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'Cancer genomics' 에 대한 통합검색결과 236건입니다.

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Genomic and transcriptomic signatures of sequential carcinogenesis from papillary neoplasm to biliary tract cancer
- J. Hepatol. Jan 18 2025, S0168-8278(25)00013-3 | https://doi.org/10.1016/j.jhep.2025.01.007
- 2025.01
- 의약학
유기준

경상국립대학교

유방암(Breast cancer)은 여성암의 약 30%를 차지하고 있으며, 여성의 경우 암으로 인한 사망의 15% 정도가 유방암에 의한 사망입니다. 의학의 발달로 전체 유방암 치료의 성공율은 크게 향상되었지만, 치료 표적이 없는 삼중음성 유방암(Triple-negative breast cancer, TNBC)의 경우 여전히 다른 유형의 유방암에 비해 치료가 어렵고 환자의 예후가 좋지 않은 상황입니다.
- Mol. Cancer
- 2024.10.23
Matrisomics: Beyond the extracellular matrix for unveiling tumor microenvironment
- Biochim. Biophys. Acta-Rev. Cancer Sep 04 2024, S0304-419X(24)00109-4 | https://doi.org/10.1016/j.bbcan.2024.189178
- 2024.09
- 생명과학
- 조영석(University of Michigan)
- James J. Moon(University of Michigan)
Novel strategies for modulating the gut microbiome for cancer therapy
- Adv. Drug Deliv. Rev. May 15 2024, 210 S0169-409X(24)00154-6 | https://doi.org/10.1016/j.addr.2024.115332
- 2024.05
- 의약학
Deciphering head and neck cancer microenvironment: Single-cell and spatial transcriptomics reveals human papillomavirus-associated differences
- J. Med. Virol. Jan 2024, 96 (1) | https://doi.org/10.1002/jmv.29386
- 2024.01
- 의약학
구하림

국립암센터/고려대학교

교모세포종 (glioblastoma, GBM)은 가장 악성 종양 중의 하나로 다변적인 유전자 변이와 광범위한 종양 발생 생물 경로로 인하여, 매우 예후가 좋지 않은 뇌종양으로 알려져 있습니다. 타 암종보다 방사선 및 항암제의 치료에 대한 반응성이 낮아 치료가 어려우며, 재발의 빈도 매우 높습니다. 이와 같은 배경으로 교모세포종의 종단연구(Longitudinal analysis)의 중요성은 오래전부터 대두되어 왔으며, 2015년 외국에서는 Glioma Longitudinal AnalySiS(GLASS) 협의체가 구성되어 교모세포종 종단연구의 중요성을 강조해왔습니다.
- Cancer Cell
- 2024.01.18
Systematic analysis of Mendelian disease-associated gene variants reveals new classes of cancer-predisposing genes
- Genome Med. 2023 Dec 25;15(1):107
- 2023.12
- 바이오·의료융합
- 맹주헌(Washington University in St. Louis)
Using long-read CAGE sequencing to profile cryptic-promoter-derived transcripts and their contribution to the immunopeptidome
- Genome Res. Dec 08 2023, | https://doi.org/10.1101/gr.277061.122
- 2023.12
- Hanlee P. Ji(Stanford University School of Medicine)
GITR and TIGIT immunotherapy provokes divergent multicellular responses in the tumor microenvironment of gastrointestinal cancers
- Genome Med. Nov 26 2023, 15 (1) | https://doi.org/10.1186/s13073-023-01259-3
- 2023.11
An atlas of associations between 14 micronutrients and 22 cancer outcomes: Mendelian randomization analyses
- BMC Med. 2023 Aug 21;21(1):316 | https://doi.org/10.1186/s12916-023-03018-y
- 2023.08
- 의약학
Barcoded multiple displacement amplification for high coverage sequencing in spatial genomics
- Nat. Commun. 2023 Aug 29;14(1):5261 | https://doi.org/10.1038/s41467-023-41019-w
- 2023.08
- 바이오·의료융합
윤소라

Perelman School of Medicine at the University of Pennsylvania

제가 연구하는 분야는 3차원 유전체학 (3D Genomics)이라는 분야로, 복잡하게 꼬여 있는 염색질의 3차원 구조와 생물학적 기능을 다양한 기술을 통해 연구하는 학문입니다. 주로 많이 사용하는 기술에는 Hi-C, HiChIP 혹은 MicroC와 같은 염색질 구조 캡쳐 (chromatin conformation capture) 기술 등이 있습니다.
- Immunity
- 2023.06.12
- Karolina Pra?anowska(아주대학교 의과대학)
  Interview
- 임수빈(아주대학교 의과대학)
An integrated single-cell transcriptomic dataset for non-small cell lung cancer
- Sci. Data 2023 Mar 27;10(1):167 | https://doi.org/10.1038/s41597-023-02074-6
- 2023.03
- 생명과학
Pharmacogenomic profiling reveals molecular features of chemotherapy resistance in IDH wild-type primary glioblastoma
- Genome Med. 2023 Mar 13;15(1):16 | https://doi.org/10.1186/s13073-023-01165-8
- 2023.03
- 의약학
구하림

국립암센터/고려대학교

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 신경교세포에서 발생하는 교모세포종은 다변적인 유전자 변이와 광범위한 종양 발생 생물 경로를 가진 뇌종양으로 알려져 있습니다. 그러나 다른 암종보다 방사선, 항암제의 치료에 대한 반응성이 낮아 치료가 어려우며, 재발의 빈도가 높아 환자 대부분이 사망에 이르며, 평균 생존기간이 12-18개월로 악성 종양입니다. IDH-wt 교모세포종(GBM)은 종양 내 이질성이 높은 가장 GBM의 하위그룹을 보여주고 있습니다. 테모졸로마이드(TMZ)가 원발성 교모세포종(GBM)의 표준 화학요법제로 사용되어 왔지만, IDH-wt GBM은 내재적이고 후천적인 약물 내성으로 인해 여전히 치료가 어렵습니다. 위와 같은 이유로 환자 및 종양의 분자적 특징에 따라 치료의 반응성이 차이가 날 수 있으며, 그에 맞는 치료제를 적용해야 합니다. 이번 논문을 통해, 환자 유래 GSC의 TMZ 감수성에 따른 환자의 생존 결과를 나누는 것을 확인하였으며, 해당 환자 유래 GSC의 TMZ 스크리닝을 사용하여 69명의 Primary IDH-wt GBM 환자를 TMZ 내성(n = 29) 및 민감(n = 40) 그룹으로 TMZ 감수성을 분석하였습니다. 또한, TMZ 관련 분자 변화를 식별하기 위해 유전체 및 전사체 특징을 분석하였으며, 이후 결합된 분자경로 특성에서 TMZ 감수성을 예측하는 머신 러닝(ML) 모델을 적용하였습니다. 또한, Multisector 검체(18건, 52개)에서 TMZ 반응을 평가하여 결과를 검증하고 종양 내 이질성이 TMZ 효능에 미치는 영향을 분석하였습니다. 본 연구를 통하여, EGR4, PPA, LRRC3, ANXA3의 증가된 유전자 발현이 내재된 TMZ 저항과 관련이 있다는 것을 확인하였습니다. 또한, 5-aminolevulinic acid negative, mesenchymal/proneural expression subtypes, hypermutation과 같은 특징들은 TMZ 내성을 촉진하는 경향이 있었습니다. Multisector 검체 분석을 통하여, concurrent PTEN, EGFR 및 CDKN2A/B의 copy number alteration은 TMZ 민감도를 보이는 검체에서 연관성을 확인하였습니다. 이번 연구에서 확인된 모든 생물학적 특성들을 통합하여, TMZ 내성 그룹과 민감 그룹을 분리하는 ML 도구를 훈련시켰으며, 위 방법을 통하여 TCGA의 IDH-wt GBM 환자를 다양한 생존 결과를 TMZ 내성/민감의 두 그룹으로 구분 후 생존결과를 검증하였습니다. 추가적으로 in vitro TMZ 스크리닝과 multis
- Genome Med.
- 2023.03.16
권준하

KAIST

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 면역항암치료(Cancer immunotherapy)의 하나인 CAR(Chimeric antigen receptor) 세포치료제는 현재 혈액암에서의 성공을 시작으로 고형암으로 그 적용 범위를 넓혀가는 중입니다. 하지만, 고형암에서는 암조직에서의 이질성(Heterogeneity)과 세포다양성(Cellular complexity)으로 인해 암세포 특이적인 표적항원을 찾기가 힘들었습니다. 이러한 시점에서, 저희 연구진은 단일 세포 단위에서 정확히 암세포들에서만 발현하는 유전자들을 발굴하기 위해 대규모 단일세포 데이터베이스를 구축하였습니다. 이어서 암세포들과 정상세포들을 가장 잘 구별할 수 있는 유전자 조합을 검색하는 Deep-learning 알고리즘과 유전자 조합에 따른 논리회로(Boolean logics)별 세포발현비율 계산 알고리즘을 개발했습니다. 이 방법론을 기반으로 도출된 암 항원조합들을 타겟하는 CAR 면역세포치료제는, 기존의 타겟들보다 암과 정상 세포를 더 잘 구별하여 작동함으로써 부작용은 최소화하면서도 항암 치료의 효과는 극대화시킬 수 있을 것으로 기대하고 있습니다. 그림. 단일 항원 기반 암 및 정상 세포 분류기(좌측)와 항원 조합 기반 암 및 정상 세포분류기(중앙), 그리고 항원 조합에 따른 논리회로별 세포발현비율 계산 알고리즘(우측). 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다. 이 연구는 KAIST 최정균 교수님 연구실과 KAIST 박종은 교수님, 분당차병원 안희정 교수님, 가톨릭 의대 이혜옥 교수님의 공동연구로 진행되었습니다. KAIST의 두 연구팀에서는 대규모 단일세포 데이터베이스의 구축과 암 특이적 표면 항원 조합을 찾아내는 알고리즘을 개발하였고, 차병원과 가톨릭대학교에서는 암환자 유래 단일세포 데이터(scRNA-seq과 CITE-seq)의 생산과 항원 조합 후보군들에 대한 단백질 검증을 진행하였습니다. 저는 박사과정 지도교수님이신 KAIST 바이오및뇌공학과 최정균 교수님의 연구실(OMICS lab)에서 해당 연구를 수행하였고 현재에도 연수연구원으로 소속되어 여러 연구를 진행하고 있습니다. 저희 연구실은, Genomics를 기반으로 뇌신경 및 암 면역 등 다양한 기초의학 관련 연구 분야들을 다루고 있습니다. 이곳의 특징으로, 교수님의 안정된 지지와 함께 만들어진 자유로운 연구 및 토론 분위기가 큰
- Nat. Biotechnol.
- 2023.03.07
RAMP: response-aware multi-task learning with contrastive regularization for cancer drug response prediction
- Brief. Bioinform. 2022 Dec 2;bbac504 | doi: 10.1093/bib/bbac504
- 2022.12
- 생명과학
- 노휘재(Broad Institute of MIT and Harvard, 현 Pfizer)
  Interview
High-Resolution Profiling of Lung Adenocarcinoma Identifies Expression Subtypes with Specific Biomarkers and Clinically Relevant Vulnerabilities
- Cancer Res. 2022 Nov 2;82(21):3917-3931 | https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-22-0432
- 2022.11
- 의약학
이재원

University of Illinois, Urbana-Champaign

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 대장암은 세계적으로 가장 빈번하게 발생하는 암 중 하나입니다. 대장암의 발병인자로서 동물성 지방의 위험성이 알려져 있습니다. 담즙산은 간에서 콜레스테롤로부터 생성되어 1차 담즙산 (Primary bile acids)의 형태로 소화기계로 분비 되며, 음식물로 섭취한 지방질의 흡수에 관여합니다. 대부분의 담즙산은 소장에서 대부분 재흡수되지만, 고 지방식을 하는 경우 대장에서 담즙산의 축적이 발생하게 되고 장관 내 혐기성 세균에 의해서 1차 담즙산에서 2차 담즙산 (Secondary bile acids)으로의 전환이 이루어집니다. 디옥시콜릭산 (DCA: deoxycholic acid) 과 리토콜릭산 (LCA: lithocholic acid) 과 같은 2차 담즙산은 세포에 대한 독성을 유발하여 장간 순환 과정에서 장내 상피세포를 손상시키고 손상된 세포의 자멸사를 억제하여 대장암의 발병 기전에 관여하는 것으로 알려져 있습니다. 인간의 간은 콜레스테롤로부터 주로 sterol 고리가 “Kinked: 꼬인“ 형태의 담즙산을 생성하지만, sterol 고리가 “Flat: 평평한” 형태의 담즙산도 소량으로 생성합니다. 복잡한 다단계 담즙산 7α-탈수소화 경로를 통해 콜릭산 (Cholic acid, CA) 과 키노디옥시콜릭산 (Chenodeoxycholic acid, CDCA)과 같은 “Kinked” 1차 담즙산의 디옥시콜릭산 (Deoxycholic acid, DCA) 및 리토콜릭산 (Lithocholic acid, LCA)과 같은 “Kinked” 2차 담즙산으로의 효소 전환은 비교적 잘 연구 되어 있습니다. 그러나, 장내 미생물군 피르미큐테스 (Firmicutes)에 의한 “Kinked” 1차 담즙산으로 부터 알로디옥시콜릭산 (allo-deoxycholic acid, allo-DCA) 및 알로리토콜릭산 (allo-lithocholic acid, allo-LCA)과 같은 “Flat” 2차 담즙산으로의 효소 전환은 약 30여년동안 잘 알려져 있지 않았습니다. 본 연구에서는 피르미큐테스에서 BaiP 와 BaiJ 단백질이 “Flat” 2차 담즙산 allo-DCA 및 allo-LCA 생성에 관여하는 것을 규명하였습니다. 선행연구에 따르면 2차 담즙산의 미세한 화학적 구조의 차이 (Kinked, Flat) 에 따라 세포 독성 및 생물학적 영향들이 상이한 것으로 현재 예상하고 있습니다. 그 예로, 최근 일본에서 장내 담즙산의 특이적인 프로파일이 일본의 100세인들이 건강하게 늙는 원인일 가능성이 높다는 연구 결과를 발표하였습니다. 일반적으로 2차
- Gut Microbes
- 2022.11.30
윤현주

연세대학교

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 면역항암치료는 PD-1, PD-L1과 같은 면역관문 단백질에 대한 차단항체 (blocking antibody)를 이용하여, 암세포가 면역체계에 의해 제거되도록 하는 치료법으로, 이는 FDA에 승인되어 혁신적인 치료효과를 보여주고 있습니다. 그러나, 차단항체 단독치료는 그 효율이 낮아, 다른 치료법과 같이 적용하는 병용치료가 모색되고 있습니다. 또, 항체 기반 치료제는 기존 항암제에 비해 제조 공정이 매우 복잡하고, 보관이 까다로워 고가의 치료비가 발생하기 때문에, 이를 타개하기 위해, 면역관문 단백질의 regulator 규명과, 이를 억제하는 저분자 의약품 개발이 요구되고 있습니다. 저분자 화합물은 합성이 쉬워 상대적으로 비용이 적고, 다른 약물과의 병용이 더 수월한 장점이 있습니다. 이러한 연구의 일환으로, 최근 whole genome scale의 CRISPR 스크리닝 등을 이용한 시스템 수준의 연구에 의해 새로운 PD-L1 조절자가 발굴되었고, 이를 통해, functional genomics 기반 스크리닝의 뛰어난 효능이 입증되었지만, 약물 개발의 단계에는 미치지 못하였습니다 (Burr et al., 2017, Mezzadra et al., 2017). 이에 저희는 PD-L1의 발현을 효율적으로 억제하고, 면역반응에 대한 암세포의 민감성을 높이는 근원적인 항암 치료제를 발굴하기 위해, 약 5000개의 약물화가 가능한 유전자 (druggable gene), 암 유발 유전자 (cancer driver gene)를 표적으로 하는 pooled shRNA screening을 수행하였고, 그 결과, PD-L1 발현의 새로운 positive regulator로서 WNK3를 발굴하였습니다. 유전적, 화학적 WNK3 억제를 통해, 암세포의 PD-L1 transcription이 억제되고, 암세포-면역세포 공배양 조건, MC38 syngeneic mouse model에서 면역세포에 의한 암세포의 사멸이 증가함을 보였습니다. 이러한 WNK3의 기능은 JNK/c-JUN pathway를 통해 이루어지고, kinase activity-dependent하다는 것을 보임으로써, WNK3 kinase activity에 선택적인 억제제가 기존 항체치료제를 대체할 새로운 면역항암제가 될 가능성이 있음을 보였습니다. 스크리닝의 여러 후보 유전자들 중, SIK3의 억제 또한 PD-L1 발현을 억제하였지만, WNK3 억제와 달리, 암세포-면역세포 공배양 조건에서 면역세포에 대한 암세포의 저항성이 증가하고, PBMC의 granzyme B release가 감소하는 것을
- Exp. Mol. Med.
- 2022.11.22