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1Phosphoproteomics

'Phosphoproteomics' 에 대한 통합검색결과 24건입니다.

한빛사24건

Refining classification of cholangiocarcinoma subtypes via proteogenomic integration reveals new therapeutic prospects
- Gastroenterology 2023 Mar 8;S0016-5085(23)00237-8 | https://doi.org/10.1053/j.gastro.2023.02.045
- 2023.03
- 의약학
- 김태욱(한양대학교)
Mapping the signaling network of BIN2 kinase using TurboID-mediated biotin labeling and phosphoproteomics
- Plant Cell 2023 Jan 20;koad013 | https://doi.org/10.1093/plcell/koad013
- 2023.01
- 생명과학
- 윤세현(Northwestern University)
An IGFBP2-derived peptide promotes neuroplasticity and rescues deficits in a mouse model of Phelan-McDermid syndrome
- Mol. Psychiatr. 2022 Dec 8 | https://doi.org/10.1038/s41380-022-01904-0
- 2022.12
- 생명과학
- 황홍익(Massachusetts Institute of Technology, 한국과학기술연구원)
Neurogranin, encoded by the schizophrenia risk gene NRGN, bidirectionally modulates synaptic plasticity via calmodulin-dependent regulation of the neu
- Biol. Psychiatry Available online 29 July 2020 | https://doi.org/10.1016/j.biopsych.2020.07.014
- 2020.07
- 생명과학
- 함흥식(University of Virginia)
Global targeting of functional tyrosines using sulfur-triazole exchange chemistry
- Nat. Chem. Biol. Published 25 November 2019 | DOI https://doi.org/10.1038/s41589-019-0404-5
- 2019.11
- 바이오·의료융합
- 함흥식(University of Virginia)
Global targeting of functional tyrosines using sulfur-triazole exchange chemistry
- Nat. Chem. Biol. Published 25 November 2019 | DOI https://doi.org/10.1038/s41589-019-0404-5
- 2019.11
- 바이오·의료융합
- 소이슬(연세대학교)
- 반용선(연세대학교)
The TOR Pathway Plays Pleiotropic Roles in Growth and Stress Responses of the Fungal Pathogen Cryptococcus neoformans
- Genetics August 1, 2019, vol. 212 no. 4, 1241-1258 | https://doi.org/10.1534/genetics.119.302191
- 2019.08
- 생명과학
- 채영찬(Wistar Institute)
Mitochondrial Akt Regulation of Hypoxic Tumor Reprogramming
- Cancer Cell Volume 30, Issue 2, 8 August 2016, Pages 257-272 | doi:10.1016/j.ccell.2016.07.004
- 2016.08
- 생명과학
- 신영식(California Institute of Technology, University of California, Los Angeles )
Single-Cell Phosphoproteomics Resolves Adaptive Signaling Dynamics and Informs Targeted Combination Therapy in Glioblastoma
- Cancer Cell Volume 29, Issue 4, 11 April 2016, Pages 563–573 | doi:10.1016/j.ccell.2016.03.012
- 2016.04
- 김동성(Cornell University)
  Interview
Phosphoproteomics Reveals Distinct Modes of Mec1/ATR Signaling during DNA Replication
- Mol. Cell Available online 5 March 2015 | doi:10.1016/j.molcel.2015.01.043
- 2015.03
김동성

Cornell University

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 2015년 2월에 Molecular Cell에 공동1저자로 등재되면서 한빛사에서 연락을 받게 되었습니다. 이번 논문의 주제는 DNA 복제간 Mec1/ATR kinase에 관한 연구입니다. 기존의 위 kinase Mec1/ATR은 single strand DNA에 break이 생겼을 경우 activiation이 되는 것으로 보고 되어 왔습니다. 현재까지의 많은 연구가 DNA damage response에 국한되어서만 연구되어 왔으나 이번 연구로 인해 정상적인 DNA 복제 상태에서도 Mec1/ATR kinase가 작용하는 것으로 저희 연구팀이 최초로 밝혔습니다. 시작은 같은 공동 1저자인 저희 연구실 포닥이었던 Francisco가 시작하여 마무리를 제가 짓게 되었습니다. 원래 논문의 초점은 DNA 복제간 Mec1/ATR kinase가 DNA damage response에 의해서 phosphorylation을 시키는 더 많은 target을 찾는 일이었습니다. 하지만 놀랍게도 저희 연구팀은 정상적인 DNA 복제간에도 위 kinase가 작용함을 알게 되었고, 더욱 면밀히 연구한 결과 위 논문을 발표하게 되었습니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다. 저희 연구기관은 Ithaca라는 미국 뉴욕주 finger lake에 위치한 Cornell University에 있는 Weill Institute 입니다. 2007년에 새로 지어진 흰색 바탕의 건물로, Molecular Biology and Genetics 라는 큰 Department에 소속되어 있고 plant, yeast, mammal에 이르기까지 여러 다양한 organism과 연구 주제를 가지고 있는 교수들이 모여 있는 연구소 입니다. 각 층이 모두 연결되어 있어, 서로 lab들간에 interaction이 매우 잘 이루어지는 것이 장점이라고 할 수 있겠습니다. 그 중에 저희 연구실은 Mass Spectrometry를 이용한 proteomic 연구를 주로 하며 Cornell 뿐만 아니라 세계 여러 다른 랩들과도 활발히 공동연구가 진행되고 있습니다. 3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람 이 논문이 나오기까지 여러모로 고생이라면 고생을 했던 것 같습니다. 미국에 처음 발을 딛고 연구실을 결정한 후, 정말 바쁘게 1년 동안 뒤도 돌아보지 않고 열심히 한 나름의 결과물을 얻게 되어 매우 기뻤습니다. 이제 박사과정을 갓 시작한 초보단계이지만 이번 연구 활동을 통해서 무슨 일이 생겨도 포기하지 않고 끝까지 될 때까지 한다는 생각으로 여러 방면으
- Mol. Cell
2015.03.17
2015.03.17
- 김상태(University of California San Diego)
MS-GF+ makes progress towards a universal database search tool for proteomics
- Nat. Commun. Published 31 October 2014, 5, Article number: 5277 | doi:10.1038/ncomms6277
- 2014.10
- 김상태(University of California San Diego)
MS-GF+ makes progress towards a universal database search tool for proteomics
- Nat. Commun. Published 31 October 2014, 5, Article number: 5277 | doi:10.1038/ncomms6277
- 2014.10
정의환

University of North Carolina at Chapel Hill, Howard Hughes Medical Institute

식물의 MTI 반응은 동물의 선천적 면역으로부터 도입된 개념입니다. 그러나, 현재 ETI의 개념이 동물의 면역반응에도 적용되어 식물에서 먼저 정립된 가설이 동물 연구에 도움이 되는 순방향적 피드백이 일어나고 있습니다. 본 연구를 통해, 애기장대에서의 연구가 유용작물에까지 적용되는 translational research가 될 수 있기를, 식물 면역 연구뿐 아니라 동물 선천성면역 연구에도 아주 아주 작은 도움이라도 되었으면 하는 바람입니다. 2. 연구과정에서 생긴 에피소드 제가 앞서 이번 연구에 대해 간단히 정리하며 “운 좋게도“라고 언급했습니다. “운 좋게도“의 첫번째는 non-specific background signal조차 잡히지 않고 specific하게 RIN4 S141의 인산화만 인지했던 phospho S141-peptide specific antibody입니다. 아마도, 앞으로 이 감사한 재료를 사용하여 할 일들이 많지 않을까 싶습니다. “운 좋게도“의 두번째 (가장 중요한 일로 여겨집니다)는 RIN4 S141의 인산화가 MTI가 활성화되며 증가하는 것을 찾은 일입니다. 위에 소개한 두 가지의 가설을 세운 후 가설을 증명할 가장 처음이자 중요한 실험이 무엇일까 찾아보던 중, 2004년, 2007년에 게재된 애기장대 phosphoproteomics 관련 세 편의 논문을 보던 중 각각의 supplemental table에서 RIN4 S141및 다른 잔기의 인산화 펩타이드를 찾은 것입니다. 물론 당시 논문의 주된 방향이 RIN4와는 상관없어 정량적인 분석이 되어 있지는 않았지만, RIN4 S141이 MTI 과정에서 인산화 된다는 중요한 결과를 확인하게 된 것입니다. 그 때, 등을 타고 올라왔던 전율은 지금도 생생합니다. 이 결과를 바탕으로 RIN4 S141 phospho-mimic / -dead 돌연변이체를 만들어 실험을 수행하였고, 돌연변이체가 만들어지는 동안 앞서 말씀드린 antibody가 제작되어 실제 RIN4 S141의 인산화가 MTI 반응에서 증가함을 보이며 두 번째 가설에 더 무게를 두고 실험을 수행할 수 있었습니다. 정말 작은 것도 무심히 보아 넘겨서는 안되겠다는 교훈을 새기게 된 경험이었습니다. 대신, 이후 supplemental information을 main text보다 열심히 보는 휴유증( )이 생겨 고생을 하고 있습니다. 3. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다. 미국 노스캐롤라이나주 채플힐에 위치한 University of North Carolina (UNC) 대학의 메인 캠퍼스입니다. 현재 제가 속해 있는 생물학과에는 80분
- Cell Host Microbe
2014.10.30
2014.10.30
- 김진호(Technical University of Denmark)
[Correspondence]KinomeXplorer: an integrated platform for kinome biology studies
- Nat. Methods Published online 29 May 2014, 11, 603–604 | doi:10.1038/nmeth.2968
- 2014.05
- 정진주(Harvard Medical School, Boston Children’s Hospital)
  Interview
- 심상희(Harvard University, 현 UNIST)
Structurally Distinct Ca2+ Signaling Domains of Sperm Flagella Orchestrate Tyrosine Phosphorylation and Motility
- Cell Volume 157, Issue 4, 8 May 2014, Pages 808?822 | http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2014.02.056
- 2014.05
- 생명과학
- 정진주(Harvard Medical School, Boston Children’s Hospital)
  Interview
- 심상희(Harvard University, 현 UNIST)
Structurally Distinct Ca2+ Signaling Domains of Sperm Flagella Orchestrate Tyrosine Phosphorylation and Motility
- Cell Volume 157, Issue 4, 8 May 2014, Pages 808?822 | http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2014.02.056
- 2014.05
- 생명과학
정진주

Harvard Medical School, Boston Children’s Hospital

s system 에서는 CatSper 채널이 그 기능을 해야할 세포 표면에 발현하지를 않는데다, 정자는 인체내에서 가장 작은 세포인 까닭에 그 하위 신호전달이 어떻게 이루어지는지에 대한 연구가 진행되지 못하고 있었습니다. 이에 저는 지름이 1 micron이 채 되지 않는 정자 꼬리에서, 빛의 회절 한계 (diffraction limit) 로 인해 해상도가 200-300 나노미터로 제한되는 일반 광학 현미경으로는 CatSper 채널과 그 하위 칼슘신호 전달 물질들의 공간 배열을 밝힐 수 없다는 점을 깨닫고, 이 한계를 극복할 수 있는 있는 초고해상도 현미경을 적용하기 위해서 하버드대 Xiaowei Zhunag 실험실의 심상희 박사와 공동 연구를 시작하였습니다. 이 연구를 통해 저희는 CatSper 채널이 정자 꼬리를 따라 4줄로 배열되어 있을 뿐만 아니라, 여러 칼슘신호전달 물질들을 같이 구획화하여 기능성 칼슘 도메인을 형성함을 보고 하였습니다. 또한 이 독특한 구조를 통한 편모내 신호전달이 정자가 수정능력을 획득하는 과정동안 나타나는 타이로신 인산화 (capacitation-associated tyrosine phosphorylation)를 운동기관인 축사 (axoneme)에 집중시키는 역할을 한다는 것을 발견하였습니다. Phosphoproteomics 연구 방법으로 이 타이로신 인산화가 65곳, 45개의 단백질에 이르며, CatSper 결손생쥐 정자의 인산화 정도와 정량적으로 비교함으로써, 칼슘 의존적으로 조절되는 타이로신 인산화 사이트를 보고하였습니다. 체외에서 정자들을 수정과정획득 하도록 배양하면, 운동성면에서 여러 형질을 보이는 것 (heterogeneous population)이 잘 알려져 있습니다. 저희는 이 차이를 정자 세포 하나 하나의 칼슘 도메인 구성 단백질들의 변화로 설명할 수 있지 않을까 가정하였습니다. 정자의 운동성을 비디오로 기록한 후 이미징 (motility-correlative imaging)을 하였더니, 놀랍게도 과다활성화 운동성을 보인 정자들이 모두CatSper 4줄 구조를 유지하고 있는 것이 관찰되었습니다. CatSper 결손생쥐의 정자는 신체내에서 수정장소로 효율적으로 이동할 수 없었기 때문에, 성공적인 수정을 이끌어내기 위해서는 과다활성 운동성이 필수적이며, CatSper 4줄 배열을 끝까지 잘 유지하여 효과적인 칼슘 신호 전달을 할 수 있는 정자가 수정에 성공한다를 사실을 밝혀 Cell에 이번에 출판하게 되었습니다. 생리적인 환경에서 실제 수정능력을 가지게 되는 정자는 백만분의
- Cell
2014.05.20
2014.05.20
이동현

전남대학교, Dana-Farber Cancer Institute

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 종양억제 단백질인 53BP1 (p53 Binding Protein 1)은 DNA Damage Response (DDR)와 Immune System에서 매우 중요한 분자로 알려져 있습니다. 세포에 치명적인 손상을 일으키는 Double-Strand Break (DSB)의 복구과정 Pathway를 조절하는 Key Player로 최근에 알려지면서 전세계 많은 관심을 끌고 있고, 하루에도 여러편의 관련된 논문이 발표 되고 있습니다. Phosphoproteomics를 통한 Protein Phosphatase에 의한 세포내의 중요 단백질의 인산화 조절에 관한 연구를 수행 하던 중에, 53BP1이 제가 주목하고 있는 Phosphatase (PP4) 의 Target인 것을 발견하고, 53BP1의 인산화 조절이 세포기능에 미치는 영향에 대한 연구를 수행 하였습니다. 그 결과, 53BP1의 Mitosis 특이적인 인산화와 PP4에 의한 비인산화가 이 단백질이 G1 Phase에서의 기능 수행에 결정적인 요소 라는 것을 알게 되었습니다. 면역반응에서 항체생성과 DSB 복구과정 (NHEJ) 모두가 G1 Phase에서 일어나므로, 이 두 과정에 필요 분자인 53BP1의 인산화 조절은 중요하다고 할 수 있습니다. 앞으로 53BP1의 인산화를 포함한 다양한 Post-Translational Modifications (PTMs)에 의한 세포기능, 특히 면역반응 과정의 항체생성에서의 기능에 대한 연구를 수행할 필요가 있다고 생각합니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다. 본 연구를 처음 시작한 곳은 제가 박사 후 과정을 했던 Harvard Medical School, Dana-Farber Cancer Institute 입니다. 이곳은 지난번 인터뷰 때 소개를 했으므로, 2013년부터 조교수로 근무하고 있는 전남대학교 생물학과에 대해 소개하고자 합니다. 임용 후 1년의 시간 동안 실험을 마무리 하게 되었습니다. 지금 저희 생물학과는 현재 12명의 전임 교수님들이 계시고, 기초생물학, 응용생물학, 생태생물학의 세 가지의 연구 트랙으로 구성되어 있으며, 유기적인 상호 공동연구가 활발히 이뤄지고 있습니다. 본 연구자는 기초생물학 트랙에 속한 단백질생물학 실험실의 리더로서 DNA Damage Response (DNA repair, Cell Cycle, Apoptosis)에 관련된 단백질들의 PTMs의 조절에 대한 연구를 수행하고 있습니다. 3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람 12년간의 오랜 미국 유학생활을 마치고 한국에 귀국해서 생활을 한지
- Mol. Cell
2014.04.18
2014.04.18
- 김재영(H. Lee Moffitt Cancer Center and Research Institute)
  Interview
Dissection of TBK1 signaling via phosphoproteomics in lung cancer cells
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA July 23, 2013 vol. 110 no. 30 12414-12419. Published online before print July 8, 2013, doi: 10.1073/pnas.1220674110
- 2013.07