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1Isothermal PCR

'Isothermal PCR' 에 대한 통합검색결과 9건입니다.

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- 한상우(서울시립대학교, 현 University of California, San Diego)
  Interview
- 이종범(서울시립대학교)
Rapid Diagnosis of Coronavirus by RNA-Directed RNA Transcription Using an Engineered RNA-based Platform
- Nano Lett. January 4, 2021 | https://doi.org/10.1021/acs.nanolett.0c03917
- 2021.01
- 바이오·의료융합
한상우

서울시립대학교, 현 University of California, San Diego

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 2020년, 코로나바이러스가 대유행을 하면서, 이를 진단하기 위한 수많은 연구들이 진행되어 왔습니다. 가장 일반적인 바이러스 진단 기술로서 reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR)이라고 하는 기술이 널리 연구되었고, 상용화가 되어 왔습니다. 이외에도 reverse transcription에 기반한 Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP), CRISPR 기반의 디텍팅 시스템 등이 개발되어 왔습니다. 이들은 공통적으로 reverse transcription을 통한 complementary DNA (cDNA)의 생성과 이를 증폭시키기 위한 프라이머 DNA의 디자인이 필수적이기 때문에 팬데믹 초기에 진단 키트의 개발에 필요한 시기동안 진단 수요를 충족시키지 못할 수 있기 때문에, 저희는 새로운 접근 방법으로 바이러스를 진단할 수 있는 방법에 대해 생각해보게 되었습니다. 저희는 RNA로부터 RNA를 직접적으로 전사시키는 효소인 RNA-dependent RNA polymerase (RdRP)의 유전정보가 코로나바이러스 내의 RNA에 포함되어 있다는 점에 착안하여, 코로나바이러스에 감염되었을 때 감염 세포 내에서 RdRP 단백질을 탐지하는 방향으로 감염 여부를 판단하는 방법을 제시하였습니다. 이 방법은 다양한 바이러스의 감염여부를 하나의 플랫폼으로 진단할 수 있는 범용적 진단 시스템으로서 활용이 가능하다는 장점이 있습니다. 본 연구팀이 제작한 RNA 플랫폼은 RdRP 단백질의 존재에 의해 전사과정이 진행되면서 그에 따른 형광 신호가 실시간으로 증가됨을 확인할 수 있었고, 감염여부를 30분 이내에 진단할 수 있었고, 이는 코로나바이러스 사태 이후에도 다양한 바이러스성 질병들에 대해서 활용될 수 있을 것으로 기대합니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다. 저는 서울시립대학교 화학공학과 지능형 생체나노소재 연구실에서 이종범 교수님 지도하에 연구를 진행하고 있습니다. 저희 연구실은 핵산을 고분자라는 재료적인 측면에서, 약물전달에 활용할 수 있는 핵산 기반 나노입자나 하이드로젤과 같은 다양한 구조체를 개발하는 연구를 하고 있습니다. 핵산은 일반적인 고분자들과는 다르게 나노 단위에서 조작이 가능하기 때문에 매우 미세한 구조적 설계가 가능하다는 장점이 있고, 이를
- Nano Lett.
- 2021.01.14
- 임다래(경북대학교 수의과대학, 농림축산검역본부)
- 박최규(경북대학교 수의과대학)
Probe?based real?time reverse transcription loop?mediated isothermal amplification (RRT?LAMP) assay for rapid and specific detection of foot?and?mouth
- Transbound. Emerg. Dis. First published: 10 June 2020 | https://doi.org/10.1111/tbed.13669
- 2020.06
- 박건수(한국화학연구원)
Development of Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Assays Targeting Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV
- J. Mol. Diagn. Volume 22, Issue 6, June 2020, Pages 729-735 | https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2020.03.006
- 2020.06
박대찬

아주대학교

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 생명체는 DNA를 유전물질로 사용하여 진화를 합니다. 생물이 탄생하기 전 원시 세계 (Prebiotic World)에서는 이러한 유전 물질이 100bp도 안 되는 짧은 조각으로 존재했으리라 예측할 수 있습니다. 본 연구는 "매우 짧은 DNA조각이 어떻게 유전자를 암호화할 수 있을 정도의 유전체 크기로 성장했을까"라는 분자 진화학적 질문에서 시작합니다. 이에, 짧은 DNA조각이 등온 (isothermal) 에서 선형적으로 길게 성장하는 in vitro 모델 시스템을 제작하여, 진화 중 유전체가 커질 때 어떤 DNA 서열이 더 진화적으로 우월한지를 보여준 논문입니다. DNA 양을 증폭시키는 가장 흔한 방법은 Polymerase chain reaction (PCR)입니다. 하지만, PCR은 Prebiotic World에서 유전체가 커진 기작을 설명하는 데 있어서 적합하지 않습니다. PCR을 위해서는 1) primer가 필요하고 2) thermal cycler처럼 온도가 주기적으로 변해야 하는데, Prebiotic World에서 좀처럼 일어나기 힘든 조건입니다. 더욱이, PCR을 수행했을 때 분자의 개수가 기하급수적으로 늘어나지만 각 DNA 분자의 길이가 늘어나는 것이 아닙니다. 따라서, 분자 진화 과정에서 유전체가 커진 기작을 설명하기 위해서는 다른 모델이 필요했습니다. DNA 분자 진화 모델 구축을 위해, 교신저자인 고려대 정철희 교수는 짧은 DNA 양 끝이 잘 구부러져 primer 없이도 DNA가 등온에서 선형적으로 성장할 수 있는 시스템을 개발하였습니다. 이 시스템에 랜덤 DNA 서열을 삽입하고 등온에서 선형적으로 증폭시켜 수 백 kilobase가 넘는 가상의 원시 유전체를 만들었습니다. 이처럼 생산된 원시 유전체 pool에 대해 NGS를 수행하였고, 생명정보학 분석을 통해 진화의 경향과 선택적 특이성을 밝혔습니다. 이 분자 진화 시스템과 분석법은 생명의 기원 (origin of life)을 연구하기 위한 실험적 모델로서, DNA의 분자 진화 및 선택적 성장의 기작을 이해하는 데 도움이 될 것입니다. 본 연구를 수행하면서 겪은 두 가지 에피소드를 소개하자면 아래와 같습니다. 이 연구 주제만 보았을 때 가장 내용과 적합도(fit)가 높은 저널은 Journal of Molecular Evolution (Impact factor 1점대)이라 판단하고 JME 투고를 고려하고 있었습니다. JME 다음으로 적합도가 높고 Impact factor가 좋은 저널이 NAR이라 생각하여 먼저 투고 했는
- Nucleic Acids Res.
- 2019.02.11
- 손준호(University of California, Berkeley)
- 이평세(University of California at Berkeley)
Ultrafast photonic PCR
- Light-Sci. Appl. Published online 31 July 2015, 4, e280 | doi:10.1038/lsa.2015.53
- 2015.07
- 바이오·의료융합
김지성

University of Toronto

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 Infectious disease is one of the leading causes of global morbidity and mortality despite the fact that many of these diseases are treatable if addressed with proper therapy or medication at the early stage of infection. The prevalence of infectious disease is reported to be more significant in resource-poor settings where there is limited access to centralized laboratory and clinical facilities. For example, in the low-income countries, infectious diseases account for 68% of years of life lost compared to only 8% in high-income countries. However, current disease diagnostic approaches are either unavailable/unaffordable in many developing countries (i.e. PCR or ELISA), or have very low analytical sensitivity and provide only qualitative data (i.e. Lateral flow test). Consequently, there is an increasing demand for cost-effective and portable point-of-care diagnostic system for effective on-site monitoring of infectious viral loads and early detection of diseases. Our study aimed to address this issue by combining recent advances in quantum dot (QD) barcode technology with smartphones and isothermal nucleic acid amplification technique to engineer a simple and low-cost multiplex diagnostic device. QDs are advantageous over organic fluorophores for generating optical barcodes because they have better photo-stability, size-tunable emission wavelength, narrower fluorescence spectra, and wider excitation spectra permitting excitation of multiple colors with a single-wavelength laser source. In a typical QD barcode assay, recognition molecules are conjugated to the surface of QD-encoded microbeads, and target biomarkers bind to these recognition molecules and fluorescently labeled detection probes. There are two optical signals generated from this complex: the first signal is emitted from QDs embedded inside microbeads, which distinguishes the identity of biomarker present in the samples, and the se
- ACS Nano
- 2015.03.03
- Christy Catherine(충남대학교)
- 김동명(충남대학교)
Cell-free platforms for flexible expression and screening of enzymes
- Biotechnol. Adv. Volume 31, Issue 6, 1 November 2013, Pages 797–803. Available online 4 May 2013 | http://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2013.04.009
- 2013.05
- 바이오·의료융합
- 한은택(강원대학교 의과대학, Ehime University)
Detection of Four Plasmodium Species by Genus- and Species-Specific Loop-Mediated Isothermal Amplification for Clinical Diagnosis
- J. Clin. Microbiol August 2007, vol. 45, no. 8 2521-2528 | doi: 10.1128/JCM.02117-06
- 2007.08

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