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'Directed evolution' 에 대한 통합검색결과 43건입니다.

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Enzymatic oxidation of polyethylene by Galleria mellonella intestinal cytochrome P450s
- J. Hazard. Mater. Volume 480, 5 December 2024, 136264 | https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2024.136264
- 2024.12
- 생명과학
- 장성민(California Institute of Technology)
Human cell surface-AAV interactomes identify LRP6 as blood-brain barrier transcytosis receptor and immune cytokine IL3 as AAV9 binder
- Nat. Commun. 08 September 2024 | https://doi.org/10.1038/s41467-024-52149-0
- 2024.09
- 문태석(Washington University in St. Louis)
Advances in ligand-specific biosensing for structurally similar molecules
- Cell Syst. Dec 20 2023, 14 (12) S2405-4712(23)00301-0 | https://doi.org/10.1016/j.cels.2023.10.009
- 2023.12
- 생명과학
남현성

서울대학교

천연물은 다양한 화학적 구조들을 갖고, 생물학적인 적합성이 높아서 신약 개발 등에서 여전히 매우 중요한 역할을 합니다. 그 중에서 이 논문의 주제는 RiPP라는 것을 다룹니다. RiPP는 천연물 군 중 하나로, Ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides의 줄임말로 쉽게 말해 전사-번역을 통해 만들어진 펩타이드에 다양한 PTM들이 들어가서 만들어진 천연물 군이라고 보시면 됩니다.
- J. Am. Chem. Soc.
- 2023.10.12
- 황원묵(Texas A&M University)
Harnessing αβ T cell receptor mechanobiology to achieve the promise of immuno-oncology
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2023 Jul 4;120(27):e2215694120 | https://doi.org/10.1073/pnas.2215694120
- 2023.07
- 생명과학
- 김한길(Hokkaido University)
Two mutually exclusive evolutionary scenarios for allexiviruses that overcome host RNA silencing and autophagy by regulating viral CRP expression
- PLoS Pathog. Published: June 28, 2023 | https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1011457
- 2023.06
- 생명과학
- 김다임(Cornell University)
Ccr2+ monocyte-derived macrophages influence trajectories of acquired therapy resistance in Braf-mutant melanoma
- Cancer Res. 2023 May 17;CAN-22-2841 | https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-22-2841
- 2023.05
- 이송이(Stanford University)
Engineered allostery in light-regulated LOV-Turbo enables precise spatiotemporal control of proximity labeling in living cells
- Nat. Methods 2023 May 15 | https://doi.org/10.1038/s41592-023-01880-5
- 2023.05
- 서대제(서울대학교)
- 김석희(서울대학교)
A dual gene-specific mutator system installs all transition mutations at similar frequencies in vivo
- Nucleic Acids Res. 2023 Apr 18;gkad266 | https://doi.org/10.1093/nar/gkad266
- 2023.04
- 생명과학
권정훈

툴젠

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 프라임 에디팅(Prime editing)은 DNA의 한쪽 가닥만 절단하는 Cas9 nickase에 역전사 효소(Reverse transcriptase)를 연결한 프라임 에디터 단백질(Prime editor)과 pegRNA(Prime editing guide RNA)를 이용하여 유전자 편집을 일으키는 기술입니다. 프라임 에디팅은 일반적인 캐스9 에디팅(Cas9 editing)과 베이스 에디팅(Base editing, Cas9 nickase에 Cytosine과 adenine을 deamination 시키는 단백질을 연결하여 사용)보다 원하는 표적 유전자 서열(on-target)에 더욱 정교한 유전자 교정이 가능하며, 원치 않는 위치에 유전자 교정을 일으키는 비표적 서열(off-target) 교정 현상 역시 보다 적은 것으로 알려져 있습니다. 유전자 교정 기술을 치료제로 사용하기 위해서는 비표적 서열 교정을 예측하는 안전성 평가가 필요합니다. 캐스9 에디팅과 베이스 에디팅에 대한 비표적 서열을 예측하는 실험법들이 많이 개발되어 있지만 프라임 에디팅을 위한 예측법은 없었습니다. 저희 연구팀은 프라임 에디팅에 대한 비표적 서열 교정 예측 기술의 필요성을 느끼고 TAPE-seq (TAgmentation of Prime Editor sequencing)이라는 실험법을 개발하였습니다. TAPE-seq에 대하여 간단히 설명을 드리자면 프라임 에디팅 과정 중에 사람의 genome과 유사성이 적은 Tag 시퀀스가 삽입되도록 만들고 Tag 특이적인 PCR 증폭을 통해 프라임 에디팅이 일어난 위치를 NGS(Next generation sequencing)로 잡아내는 기술입니다. TAPE-seq을 통해 다수의 프라임 에디팅 비표적 서열을 찾아낼 수 있었습니다. 세계최초로 프라임 에디팅의 비표적 서열 예측 기술을 발표하였기 때문에 Nature Biotechnology 트위터 공식계정의 소개를 받을 정도로 많은 관심을 받았습니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다. 툴젠은 CRISPR 유전자 가위와 관련된 다양한 사업을 진행하고 있습니다. 확보한 CRISPR 관련 특허를 활용하여 특허수익화를 하는 IP 사업, CRISPR 기술을 활용하여 다양한 다양한 동식물을 개발하는 그린바이오, 인류 건강 증진을 위한 치료제 사업 을 하고 있습니다. 툴젠의 플랫폼 연구소는 앞서 설명해 드린 다양한 사업에 기반이 되는 여러 기
- Nat. Commun.
- 2023.02.27
고상환

고려대학교, 현 SG메디칼

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 항체 및 단백질 치료제들은 경구투여시 소화기관을 통한 흡수율이 아주 낮고, 소화관 내부에서 쉽게 변성이 되거나 단백질 분해효소에 의해 쉽게 분해되기 때문에 생체이용률 (bioavailability)이 아주 낮아 정맥주사 (intravenous injection)나 피하주사 (subcutaneous injection)를 통해 투여되어야 합니다. 이러한 항체 및 단백질 치료제들을 이용한 가시적인 치료 효과를 거두기 위해서 고용량으로 그리고 빈번하게 접종해야 하고, 주사를 통한 빈번한 약물 투여는 환자의 상당한 통증과 불편함을 야기하고, 부종, 감염 등 국소적 및 전신적 부작용을 초래할 수도 있습니다. 이는 치료용 항체와 단백질 치료제의 혈액에서 반감기를 개선함으로써 단백질 의약품 투여 용량과 주사 빈도를 낮추어 환자의 고통과 불편함을 완화할 수 있습니다. 이에 저는 체내에서 혈중 반감기 (serum half-life)를 획기적으로 개선할 수 있는 기반기술을 개발하고자 하였습니다. 항체의 혈중 반감기와 지속성은 IgG 결합 리간드 중의 하나인 FcRn (neonatal Fc receptor) 결합에 크게 의존합니다. FcRn은 주로 endothelial 세포들과 epithelial 세포들에서 발현이 되고 항체 Fc 영역의 CH2-CH3 경계 영역에 결합하여 체내에서 항체 농도의 항상성을 유지하고 세포 내부로 이동했다가 혈장으로 방출되는 재순환 과정을 통해 혈중 항체의 반감기를 증가시킬 수 있게 합니다. 혈중 항체는 pinocytosis 메커니즘을 통해 endothelial 세포 안으로 이동되게 되고, 항체 Fc 영역이 약산성 조건인 세포내 endosome (pH: 5.5 ~ 6.0)에서 FcRn에 높은 친화도로 결합하고, 중성 pH 조건인 세포 바깥의 혈장 (pH: 7.0 ~ 7.4)에서는 FcRn에 낮은 친화도를 보이기 때문에, 항체가 세포 내부로 들어왔다가 일정시간 소요 후에 세포 밖으로 배출되는 일련의 과정으로 재순환되게 됩니다 (그림 1). ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 그림 1 . FcRn을 통한 항체의 재순환 과정 이렇듯 Fc 영역의 pH-의존 FcRn 결합이 치료용 항체의 혈액내 안정성, 반감기, 및 약동학적 성질 (pharmacokinetic property)에 결정적인 역할을 담당하기 때문에 Amgen, Genentech/Roche, MedImmune, Xencor 등을 포함한 많은 세계적 바이오의약품 개발 제약회사들과 항체공학 연구기관들에서 중성 pH에서
- Exp. Mol. Med.
- 2023.01.26
An Fc variant with two mutations confers prolonged serum half-life and enhanced effector functions on IgG antibodies
- Exp. Mol. Med. 2022 Nov;54(11):1850-1861 | doi: 10.1038/s12276-022-00870-5
- 2022.11
- 의약학
Creation of a (R)-β-Transaminase by Directed Evolution of d-Amino Acid Aminotransferase
- ACS Catal. Publication Date:October 16, 2022 | https://doi.org/10.1021/acscatal.2c04221
- 2022.10
- 생명과학
- 장우용(University of Texas Southwestern Medical Center)
Interpreting the B-cell receptor repertoire with single-cell gene expression using Benisse
- Nat. Mach. Intell. 02 June 2022 | https://doi.org/10.1038/s42256-022-00492-6
- 2022.06
- 문태석(Washington University in St. Louis)
Engineering ligand-specific biosensors for aromatic amino acids and neurochemicals
- Cell Syst. Available online 11 November 2021 | https://doi.org/10.1016/j.cels.2021.10.006
- 2021.11
- 생명과학
백승찬

서울대학교, IBS

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 이번 연구에서는 알려진 인간 마이크로RNA 전구체의 DROSHA 프로세싱 여부와 프로세싱 위치를 결정하여 보고하였습니다. 인간 마이크로RNA는 ~1,900종이 보고되어 있는데요, 시퀀싱 기술의 발전에 따라 개수가 해마다 늘어나긴 했지만, 이들이 정말 세포 내에서 기능하는 마이크로RNA인지 대한 재고는 충분히 이뤄지지 않았습니다. DROSHA 프로세싱 과정은 마이크로RNA 성숙과정의 첫 단계로서 마이크로RNA 전구체가 DROSHA 프로세싱을 거치는지, 그 프로세싱 위치가 어디인지에 대한 정보는 마이크로RNA의 기능성을 판단하는 결정적인 단서가 됩니다. 시험관 내에서 대량으로 DROSHA 프로세싱 과정을 재현한 결과, ~1,900종의 인간 마이크로RNA 중 758종만이 DROSHA 프로세싱을 성공적으로 거치는 것으로 나타났습니다. 나머지 ~1,000여 종은 DROSHA 프로세싱을 거치지 않고 성숙되거나 잘못 등록된 경우인 것으로 생각됩니다. DROSHA 프로세싱을 거치지 않는 경우 대다수 발현양이 굉장히 낮은 것을 참고하면 이들 ~1,000여 종의 기능성 여부는 미지수라고 볼 수 있겠습니다. 또한 758종의 프로세싱 효율, 정확도, 위치를 결정했기 때문에 단백질 보조인자에 의한 DROSHA 프로세싱 조절을 이해하는 기반이 되리라 기대합니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다. 저는 서울대학교 생명과학부 및 기초과학연구원(IBS) RNA연구단 김빛내리 교수님 지도 하에 연구를 진행했습니다. 저희 연구실은 마이크로RNA 뿐 아니라 전령RNA (mRNA), 바이러스 RNA 등 다양한 RNA의 기능 및 조절 기전에 대해 연구하고 있습니다. RNA의 기능은 RNA에 결합하는 단백질의 기능과 직결되어 있기 때문에 RNA 결합 단백질 (RNA-binding protein) 의 기능을 파악하는 것이 중요한데요, 이를 위해 구조생물학, 생화학, 질량분석학, 계산생물학 등 다양한 방법론들이 적용되고 있습니다. 좋은 실험 장비와 연구 환경이 갖추어져 있고 훌륭한 교수님, 동료들과 함께 지내며 배울 수 있는 최고의 연구실이라고 생각합니다. 3. 연구 활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람 저는 시퀀싱 데이터 분석을 맡아서 해오고 있는데요, 큰 스케일의 데이터들을 다룰 수 있었던 점, 실험하는 동료들이 높은 기준으로 실험한 덕분에
- Mol. Cell
- 2021.08.18
Recent Advances in Biocatalysis with Chemical Modification and Expanded Amino Acid Alphabet
- Chem. Rev. Publication Date:April 22, 2021 | https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.0c01201
- 2021.04
- 생명과학
- 이호석(Austrian Academy of Sciences)
Signatures of antagonistic pleiotropy in a bacterial flagellin epitope
- Cell Host Microbe Available online 12 March 2021 | https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.02.008
- 2021.03
- 생명과학
- 박효진(서울대학교)
- 김석희(서울대학교)
Gene-specific mutagenesis enables rapid continuous evolution of enzymes in vivo
- Nucleic Acids Res. Published 6 January 2021 | https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1231
- 2021.01
- 생명과학
Directed evolution of CRISPR-Cas9 to increase its specificity
- Nat. Commun. Published: 06 August 2018, 9, Article number: 3048 | https://doi.org/10.1038/s41467-018-05477-x
- 2018.08
- 생명과학