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'E. coli' 에 대한 통합검색결과 47건입니다.

한빛사47건

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- 채동언(KAIST, 현 Stanford University)
  Interview
- 이상엽(KAIST)
Biosynthesis of poly(ester amide)s in engineered Escherichia coli
- Nat. Chem. Biol. 17 March 2025 | https://doi.org/10.1038/s41589-025-01842-2
- 2025.03
- 생명과학
- 이지영(The Ohio State University)
Urban stormwater green infrastructure: Evaluating the public health service role of bioretention using microbial source tracking and bacterial communi
- Water Res. May 23 2024, 259 S0043-1354(24)00719-X | https://doi.org/10.1016/j.watres.2024.121818
- 2024.05
- 바이오·의료융합
Biological Reaction Engineering for the Preparation of C9 Chemicals from Oleic Acid: 9-Aminononanoic Acid, 1,9-Nonanediol, 9-Amino-1-nonanol, and 1,9-
- ACS Catal. 2024,14, 4130?4138 | https://doi.org/10.1021/acscatal.4c00302
- 2024.03
- 생명과학
우현재

건국대학교

산업 분야에서는 미생물을 통하여 효소, 바이오 연료, 의약품과 같은 고부가가치의 대사산물을 생산합니다. 이를 가능하게 하는 핵심기술은 대사공학인데, 이를 위해서는 미생물 시스템의 전체 대사과정을 상세히 규명하는 것이 중요합니다. 그러나 간단한 대장균조차 수천 개의 대사유전자(metabolic genes), 대사반응(metabolic reactions), 대사물질(metabolites)들이 서로 복잡하게 얽혀있어 특정 대사시스템을 직관적으로 이해하기는 쉽지 않습니다.
- Mol. Syst. Biol.
- 2024.02.07
진병창

MGH/Harvard Medical School

간에서의 증가된 cytosolic NADH/NAD+ (흔히 hepatic reductive stress라고 함)는 알콜성 또는 비알콜성 지방간에서 나타나는 공통적인 특징 중 하나입니다. 그러나 현재까지 이러한 특징이 단순히 알콜 혹은 비알콜 (특히 고지방식)의 대사산물의 결과물인지, 아니면 증가된 NADH/NAD+ 비율이 특정 기능을 하는지는 알려지지 않았습니다.
- Cell Metab.
- 2023.12.26
- Tayyab Islam(UNIST)
- 박성훈(UNIST)
Metabolic engineering of Escherichia coli for enhanced production of 1,3-butanediol from glucose.
- Bioresour. Technol. Available online 1 October 2023 | https://doi.org/10.1016/j.biortech.2023.129814
- 2023.10
- Charles Jo(Boston University)
Unlocking the magic in mycelium: Using synthetic biology to optimize filamentous fungi for biomanufacturing and sustainability
- Mater. Today Bio Volume 19, April 2023, 100560 | https://doi.org/10.1016/j.mtbio.2023.100560
- 2023.04
Acquired susceptibility to autoimmune diseases in pediatric patients with Escherichia coli infection: A population-matched retrospective cohort study
- J. Autoimmun. 2023 Feb 1;102997 | https://doi.org/10.1016/j.jaut.2023.102997
- 2023.02
- 의약학
- 황승하(한국과학기술원)
- 강진영(KAIST)
Structural basis of transcriptional regulation by a nascent RNA element, HK022 putRNA
- Nat. Commun. 2022 Aug 15;13(1):4668 | doi: 10.1038/s41467-022-32315-y
- 2022.08
- 생명과학
- 조성익(기초과학연구원, 서울대학교)
  Interview
- 김진수(기초과학연구원, 서울대학교)
Targeted A-to-G base editing in human mitochondrial DNA with programmable deaminases
- Cell Volume 185, Issue 10, 12 May 2022, Pages 1764-1776.e12 | https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.03.039
- 2022.05
- 생명과학
- 최동희(University of California San Diego)
  Interview
- 조병관(KAIST)
Synthetic 3′-UTR valves for optimal metabolic flux control in Escherichia coli
- Nucleic Acids Res. First published: 31 March 2022 | https://doi.org/10.1093/nar/gkac206
- 2022.03
- 생명과학
김진욱

서울대학교

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 본 논문은 class A GPCR에 속하는 Neuropeptide Y1 receptor (NPY1R)가 Neuropeptide Y (NPY)에 의해 활성화되는 기전을 극저온전자현미경 기법 (cryo-EM)을 통해 밝힌 연구입니다. NPY는 중추신경계에서 가장 abundant한 펩타이드 (36개 아미노산) 호르몬 중 하나로 알려져 있으며 식욕 조절, 스트레스 반응, 불안 등의 다양한 생리적 과정에 관여합니다. 가령 비만의 경우 NPY가 증가되어 있거나 스트레스성 알코올 의존을 보이는 초파리는 NPY homolog인 Neuropeptide F 수치가 낮아져 있고 이를 증가시키면 알코올 의존도가 떨어집니다. 이런 점에서 예로부터 NPY 신호전달을 연구하고 조율할 수 있는 방안을 찾아왔습니다. 이번 연구를 통해서 NPY 리간드의 작용을 분자수준에서 이해할 수 있게 되었고 비만이나 불안증과 관련 질환을 다루는데 도움이 될 것으로 기대가 됩니다. GPCR은 공통적으로 7개의 막관통 도메인을 가지는 특징으로 얼핏 보면 구조가 다 비슷해 보이지만 세포내/외 loop들의 길이도 다양하고 여기에 결합하는 리간드의 종류나 구조적 변화의 다양성이 아주 큽니다. 더욱이 정적인 구조분석을 넘어 동적 움직임에 대한 분석도 정교한 작용기전 모델링을 위해 필요합니다. GPCR이 워낙 다양한 생리학적 반응을 매개하고 질병과도 연관이 많아 제약 및 구조 분야에서도 활발한 연구가 이루어지고 있는데 기술의 발달과 축적된 지식으로 활성화 구조 규명의 경쟁이 점점 심해지고 있습니다. 많은 분야가 그러하듯이 2~3년 전만 하더라도 하나의 GPCR-G protein 복합체의 구조 규명만으로 높은 임팩트를 받은 반면 지금은 두 세 구조를 한번에 규명하거나, 다양한 state를 분리하거나 새로운 ligand를 개발하거나 등의 트랜드가 보여 항상 새로운 것에 도전하고 있습니다. 지난 LRP6-Sclerostin 복합체 X-ray 구조 연구를 마무리하면서 전반적인 cryo-EM 셋팅 중 연구실의 박채희 연구원님이 하시던 NPY1R-G-protein 복합체 단백질을 스크리닝하게 되었습니다. 약 10장 정도 micrograph를 얻었는데 2D-average에서 아주 희미하게 GPCR-G-protein complex의 형태가 보이는 것 같아 본격적으로 데이터 구조분석을 시작하게 되었습니다. 그 당시 국내 현미경 네트워크가 막 커지기 시작한 시기라 데이터 수집에 시간이 오래 걸렸고 Grid
- Nat. Commun.
- 2022.03.28
박채희

서울대학교

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 이번 논문은 Neuropeptide Y (NPY)와 NPY의 receptor subtype 중 하나인 NPY1R, 그리고 하위 신호전달을 매개하는 G-protein 과의 complex 구조를 규명하고, 구조를 바탕으로 한 NPY1R의 활성화기전을 다룬 논문입니다. NPY는 체내에서 식욕, 우울, 뼈 형성, 체온 조절 등 다양한 생리활동을 조절하고 있는 펩타이드입니다. 이름에서 알 수 있듯 뇌에서 주로 작용하지만 신체의 다른 조직에서도 작용하는데, 이러한 NPY에 의한 신호전달은 수용체인 NPYR에 의해 이루어집니다. NPYR은 class A G-protein coupled receptor에 속하는 막단백질로 Gi 또는 Go type의 G-protein을 통해 세포 내부로 신호를 전달합니다. NPY와 NPYR간의 interaction에 대해서는 Mutagenesis assay와 modeling등을 통해 연구가 되어왔지만 실제 결합 구조와 이 결합이 어떻게 NPYR을 활성화시켜 G-protein의 결합을 유도할 수 있는지에 대해서는 보고된 바가 없었습니다. 본 연구에서는 NPY-NPY1R-G-protein 복합체의 삼차원구조를 cryo-EM이라는 방법을 통해 규명하였습니다. 이 구조를 통해 NPY의 C말단이 NPY1R의 TM pocket에 결합하며, 특이하게도 N말단이 NPY1R 쪽으로 다시 접근하여 결합을 형성하고 있는 것을 확인하였습니다. 구조에서 확인되는 interaction들은 BRET 및 Ca2+ signaling assay와 같은 cell-based assay와 MD simulation을 통해 검증하였으며, 이 결과들을 종합하여 NPY1R의 활성화기전을 제시할 수 있었습니다. 이 결과는 추후 비만이나 우울증과 같은 NPY 관련 질병 등의 치료제로 활용될 수 있는 새로운 ligand 개발에 도움이 될 것으로 생각됩니다. 본 연구는 제가 실험실에 입학한 6개월차에 참여하게 된 프로젝트였습니다. 저희 실험실 강현욱 박사님이 진행하던 프로젝트였는데 그 당시에는 NPYR의 구조가 보고된 적이 없었기 때문에 박사님과 저는 NPY1R에 약간의 mutation을 더해 antagonist와 복합체를 만들어 X-ray crystallography 방법으로 삼차원구조를 규명하고자 하였습니다. 하지만 몇 개월 지나지 않아 2018년 4월 Nature지에 antagonist-bound NPY1R의 구조가 먼저 publish 되었습니다. 하필 저희가 design해서 한참 정제하고 있었던 NPY1R construct와 거의 같은 construct를 사용했다는 점이 정말 마음이 아픈 부분이었습니다.
- Nat. Commun.
- 2022.03.18
박솔잎

CNIO (Spanish National Cancer Research Center)

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 우리의 유전자는 생물학적인 부모를 통해 각각 받은 two-copies 로 이루어져 있습니다. 예전부터 알려진 학설로는, cancer driver gene (체세포의 변형이 cancer 를 일으킨다고 알려진 유전자들) 중에서, oncogene 의 경우, single mutation 만으로 암을 일으킨다고 알려져 있으며 (dominant effect) tumor suppressor gene의 경우, 각 각의 copy 가 mutation 이나 copy-number changes 를 가지고 있는 (bi-allelic inactivation) 을 보인다고 생각해 왔습니다. 하지만, 대량의 cancer genomics data 들이 축적됨으로 인해, 다양한 예외의 유전자들이 발견되었고 classical model 의 변형이 필요하다는 논의가 시작되었습니다. 이 논문은 이와 관련하여 두가지 질문을 던지고 있습니다. (1) 암 유형별로 (cancer-type) cancer driver genes 들이 mutation x copy-number change 간의 관계가 얼만큼 diverse 한가? (2) 암 유형별로 차이를 보인다면, 그 이유는 무엇일까? 이 질문에 대한 답으로 cancer genomics 를 이용하여 처음으로 high-order interactions (3-way interaction) 을 제시하였습니다. 즉, 첫번째 유전자 내에서의 mutation 과 copy-number alteration 의 상관 관계 (2-way interaction; cis-interaction) 을 파악하고, 더 나아가 두번째 유전자의 mutation 정보가 어떻게 첫번째 유전자의 2-way interaction 이 바꿀 수 있는지를 분석한 논문입니다. 예를 들어, skin cancer 의 경우, 대표적인 oncogene, BRAF 는 BRAF mutation 과 BRAF copy-number gain 이 유의미하게 같이 나타나지만 (positive 2-way interaction), 이 interaction 은 NRAS mutation 에 따라서 달라지게 됩니다. NRAS mutation 을 가진 cancer sample 의 경우, 2-way interaction 이 사라지게 되고, 반대로 NRAS mutation 이 없는 sample 의 경우, 2-way interaction 이 강화되는 현상을 보게 됩니다 (negative 3-way interaction). 위와 같은, high-order interaction 의 경우, yeast 나 E.coli 등에서는 실험적으로 검증이 되었으나 (cancer) genomics 에서는 처음으로 이 연구를 통해서 분석되었습니다. 특히, 한 명의 암환자가 최소 3개 이상의 다른 cancer driver genes 변형을 가지고 있다고 보고되었기에, 서로 다른 유전자들간의 관계를 밝히는 일은 매우
- Nat. Commun.
- 2021.12.08
Glyoxylate carboligase-based whole-cell biotransformation of formaldehyde into ethylene glycol via glycolaldehyde
- Green Chem. First published : 19 Nov 2021 | DOI : https://doi.org/10.1039/D1GC03549E
- 2021.11
- 생명과학
이현지

GIST

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 세포 내에서 RNA는 생성 후 분해 과정을 통해 유전자의 발현을 조절하며, 모든 계통의 세포는 RNase H라는 효소를 이용하여, RNA를 분해합니다. 이 효소의 돌연변이는 각종 자가 면역 질환을 유발하며, 에이즈 질병과 관련된 HIV 바이러스에서 RNase H는 필수적인 단백질로 알려져 있습니다. 더불어, 차세대 미래 신약기술로 활용되고 있는 RNA 치료제 중, ASO(antisense oligonucleotide)는 타겟 전사체에 결합한 후, RNase H에 의해 RNA를 분해하도록 설계되고 있습니다. 따라서, RNase H의 RNA 분해 기전을 이해하는 것은 RNA 치료제의 효율을 높이는 데에 기여할 뿐만 아니라, 자가 면역 질환 및 HIV 바이러스의 신약 개발에 활용될 수 있는 기반을 마련한다. 본 논문은 세포 내, RNase H에 의한 DNA 복제 및 전사 과정에서 생성된 RNA의 분해 기전을 단일 분자 수준에서 연구한 논문입니다. 본 논문에서는 동력학적 측면에서 기전을 이해하기 위해서, 단일분자 형광 이미징 기술(single molecule FRET)을 이용하여 RNase H와 RNA:DNA 혼성체 사이의 상호작용과 RNA 분해 반응을 나노미터 수준의 정확도로 밀리초 단위에서 실시간으로 관찰하였습니다. 본 연구에서는 기존 연구에서 많이 사용된 간단한 구조의 RNA:DNA 혼성체뿐만 아니라, 실제 DNA 복제 과정 중 형성됨에도 불구하고 대부분의 연구에서 간과된 단일 가닥의 DNA 오버행 구조를 고려한 RNA:DNA 혼성체를 이용하였습니다. RNase H는 RNA:DNA 혼성체의 구조에 따라서 다른 결합 모드를 보여주었을 뿐만 아니라 RNA 분해의 동력학적 특성이 다르게 나타남을 규명하였습니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다. 저는 광주과학기술원 생명과학부 단일 분자생물학 및 세포다이나믹스 연구실의 박사과정 학생으로써 이광록 교수님의 지도 하에 연구를 진행하였습니다. 저희 연구실은 크게 DNA 손상 단백질을 연구하는 팀과 세포 기계생물학을 연구하는 팀으로 나누어져 연구를 진행하고 있습니다. 저희는 biology와 physics를 접목한 biophysics 분야로 하나의 분야만으로는 할 수 없는 연구를 진행하고 있습니다. 특히나 Biology를 실시간으로 직접 관찰할 수 있다는 이점을 가지고 다양하고 흥미로운 연구를 진행하는 환경을 조성하고 있습니다.
- Nucleic Acids Res.
- 2021.11.18
이무훈

The University of Tokyo

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 이번에 한빛사를 통해 소개된 저의 논문은 Reconstitution of mammalian mitochondrial translation system capable of correct initiation and long polypeptide synthesis from leaderless mRNA 라는 논문입니다. 미토콘드리아는 원시 박테리아가 진핵세포 안에서 세포내 공생을 한 것으로 생겨났다고 알려진 세포내 소기관으로, 세포가 사용하는 에너지의 대부분을 생산하는 발전소 역할을 하며 그 외에도 여러 대사에 관여하고 있습니다. 미토콘드리아의 가장 큰 특징은 세포핵과 별개로 미토콘드리아 고유의 DNA를 가지고 있다는 점으로, 미토콘드리아 DNA를 이용하는 독자적인 단백질 합성계를 가지고 있는 점입니다. 최근의 Crispr-cas9을 비롯한 여러 유전자 조작, 편집기술이 개발되었지만, 미토콘드리아의 유전자를 조작, 편집할 수 있는 기술은 현재까지 개발에 어려움을 겪고 있습니다. 본 논문은, start codon을 인식해서 충분히 긴 단백질을 합성할 수 있는 무세포 포유류 미토콘드리아 단백질 합성계를 재구축하는데 성공했다는 것을 소개한 논문입니다. 저희가 확립한 in vitro cell-free reconstituted translation system은 포유류 미토콘드리아 리보솜(돼지 간 미토콘드리아유래), 포유류 미토콘드리아 번역인자(E.coli recombinant), mRNA(in vitro transcription)를 각각 정제한후 시험관내에서 재구성해서 단백질합성을 진행합니다. tRNA는 미토콘드리아 유래의 tRNA를 대량정제 하는게 매우 어렵기 때문에 현재는 yeast아니면 E.coli유래의 tRNA를 이용하고 있습니다. 저희가 확립한 기술은 선행연구들의 포유류 미토콘드리아 무세포 단백질 합성계들과 달리, 1) start codon을 정확히 인식하고, 2) 번역기구가 번역인자들에 의존하며, 3) 충분히 길면서 기능을 가진 단백질(nanoluciferase)을 합성하는데 성공한 세계최초의 in vitro cell-free reconstituted translation system입니다. 현재 이 기술을 이용해서 저희 연구실에서는 포유류 미토콘드리아의 translation initiation, elongation, termination/recycle기구에 대한 연구를 진행하고 있습니다. 저희의 기술을 이용해서 미토콘드리아 tRNA의 modification이 번역기구에 어떤 영향을 미치는지, 번역인자의 dysfunction과 관련된 미토콘드리아 질환의 분자 메커니즘, 항생제 부
- Nucleic Acids Res.
- 2021.09.16
김진욱

서울대학교

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 이번 논문은 Wnt 신호전달의 보조 수용체인 LRP6와 조절자 Sclerostin 단백질 (SOST)에 관한 연구입니다. Wnt 리간드가 세포 밖에 존재하게 되면 수용체 Frizzled와 보조 수용체인 LRP6와 상호작용하여 ternary complex를 이루고 canonical Wnt 신호전달이 활성화됩니다. 이때 SOST는 LRP6와 결합하여 ternary complex 형성을 방해한다고 알려져 있었습니다. 이 SOST 단백질은 주로 골세포에서 분비되면서 조골세포의 Wnt 신호전달을 억제, 분화를 억제하여 뼈의 항상성을 조절합니다. 뼈 밀도가 저하되어 골절에 취약한 골다공증은 전통적으로 골흡수 억제제를 투여하는 치료가 이루어졌지만 최근 이 SOST를 억제하여 골생성을 촉진하는 치료방식이 주목받기 시작했습니다. SOST의 구조는 단일 NMR 구조와 loop2의 일부 아미노산이 LRP6의 세포 밖 첫 번째 도메인 (E1)에 결합한 결정구조가 알려져 있었습니다. 하지만 LRP6 E1 도메인만으로는 SOST에 강하게 결합하지 못하고, 반대로 SOST loop 부분만으로는 LRP6에 대한 결합력이 약하다는 실험결과가 있어 E1 이외에 새로운 결합위치가 존재할 가능성이 있었습니다. 본 연구에서는 기존 연구결과의 한계를 극복하기 위해 LRP6 E1E2 도메인과 SOST가 결합한 단백질의 삼차원 구조를 규명하고 두 결합 site가 있다는 것을 밝혀냈습니다. 이러한 구조연구 결과를 뒷받침하는 두 단백질 간의 결합력 측정, Wnt 신호전달 분석, XL-MS, 단백질 모델링 그리고 Xenopus laevis 배아를 이용한 발생과정 관찰 등 다양한 생화학적, 기능적 분석을 통해 추가로 검증하였습니다. 이를 통해 SOST의 작용 기전을 분자수준에서 규명함으로써 SOST의 Wnt 신호저해 메커니즘을 새롭게 제안하였고, 이로부터 새로운 골다공증 치료제 개발 가능성을 제시할 수 있었습니다. 본 연구는 제가 실험실에 입학하고 6개월 정도 후에 시작했던 프로젝트로 현재까지 저의 대학원 생활과 함께했다고 할 수 있습니다. 대량정제에 처음 성공한 단백질이며 크리스탈 셋업 이외에도 거의 대부분의 연구 방법과 과정을 처음 겪었던 단백질이네요. 그 만큼 서로를 많이 괴롭히며 시행착오를 겪은 것 같습니다. 그 중 단백질 결정 연구 분야에서 많이 전해지는 에피소드를 저도 겪게 되었습니다. 한창 단백질 정제 과정을 최적화하여 크
- Nat. Commun.
- 2020.11.06
- Cheng Wei Nee(건국대학교)
- 한성구(건국대학교)
Short communication: Effects of moringa extract on adhesion and invasion of Escherichia coli O55 in bovine mammary epithelial cells
- J. Dairy Sci. Volume 103, Issue 8, August 2020, Pages 7416-7424
- 2020.08
- 생명과학
- 신정호(Cornell University)
Structural basis of peptidoglycan endopeptidase regulation
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA First published May 11, 2020 | https://doi.org/10.1073/pnas.2001661117
- 2020.05