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Mussel-inspired sulfated hyaluronan cryogel patch with antioxidant, anti-inflammatory, and drug-loading properties for multifunctional wound adhesives
- Bioact. Mater. Oct 2024, 40 | https://doi.org/10.1016/j.bioactmat.2024.08.001
- 2024.10
- 바이오·의료융합
이지혜

고려대학교

뇌신경계 질환은 태아 시기의 신경발달 장애부터 인간 생애 후반부에 주로 나타나는 신경 퇴행성 질환까지, 전 생애에 걸쳐 다양한 형태로 나타납니다. 따라서, 이러한 질환을 보다 포괄적으로 이해하기 위해, 인간 뇌의 발달 과정과 그 과정에서 신경 질환의 위험 유전자들이 세포 발달 과정에 작용하는 양상을 찾는 것이 필수적입니다.
- Exp. Mol. Med.
- 2024.10.10
- 성연주(Washington University School of Medicine)
TOPMed imputed genomics enhances genomic atlas of the human proteome in brain, cerebrospinal fluid, and plasma
- Sci. Data Apr 16 2024, 11 (1) | https://doi.org/10.1038/s41597-024-03140-3
- 2024.04
- 의약학
Advances in single-cell omics and multiomics for high-resolution molecular profiling
- Exp. Mol. Med. Mar 05 2024, | https://doi.org/10.1038/s12276-024-01186-2
- 2024.03
- 생명과학
- 한성균(University of Utah School of Medicine)
Whole-genome sequencing analysis of suicide deaths integrating brain-regulatory eQTLs data to identify risk loci and genes
- Mol. Psychiatr. Published: 04 October 2023 | https://doi.org/10.1038/s41380-023-02282-x
- 2023.10
- 바이오·의료융합
- 전유진(Icahn School of Medicine at Mount Sinai)
Longitudinal dynamics of the gut microbiome and metabolome in peanut allergy development.
- J. Allergy Clin. Immunol. Aug 22 2023, S0091-6749(23)01065-5 | https://doi.org/10.1016/j.jaci.2023.08.012
- 2023.08
- 오영택(Columbia University Medical Center, 현 University of Miami )
  Interview
Integrative multi-omics networks identify PKCδ and DNA-PK as master kinases of glioblastoma subtypes and guide targeted cancer therapy
- Nat. Cancer 2023 Feb;4(2):181-202 | https://doi.org/10.1038/s43018-022-00510-x
- 2023.02
- 의약학
Clinical evidence construction of East Asian herbal medicine for inflammatory pain in rheumatoid arthritis based on integrative data mining approach
- Pharmacol. Res. Volume 185, November 2022, 106460 | https://doi.org/10.1016/j.phrs.2022.106460
- 2022.11
- 의약학
- 노휘재(Broad Institute of MIT and Harvard, 현 Pfizer)
  Interview
High-Resolution Profiling of Lung Adenocarcinoma Identifies Expression Subtypes with Specific Biomarkers and Clinically Relevant Vulnerabilities
- Cancer Res. 2022 Nov 2;82(21):3917-3931 | https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-22-0432
- 2022.11
- 의약학
장우영

경희대학교

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 오믹스 연구에는 유전학, 전 자체, 단백체, 대 사체를 포함한 다양한 연구가 진행된다. 지금까지 단백체, 대 사체와 관련된 다양한 생물학적 샘플에 질량 분석기를 사용하여 광범위하게 연구에 참여했다. 다양한 유형의 질량 분석기가 있지만 분자 네트워크 발견 및 바이오마커 발굴 실험에서는 주로 오비 트랩(Orbitrap) 기반 질량 분석기를 사용되고 있다. 질량분석을 통한 질병 진단에서 멀티와 믹스 및 유전 단백체에 대한 생화학 또한 의류 기관에서 큰 관심을 갖고 있으며, 단백체, 유전체, 대 사체 같은 오믹스 기술의 발전으로 유용한 바이오마커의 발굴이 가속화되고 있다. 질량분석 단백체 실험은 다양하게 있지만 대표적으로 다양한 다른 생물학적 샘플 (KO, mutation, time-point) 을 화학적인 Tandem mass tag (TMT) 또는 SILAC 을 이용하여 상대적 정량화를 통해 다양한 단백질의 발연 차이를 알아볼 수 있다. 자폐스펙트럼 장애에 대한 유전체 연구가 많이 알려졌음에도 아직까지 치료를 위해 어떠한 붐 자 마커 또는 네트워크를 중요한지 모른다. 본 연구를 다 중요 믹스 연구 데이터 통합을 통해 중요한 분자 혹은 네트 쿼크를 발굴하고 싶은 게 연구의 목적이었다. 자폐스펙트럼 장애 (ASD)는 이를 시기에 발생하며, 신경 발달 장애의 하나로, 사회적인 상호작용화 의사소통, 흥미나 행동 및 제한적이고, 반복적인 특성 행동이 주로 되는 나타나는 증상이다. 본 연구는 자폐스펙트럼 장애의 모델인 Cntnap2 KO 생쥐의 mPFC 조직을 통해 단백체 및 대 사체 분석을 질량분석법을 화룡 허여 수행하였다. 더 나아가 단백-대사 체 통합 분석을 진행하였으며 이 분석으로 수집된 데이터와 학계에 보고되었던 환자의 오믹스 데이터와 Cntnap2 돌연변이의 올가 노이드 단일 세포 데이터 비교 분석을 통하여, 흥분성 뉴런에서 물지 대사와 시냅스 등의 네트워크에 문제가 발생함을 확인했다. 본 연구에서 다 중요 믹스 데이터를 통합 분석 기술을 개발하였으며 (생취 단백체, 생쥐 대 사체, 환자 대 사체 및 지질 체, 환자 전 자체, Cntnap2 환자 유래 오거 노이드 단일 세포 데이터) 이를 통해 자폐스펙트럼 장애 환자의 치료를 위한 타깃 세포 및 분자 네트워크를 발굴할였다. 자폐증 스펙트럼 환자에게 보일 수 있는 분자 네트
- Mol. Psychiatr.
- 2022.11.16
김준표

Indiana University

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 알츠하이머병은 제가 전공한 신경과의 여러 분야들중에 가장 연구가 활발한 편에 속합니다. 한국 뿐만 아니라 전세계적으로 알츠하이머병과의 전쟁에서 승리하기 위해 천문학적인 비용이 투여되고 있습니다. 그에 따라 다양한 뇌 영상 및 바이오마커 기술이 발전하며 진단적인 측면에 있어서는 많은 발전을 이루었지만 여전히 환자의 치료라는 측면에서는 제한이 많습니다. 특히 아직도 병인론적인 측면에서 밝혀지지 않은 것이 많아 유전학적 요인들에 많은 관심이 집중되고 있습니다. 유전자형과 관련된 연구는 이미 많은 연구가 이루어져서 연관된 SNP 들이 많이 밝혀졌기 때문에 이제는 transcriptomics, epigenomics 데이터를 이용한 연구 및 이런 다양한 데이터들을 통합하는 연구들이 많이 이루어지고 있습니다 저는 신경과 의사로서 임상의사들이 많이 진행하고 있는 뇌 영상 관련 연구들을 진행해 왔습니다. 비록 전임의 기간동안 R이나 Python 등을 어느정도는 공부했지만, 임상 연구에 사용하기 위함이었기 때문에 Intensive 하게 다루지는 못했습니다. 인디애나 대학교에 합류하면서 여러가지 툴들을 이용해서 Bioinformatics 연구를 진행하게 되면서 하나하나 배우는 과정이 어렵기도 했지만, 노광식 교수님의 지도에 더하여 Google/stack overflow 검색으로 하나씩 주어진 Task들을 해냈을 때의 성취감은 이루 말할 수 없었습니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다. 저는 2019년부터 진행된 바이오메디컬 글로벌 인재양성사업에 선정되어 인디애나 대학교 Indiana Alzheimer’s Disease Research Center (IADRC) 에서 알츠하이머병 관련 bioinformatics 연구를 진행중인 노광식 교수님 lab 에 합류하였습니다. 본 Lab에서는 알츠하이머 연구의 다기관 국제 컨소시움인 ADNI의 Genetics core로 중요한 한 축을 담당하고 있습니다. 연구자 입장에서는 다양한 종류의 Multi-omics 데이터를 접해보고 직접 분석해볼 수 있어 좋은 연구에 대한 많은 기회를 얻을 수 있는 장점이 있습니다. 3. 연구 활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람 연구를 하면서 고민이 되었던 부분은생물학이나생화학의 Background를 가지신 분들 만큼 기초 과학적인 접근을 하기 어렵고 Biostatistics나 컴
- Biol. Psychiatry
- 2022.10.11
- 김준표(Indiana University)
  Interview
- 노광식(Indiana University School of Medicine)
Integrative Co-methylation Network Analysis Biological Psychiatry Identifies Novel DNA Methylation Signatures and Their Target Genes in Alzheimer’s D
- Biol. Psychiatry Available online 24 June 2022 | https://doi.org/10.1016/j.biopsych.2022.06.020
- 2022.06
- 의약학
- 박종찬(서울대학교 의과대학, University College of London)
  Interview
- 묵인희(서울대학교 의과대학)
Multi-Omics-Based Autophagy-Related Untypical Subtypes in Patients with Cerebral Amyloid Pathology
- Adv. Sci. First published: 13 June 2022 | https://doi.org/10.1002/advs.202201212
- 2022.06
- 의약학
- 김승국(Stanford University School of Medicine)
- 서성배(KAIST)
Discovering signaling mechanisms governing metabolism and metabolic diseases with Drosophila
- Cell Metab. Available online 16 June 2021 | https://doi.org/10.1016/j.cmet.2021.05.018
- 2021.06
- 생명과학
- 김민선(세종대학교)
- 김기홍(부경대학교)
Genetically engineered viral hemorrhagic septicemia virus (VHSV) vaccines
- Fish Shellfish Immunol. Volume 95, December 2019, Pages 11-15 | https://doi.org/10.1016/j.fsi.2019.10.031
- 2019.12
- 생명과학
- 김용수(The Netherlands Cancer Institute, VU University Medical Center)
  Interview
Genomic data integration by WON-PARAFAC identifies interpretable factors for predictingdrug-sensitivity in vivo
- Nat. Commun. Published 06 November 2019, 10, Article number: 5034 | DOI https://doi.org/10.1038/s41467-019-13027-2
- 2019.11
- 의약학
- 곽준성(부경대학교)
- 김기홍(부경대학교)
Generation of microRNA-30e-producing recombinant viral hemorrhagic septicemia virus (VHSV) and its effect on in vitro immune responses
- Fish Shellfish Immunol. Volume 94, November 2019, Pages 381-388 | https://doi.org/10.1016/j.fsi.2019.09.026
- 2019.11
- 생명과학
임수빈

National University of Singapore

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 이번 연구는 2017년 한빛사에 소개되었던 제논문(Nat. Commun., 2017)의 후속 연구로 진행되었습니다. 지난 논문에서는 빅데이터를 접목시켜 항암치료법에 효과적인 초기환자군(early-stage)을 선발하는 유전적 바이오마커가 tumor tissue의 extracellular matrix-related (이하 matrisome) 였다는 내용을 발표하였습니다. 하지만 진정한 정밀의료의 실현을 위해서는 이런 침습적 조직 검사(tumor biopsy)가 아닌 액체 생체검사(liquid biopsy)가 개발되어야합니다. 이를 위해, 암환자 사망의 90% 이상의 원인인 전이의 과정에서 가장 중요한 순환 종양 세포 Circulating tumor cells (이하 CTCs)를 이용하여, 조직에서 찾은 바이오마커를 single-cell level 에서 적용시켜보았습니다. 이번 연구에서는 microfluidic chip 을 통해 잡은 폐암환자의 CTCs 에서 1) 조직에서 보였던 matrisome expression 의 heterogeneity 가 reflect 되며, 2) 특정 matrisome 유전자들이 전이상태에따라 발현량이 다르다는 점을 발견하였고, 3) 발견된 새로운 바이오마커를 조직에 적용하여 예전보다 정확하게 재발을 예측할수있는 모델을 구축하였습니다. 이로인해 전이의 원인이 되는 CTCs 들이, tissue내에서 benign 이 아닌 aggressive 한 세포들의 특징을 가지고 떨어져나와 혈액속을 순환한다는 점과, 전이 과정에서의 여러 step들에 (e.g., tumor invasion, during circulation) 반복적으로 발현이 많이 되는 유전자들의 중요성을 증명하였습니다. 처음 연구에서 생성된 암 &정상 조직 유전자 발현량 빅데이터(Sci. Data., 2018)를 비롯하여 PNAS 에서 생성된 single-CTC 데이터는 현재 바이오마커 발굴과 응용 연구를 위해 오픈 소스로 공유되있고 (Figshare., 2019), 머신러닝 기반인 CIBERSORT 를 생성된 빅데이터에 응용하여 찾은 promising 한 면역체크포인트억제제 (immune checkpoint inhibitor) 가 논문(NPJ Precis. Oncol., 2019)을 통해 발표되었습니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다. 4년간의 PhD 연구를 진행하였던 Prof. Chwee Teck Lim 랩은 NUS (싱가포르 국립대) Institute for Health Innovation &Technology (iHealthTech)와 Department of Biomedical Engineering, Mechanobiology I
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA
- 2019.09.02
- 배용호(University at Buffalo, The State University of New York)
Optogenomic Interfaces: Bridging Biological Networks With the Electronic Digital World
- Proc. IEEE Volume: 107, Issue:7, July 2019, Page(s):1387-1401 | DOI : 10.1109/JPROC.2019.2916055
- 2019.07
Integrative analysis of genomic and transcriptomic characteristics associated with progression of aggressive thyroid cancer
- Nat. Commun. Published 24 June 2019, 10, Article number: 2764 | https://doi.org/10.1038/s41467-019-10680-5
- 2019.06
- 의약학