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1PTM

'PTM' 에 대한 통합검색결과 41건입니다.

한빛사41건

Post-translational modification prediction via prompt-based fine-tuning of a GPT-2 model
- Nat. Commun. Aug 07 2024, 15 (1) | https://doi.org/10.1038/s41467-024-51071-9
- 2024.08
- 바이오·의료융합
김윤정

충남대학교 의과대학

ISG15 (Interferon-stimulated gene 15)은 SUMO, NEDD8과 같은 유비퀴틴-유사 단백질(Ubiquitin-like proteins)의 하나로서 단백질 수식화(Posttranslational modification, PTM) 과정을 통해 표적 단백질에 Conjugation (ISGylation)됩니다. ISG15이라는 이름에서 유추해 볼 수 있는 것처럼, ISG15은 인터페론, 바이러스 및 박테리아 감염, 다양한 스트레스에 의해 강하게 유도가 됩니다.
- Exp. Mol. Med.
- 2024.03.25
- 이윤빈(서울대학교)
- 이현우(서울대학교)
Spray-type modifications: an emerging paradigm in post-translational modifications
- Trends Biochem. Sci. Feb 28 2024, S0968-0004(24)00023-9 | https://doi.org/10.1016/j.tibs.2024.01.008
- 2024.02
- 생명과학
남현성

서울대학교

천연물은 다양한 화학적 구조들을 갖고, 생물학적인 적합성이 높아서 신약 개발 등에서 여전히 매우 중요한 역할을 합니다. 그 중에서 이 논문의 주제는 RiPP라는 것을 다룹니다. RiPP는 천연물 군 중 하나로, Ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides의 줄임말로 쉽게 말해 전사-번역을 통해 만들어진 펩타이드에 다양한 PTM들이 들어가서 만들어진 천연물 군이라고 보시면 됩니다.
- J. Am. Chem. Soc.
- 2023.10.12
- 최현준(순천향대학교)
- 김기영(순천향대학교)
Glutathionylation on RNA-binding proteins: a regulator of liquid?liquid phase separation in the pathogenesis of amyotrophic lateral sclerosis
- Exp. Mol. Med. Published: 03 April 2023 | https://doi.org/10.1038/s12276-023-00978-2
- 2023.04
- 생명과학
- 송원용(Foshan University, POSTECH)
Role of ubiquitination in arsenic tolerance in plants
- Trends Plant Sci. 2023 Mar 29;S1360-1385(23)00088-2 | https://doi.org/10.1016/j.tplants.2023.03.008
- 2023.03
- 생명과학
Chemical Knockdown of Phosphorylated p38 Mitogen-Activated Protein Kinase (MAPK) as a Novel Approach for the Treatment of Alzheimer′s Disease
- ACS Central Sci. Publication Date:March 1, 2023 | https://doi.org/10.1021/acscentsci.2c01369
- 2023.03
- 의약학
손승환

경희대학교

표적 단백질 분해 (Targeted Protein Degradation, TPD) 전략은 표적 단백질의 기능을 조절하는 기존 저분자 약물과는 달리, 단백질 자체를 제거하는 약물 개발 방법입니다. 난치성 질환에 대한 새로운 치료 방법이 될 수 있기에, 신약 개발 분야 전반에서 많은 관심을 받으며 연구되고 있습니다. 이러한 TPD 전략은 여러 가지 형태가 존재하는데, 저분자 화합물 (Small molecule)을 이용한 TPD전략으로
- ACS Central Sci.
- 2023.03.30
- 김태욱(한양대학교)
Mapping the signaling network of BIN2 kinase using TurboID-mediated biotin labeling and phosphoproteomics
- Plant Cell 2023 Jan 20;koad013 | https://doi.org/10.1093/plcell/koad013
- 2023.01
- 생명과학
- 이지민(KAIST)
- 백성희(서울대학교)
Control of protein stability by post-translational modifications
- Nat. Commun. Published: 13 January 2023, 14, 201 | https://doi.org/10.1038/s41467-023-35795-8
- 2023.01
- 생명과학
박광수

Icahn school of medicine at Mount Sinai (현 계명대학교 약학대학)

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 저는 Icahn School of Medicine at Mount Sinai의 Jian Jin lab에서 PROTAC 기술을 이용하여 종양단백질을 분해하는 연구를 하고 있는 박광수 입니다. 저희 연구실에서는 기존의 저분자 약물의 한계를 (약물저항성, 선택성, 표적성, 독성 등) 극복하기 위해 PROTAC 기술을 활용하여 여러 병리학적 단백질을 분해하는 프로젝트들이 진행 중에 있습니다 ( https://labs.icahn.mssm.edu/jinlab/ ). PROTAC은 생체 내의 ubiquitination 시스템을 이용하여 표적 단백질을 분해시키는 기술입니다. 화학적 구조는 표적 단백질에 결합하는 저분자 물질 (small molecule)과 E3 ligase에 결합하는 저분자 물질을 링커로 연결시킨 구조로 이루어져 있습니다. 분자 양끝에 표적 단백질과 E3 ligase에 붙는 저분자 물질을 가짐으로써 표적 단백질과 E3 ligase를 물리적으로 가깝게 만들어 주고 이는 자연스럽게 ubiquitination 유도하고 결국 proteasomal degradation을 유도하게 됩니다. [도1] 저희 연구진은 오랜 기간 동안 히스톤 메틸화 효소 (Histone methyltransferase, HMT) 중 하나인 EZH2 (enhancer of zeste homolog 2)에 대해서 연구하고 있었습니다. EZH2는 PRC2 (polycomb repressive complex 2)의 핵심 구성요소로 메틸화 효소작용을 직접 수행하는 역할을 한다고 잘 알려져 있고, 암세포에서 과발현 (overexpression) 되어 있는 경우도 빈번하게 관찰되었습니다. 따라서, 수많은 저해제 (inhibitor)들이 EZH2의 효소적 활성을 조절하기 위해 개발되었습니다. 하지만 Epizyme에서 개발된 Tazemetostat (EZH2 inhibitor)가 blood cancer에서 대해서 FDA 승인을 받은 것 이외에는 많은 저해제들이 효과적으로 암세포를 제어하지 못하였습니다. 최근 많은 연구들에서 그 이유를 암세포에서 EZH2의 protein-protein interaction (PPI)을 통한 비효소적 역할들 때문이라고 제시하였습니다. 특히, EZH2가 거세 저항성 전립선암 (castration-resistant prostate cancer, CRPC)에서 독립적으로 AR (androgen receptor)과 결합하여 유전자 발현을 조절하기 때문일 수도 있다는 선행 연구가 저희 연구진의 관심을 끌었습니다. 본 연구에서는 CRPC에서 EZH2가 TAD (transactivation domain)를 통해서 AR과 직접 결합한다는 것을 밝혔고, EZH2 와 AR 그리고 AR variant 인 A
- Nucleic Acids Res.
- 2022.11.01
- 김의준(University of Wisconsin-Madison)
BAF155 methylation drives metastasis by hijacking super-enhancers and subverting anti-tumor immunity
- Nucleic Acids Res. Volume 49, Issue 21, 2 December 2021 | https://doi.org/10.1093/nar/gkab1122
- 2021.12
- 의약학
STALLION: a stacking-based ensemble learning framework for prokaryotic lysine acetylation site prediction
- Brief. Bioinform. Published: 17 September 2021 | https://doi.org/10.1093/bib/bbab376
- 2021.09
- 생명과학
- 황지원(숙명여자대학교, 현 The University of Texas MD Anderson Cancer Center)
- 김용기(숙명여자대학교)
Protein arginine methyltransferases: promising targets for cancer therapy
- Exp. Mol. Med. 2021 May;53(5):788-808 | https://doi.org/10.1038/s12276-021-00613-y
- 2021.05
- 생명과학
Coordinated Methyl Readers: Functional Communications in Cancer
- Semin. Cancer Biol. Available online 19 March 2021 | https://doi.org/10.1016/j.semcancer.2021.03.015
- 2021.03
- 의약학
정기백

경희대학교, 현 한국생명공학연구원

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 나노포어(nanopore)는 나노미터 혹은 그 이하 길이의 직경을 가지는 구멍을 통해 미세전류가 흐르는 상태에서 검체가 구멍을 통과할 때 발생하는 이온전류변화를 측정 및 분석하는 기술입니다. 나노포어 시스템은 비표지·긴판독길이·고효율·고감도·저비용·실시간 분석이 가능하다는 장점들을 바탕으로 다양한 생체물질의 구조 및 상호작용을 규명가능한 기술로 주목받고 있습니다. 현재 정교한 포어구조를 가진 미생물 유래 이온채널단백질들을 주축으로 한 검체구조분석을 통해 DNA sequencing, RNA methylation, Post-translational Modifications (PTM), peptide sequencing, enzyme activity analysis, protein-protein interaction (PPI) analysis 등 질병진단과 관련된 연구들이 진행되고 있으며, 최근에는 신종 코로나바이러스 감염증과 독감 확진여부를 검사하는데 활용되고 있습니다. 하지만 현행 상용화된 포어를 포함한 대부분의 단백질 기반 나노포어의 경우 포어의 크기 및 구조가 고정되어 있기 때문에 적용가능한 검체가 제한적이며, 검체 대비 커다란 vestibule 혹은 stem 구조에 의해 검체구조분석의 정확도가 떨어지는 문제가 있습니다. 이러한 단점을 극복하기 위하여 site mutagenesis, error prone PCR을 기반으로 한 돌연변이 단백질 나노포어들을 개발하고 있지만 시간, 비용, 전문기술, 그리고 전문인력이 요구되는 한계를 가지고 있어 진입장벽이 높으며, 해외 선도그룹들이 나노포어 연구를 주도하고 있는 상황입니다. 본 연구진은 현행 나노포어기술이 직면한 포어구조의 한계점을 극복하기 위하여 막 내 에서 나노포어를 개발하는 연구를 하였습니다. 지질막 내에서 일어나는 사포닌(alpha-hederin)의 콜레스테롤 농도에 의존적인 포어형성 메카니즘을 규명하였고 이를 기반으로 5 nm 이하의 두께를 가지는 지질막 내에서 다양한 직경(0.6~2.5 나노미터)를 가진 단일 나노포어를 개발하였습니다. 상기 나노포어에 대한 상세 정보는 아래 연구를 참고해주시면 감사하겠습니다. (ACS Nano 2019, 13, 2, 1719?1727) 본 연구에서는 DNA 염기서열분석의 시작단계로서 개발한 alpha-hederin 나노포어의 검체 분석정확도를 테스트했습니다. 상기 나노포어로 Poly cytidine 서열 내 존재하는 adenosine 서열을 가진 DNA
- Biosens. Bioelectron.
- 2020.11.30
이병은

UNIST

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 O-GlcNAcylation은 post-translational modification(PTM) 중의 하나로 serine, threonine자리에 O-GlcNAc(O-linked β-N-acetylglucosamine)을 붙이는 작용입니다. 이것이 serine, threonine이라는 phosphorylation과 같은 자리에 작용하기 때문에 phosphorylation이 관여하는 다양한 cellular signaling에도 관여할 수 있다고 알려져 있었습니다. 이 O-GlcNAcylation이 특히 뇌에서 많이 일어나고 있을 뿐만 아니라 다양한 neuron-specific한 protein에서 O-GlcNAcylation이 일어난다는 이전 연구들이 있어 뇌에서 이 modification의 중요성이 강조되고 있습니다. 하지만 정확히 O-GlcNAcylation이 뇌에서 어떤 역할을 하는지는 알려져 있지 않았습니다. 저는 이 modification을 뇌에서 운동 조절 등의 중요한 기능을 하는 dopamine system에서 어떤 역할을 하는지 연구하였습니다. 이번 논문에서 저는 O-GlcNAcylation이라는 post-translational modification이 dopaminergic neuron의 생사와 기능의 조절에 관여할 수 있고, O-GlcNAcylation의 증가를 통해 dopamine system의 문제로 발생하는 Parkinson’s disease(PD)의 pathology를 완화시킬 수 있다는 것을 규명하였습니다. PD는 퇴행성 뇌질환 중의 한가지로 dopamine system의 문제로 생겨난다고 알려져 있지만 정확한 병의 기전이 알려져 있지 않기 때문에 병의 근원부터 치료할 수 있는 치료법은 현재까지도 알려져 있지 않습니다. PD를 설명하는 여러 pathology 중 한가지로 뇌에서 많이 발현되고 있는 α-synuclein 단백질이 있는데, 이 단백질이 과도한 phosphorylation으로 인해 비정상적인 aggregation을 형성하여 neuronal toxicity를 일으킨다는 것이 알려져 있습니다. 이번 연구에서 이러한 과도한 phosphorylation을 O-GlcNAcylation을 통해 저해시켜 dopaminergic neuron 사멸의 완화와 dopamine release 회복, 그 결과로 motor function까지 회복시켜 성공적으로 PD pathology를 완화시킬 수 있다는 것을 발견하였습니다. 이러한 결과를 통해 PD therapy의 한가지 target으로 O-GlcNAcylation을 제시할 수 있을 것이라 생각합니다. PD와 비슷한 과도한 phosphorylation으로 인한 protein aggregation pathology의 특징을 가지는 Alzheimer’s disease(AD)의 경우, 이 O-GlcNAcylation을
- Brain
- 2020.11.24
RUNX3 methylation drives hypoxia-induced cell proliferation and antiapoptosis in early tumorigenesis
- Cell Death Differ. Published: 28 October 2020 | https://doi.org/10.1038/s41418-020-00647-1
- 2020.10
- 생명과학
정원영

서울시립대학교

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 LDL receptor?related protein 6 (LRP6) 단백질은 Wnt ligand의 co-receptor으로 작용합니다. Wnt가 존재하는 상황에서 LRP6는 Wnt와 결합해 Wnt signaling이 활성화되고, 활성화된 Wnt signaling은 일련의 신호전달 경로를 통해 세포 증식이나 분화에 관련된 여러 유전자의 발현에 관여합니다. 이와 같이 LRP6 단백질은 Wnt signaling의 활성화에 중요한 역할을 하며, LRP6의 조절 이상이나 돌연변이는 Wnt signaling의 비정상적인 작동을 일으키고, 결과적으로 암, 신경 퇴행성 질환, 대사성 질환 및 골다공증 등 다양한 질환과 밀접하게 연관되어 있다는 점이 알려져 있습니다. 이와 같은 LRP6의 중요성 때문에, LRP6와 관련된 신호 조절 메커니즘과 조절 인자에 대해 많은 연구가 이루어지고 있습니다. 2016년 저희 실험실에서는 LRP6를 통한 Wnt signaling의 활성화 과정에서 Merlin이라는 단백질이 관여하고 있다는 새로운 조절 기전을 제시하였습니다 (Kim M et al., Cell Death Differ., 2016). Wnt의 자극이 없는 상황에서 LRP6는 Merlin이라는 단백질과 interaction하고 있어서 활성이 억제된 상태를 유지하고 있지만, Wnt가 존재하는 상황에서는 Merlin이 LRP6으로부터 떨어져 나오고 LRP6가 활성화되어 Wnt signaling을 downstream으로 전달함을 보였습니다. Merlin은 YAP 단백질의 활성을 negative하게 조절하는 Hippo signaling의 main component으로써 잘 알려져 있기 때문에, 저희는 혹시 LRP6가 Merlin을 통해 Hippo signaling의 조절에도 관여해서 결과적으로 YAP 단백질의 활성을 조절할 수 있지 않을까 생각 하였습니다. 선행 논문에 대한 후속 연구로써, 이번 논문은 LRP6가 영양소를 감지함으로써 Hippo signaling의 조절에 관여한다는 내용을 제시합니다. 영양소가 결핍되었을 때 LRP6 단백질 레벨이 감소하고, Merlin을 통해 Hippo signaling이 활성화되어 YAP 단백질의 기능이 비활성화 됨을 확인하였습니다. 추가적으로 LRP6가 영양소를 감지하는 과정에서 post-translational modification (PTM)의 일종인 LRP6의 O-GlcNAcylation이 연관되어 있음을 보았습니다. LRP6에 대한 많은 연구의 경우 LRP6의 인산화 및 Wnt signaling의 조절에 초점이 맞춰져 있습니다. 하지만 이번 논문을 통해 LRP6가 O-GlcNAcylation 될 수 있다는
- EMBO Rep.
- 2020.09.14
이상배

Columbia University Medical Center, 현 전북대학교

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 본 연구는 2016년 발표된 Nature 논문의 후속 연구로써, hypoxia에 반응하는 세포의 신호전달체계를 밝히는 연구입니다. Hypoxia는 암, 허혈성 질환, 저산소증 등 많은 임상 질환과 연관성이 있기 때문에 향후 본 연구의 내용이 치료법 개발에 좋은 기초 자료가 되리라 생각됩니다. 이번에 발표한 연구내용을 간략히 소개해 보면, 이전 Nature에 보고한 연구결과에서 가능성을 확인했던 CMGC kinase인 DYRK1의 활성이 산소의 농도 변화(Nomoxia vs Hypoxia)에 영향을 받아 조절되는 새로운 기전을 밝힌 연구입니다. 이번 연구를 통해서 DYRK1B의 Proline332 잔기의 hydroxylation이 kinase의 성숙과 활성을 조절하는 것을 확인할 수 있었고, 특히 DYRK1의 prolyl-hydroxylation에 의해서 DYRK1의 활성에 관여하는 번역 후 조절 (post-translational modification, PTM)인 Tyr 잔기의 인산화가 직접적으로 DYRK1의 hydroxylation에 의해서 조절받고 있음을 밝힐 수 있었습니다. 이번 연구결과를 바탕으로 Hypoxia-PHD-DYRK1-ID2-VHL complex-HIFa로 이어지는 전체 신호전달 체계를 구체적이고 명확하게 밝혀낼 수 있었습니다. 특히 이 두 연구 결과는 기존에 명확히 밝혀지지 않았던 VHL complex의 활성 조절 기전을 명확히 보고한 첫 사례입니다. 이렇게 하나의 새로운 신호체계를 규명한 점이 큰 의의가 있는 연구 결과입니다. 또한 CMGC kinase에 속하는 다양한 인산화효소들이 DYRK1과 거의 동일한 분자조절 기전을 통해서 조절되고 있음을 확인함으로써 향후 지속적인 연구를 통해서 산소의 농도 변화에 따른 활성이나 신호전달체계의 변화 및 조절기전을 새롭게 밝혀낼 수 있을 것으로 생각됩니다. 이번 연구는 Columbia University에서 진행하던 연구를 전북대에 전임교원으로 임용되면서 전북대에서 기존 그룹과 함께 공동연구를 진행하여 마무리할 수 있었습니다. 연구 진행 중에 미국에서 한국으로 돌아오고 저만의 새로운 실험실을 구축해가며 직접 실험도 진행하며 바쁘게 움직였습니다. 힘들었지만 좋은 기억으로 남을 것 같습니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다. 박사 후 연구원으로 연구를 주로 진행했던 Institute for Cancer Genetics (ICG)는 Columbia university medical center에 소속된 H
- Mol. Cell
- 2020.07.31