새롭게 떠오르는 학문으로 주목받고 있습니다. 대표적인 RNA의 변형으로는 N 6 -methyladenosine (m 6 A), 5-methylcytidine (m 5 C), pseudouridine (Ψ), 2′-O-methylcytidine (Cm), N 7 -methylguanosine (m 7 G) 등이 알려져 있으며, adenosine의 탈아미노화로 인한 inosine 교정 (Adenosine-to-Inosine, A-to-I editing) 또한 가장 잘 알려진 RNA 변형 기전 중 하나입니다 (그림 1). 제가 연구한 논문에서 다룬 A-to-I 교정은 주로 ADAR (Adenosine Deaminase Acting on double-stranded RNA)라는 탈아미노화 효소에 의해서 일어납니다. ADAR 효소는 ADAR1, ADAR2, ADAR3 세 가지로 나누어지는데 TCGA의 간암 빅데이터와 저희 연구실에서 확립한 다단계 간질환 환자 빅데이터를 분석하여 확인했을 때, ADAR1이 비정상적인 유전자 증폭 현상에 의해서 단백질 발현이 증가되고 이렇게 증가된 ADAR1은 더욱 간암을 촉진시킨다 라는 사실을 확인할 수 있었습니다. 간암 발생에서 ADAR1은 AZIN1 단백질을 암호화하는 mRNA의 비정상적 A-to-I 교정 유발 인자로 가장 잘 알려져 있었습니다. 저는 당시 miRNA 연구를 활발하게 하고 있는 중이었고, miRNA의 프로세싱 과정 중 이중가닥을 형성하기 때문에 ADAR의 이름 뜻처럼 RNA 이중가닥에 부착하며 간암에서 증가되어 있는 ADAR1이 miRNA의 A-to-I 교정을 유도할 것이라는 가설을 세웠습니다. 교정이 일어난 miRNA를 찾는 과정은 제가 잘 이해할 수 없는 복잡한 컴퓨터 알고리듬을 필요로 했기 때문에 시작부터 그 과정들은 험난했지만, 마침내 miR-3144-3p라는 miRNA의 seed region에 ADAR1에 의한 A-to-I 교정이 일어난다는 사실을 확인할 수 있었습니다. A-to-I 교정이 일어난 miRNA의 후보들의 결과물을 처음 보았을 때는 그 개수가 많지 않았고 miRNA의 A-to-I 교정 비율 (editing rate)도 높지 않았
- Exp. Mol. Med.
- 2023.01.06
- 김빛내리(서울대학교, 기초과학연구원)
[News & Views]RNA-targeting CRISPR comes of age
- Nat. Biotechnol. Published online : 10 January 2018, 36, 44-45 | doi:10.1038/nbt.4054
- 2018.01
- 생명과학
- 황태영(Johns Hopkins University School of Medicine, Lieber Institute for Brain Development)
- 신주헌(Lieber Institute for Brain Development)
Dynamic regulation of RNA editing in human brain development and disease
- Nat. Neurosci. Published online 27 June 2016, 19, 1093-1099 | doi:10.1038/nn.4337
- 2016.06
안재균

University of California Los Angeles

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 이번 연구에서 저는 CLIP-seq 및 RNA-seq 데이터 등을 이용해서 ADAR1-RNA interaction을 genome-wide 레벨에서 분석했습니다. ADAR (Adenosine deaminase acting on dsRNA)는 alu region에 binding하며 A-to-I RNA editing 등 여러 기능을 담당하고 있을 것으로 생각되어 왔습니다. 그러나 분석 결과 CLIP site는 alu 뿐 아니라 non-alu region, 특히 3'UTR에 많이 분포되어 있었으며, 이 binding을 통해 ADAR1가 alternative 3'UTR usage 및 miRNA의 생성에 연관되어 있음을 알 수 있었습니다. ADAR1은 CFIm68, CstF64 등이 3'UTR에 bind되는 것을 막으면서 3'UTR의 길이를 늘리는 경향이 있으며, 세포 핵 안에서 DROSHA 및 DGCR8과 함께 상호 작용하며 mature miRNA의 발현을 강화하는 것을 확인할 수 있었습니다. 본 연구뿐 아니라, 많은 수의 관련 연구들은 다양한 high-throughput 데이터를 함께 분석함으로써 생명 현상을 다양한 각도에서 바라보는 방식으로 진행되고 있습니다. 이러한 방식에서는 많은 양의 다양한 데이터를 보다 정확하고 효율적으로 분석하기 위한 전산/통계적 방법의 개발 및 서로 다른 종류의 여러 가지 데이터를 통합적으로 분석할 수 있는 프레임워크의 개발이 중요할 것으로 생각합니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다. 제가 소속된 연구실은 Dr. Xinshu Xiao를 PI로 하여 UCLA의 Molecular Biology Institute에 소속되어 있으며, 분자생물학, 생화학 및 의과 대학의 여러 교수님들과 활발하게 공동 연구를 진행하고 있습니다. 저희 연구실은 dry lab 및 wet lab을 동시에 운영하면서 genomics, 분자생물학, systems biology 및 bioinformatics를 결합한 방식으로 연구를 진행하고 있습니다. 3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람 연구를 진행하면서 느끼는 재미는 기존 방법으로 분석되지 않거나 분석이 힘든 데이터를 분석할 수 있는 방법을 찾는 과정에서 느낄 수 있었습니다. 이렇게 찾은 방법이 여러 동료 연구원들의 시간과 노력을 절감하거나, 기존에 얻지 못하던 결과를 얻을 수 있도록 도와줄 때 보람을 느낍니다. 4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면? 저는 computer science로 석사 및 박사 학위를 받았고, 좀 더 깊
- Nat. Commun.
- 2015.03.19
반재훈

University of California, Los Angeles

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 RNA editing은 20여년전 처음 발견된 이후로 현재까지 꾸준한 연구가 진행되고 있습니다. 특히 ADAR (Adenosine deaminase acting on dsRNA) 단백질에 의해 일어나는 A-to-I RNA editing은 유전자변이가 아닌 post-transcriptional level에서 RNA 염기서열을 변형시키는 중요한 생명현상으로 alternative splicing, miRNA processing과 같은 다양한 생명현상에 영향을 줍니다. 본 연구에서는 ADAR를 knock-down시킨 세포와 정상세포에서 추출한 total RNA를 RNA sequencing해서, genome sequence와 RNA sequence를 비교분석한 결과를 발표한 것입니다. 정확한 RNA editing 결과분석을 의해서는 동일세포의 genome sequence가 반드시 필요하며, 여러가지 RNA sequence mapping 방법과 논리적인 data filtration과 simulation 결과를 실험적으로 검증해야 합니다. 이번 연구에서 가장 시간이 많이 소요된 부분도 실험적 검증인데, 12가지의 RNA editing pattern이 실제로 존재하는지 아니면 단순한 sequencing error인지를 세 차례의 revision을 거치며 확인 하였습니다. Systems biology는 현재 가장 활발한 연구가 진행되고 있는 분야로서, 여러 회사에서 2세대, 3세대 sequencing platform이 계속적으로 개발되어 transcriptome sequencing 가격이 하락하는 추세입니다. 따라서 의학, 약학, 및 생물학 등 다양한 분야에서 많은 연구가 진행되고 있어, RNA sequencing을 이용한 systems biology는 앞으로 전망이 밝다고 할 수 있습니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다. 저희 연구실은 1997년 ATP 합성 mechanism으로 노벨상을 수상하신 Dr. Paul Boyer가 설립한 Molecular Biology Institute에 위치하고 있으며, 생화학, 분자생물학, bioinformatics 등 다양한 분야에서 저명하신 교수님들과의 공동 연구 및 world class라고 자부하는 UCLA medical center와의 교류가 용이하여 연구 응용분야가 넓은 것이 특징입니다. 특히 저희 실험실은 속칭 dry lab (bioinformatics 실험실)과 wet lab (molecular biology 실험실)이 같이 운영되는 실험실입니다. 일반적으로 dry 혹은 wet lab 한쪽으로 치우친 연구실이 많은데, 저희 실험실의 장점은 양쪽을 모두를 운영하여 서로간의 긴밀한 교류로 개선점을 쉽고 빠르게 연구에 적용할 수 있
- Genome Res.
- 2011.10.06
- 여종찬(University of California, Davis)
  Interview
RNA editing changes the lesion specificity for the DNA repair enzyme NEIL1
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA November 30, 2010 vol. 107 no. 48 20715-20719. Published online before print November 10, 2010, doi: 10.1073/pnas.1009231107
- 2010.11

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