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1Big data

'Big data' 에 대한 통합검색결과 54건입니다.

한빛사54건

Advance computational tools for multiomics data learning
- Biotechnol. Adv. Sep 07 2024, S0734-9750(24)00141-1 | https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2024.108447
- 2024.09
- 생명과학
Big data and deep learning for RNA biology
- Exp. Mol. Med. Jun 14 2024, | https://doi.org/10.1038/s12276-024-01243-w
- 2024.06
- 생명과학
KoNA: Korean Nucleotide Archive as A New Data Repository for Nucleotide Sequence Data
- Genom. Proteomics Bioinformatics May 09 2024, 22 (1) qzae017 | https://doi.org/10.1093/gpbjnl/qzae017
- 2024.05
황태현

연세대학교 의과대학

심방세동(Atrial fibrillation)은 가장 흔한 부정맥 질환 중 하나입니다. 고령화 사회의 진행으로 인해 심방세동의 유병률과 발생률이 증가하고 있으며, 이로 인해 동반된 합병증과 사망률 및 사회적 비용도 증가하고 있습니다. 심방세동을 치료하기 위한 방법 중에 시술적인 치료 방법이 있으며, 그 근간에는 심방세동의 원인으로 생각되는 폐정맥을 목표로 전기적으로 고립시키는 폐정맥고립술 (pulmonary vein isolation)이 있습니다.
- npj Digit. Med.
- 2024.04.03
- 최동희(University of California San Diego)
Advancing the scale of synthetic biology via cross-species transfer of cellular functions enabled by iModulon engraftment
- Nat. Commun. Mar 15 2024, 15 (1) 2356 | https://doi.org/10.1038/s41467-024-46486-3
- 2024.03
- 생명과학
- Steven Kim(California State University)
- 허성(공주대학교)
An agricultural digital twin for mandarins demonstrates the potential for individualized agriculture
- Nat. Commun. Feb 20 2024, 15 (1) | https://doi.org/10.1038/s41467-024-45725-x
- 2024.02
- 생명과학
정현애

성균관대학교 의과대학

해당 연구는 Clinical datawarehouse 를 이용하여, medical data를 수집하는 다기관 연구입니다. National registry data를 이용한 연구들은 많이 이루어져 왔지만, 데이터의 업데이트가 어려우며, 기 수집된 데이터 이외에 연구를 위하여 필요한 추가적인 데이터를 수집하기가 어렵다는 단점이 있었습니다. Clinical datawarehouse 는 medical big data 를 수집하고, 분석하는 데에 있어 자동 업데이트가 되고...
- JAMA Netw. Open
- 2024.02.27
정치욱

울산대학교 의과대학, 강릉아산병원

류마티스 관절염 (rheumatoid arthritis, RA)은 주로 관절에 침범하지만, 전신의 모든 장기를 침범할 수 있는 만성 염증성 질환입니다. 폐는 RA에서 가장 흔하게 침범되는 extra-articular organ으로 잘 알려져 있으며, 임상적으로는 많은 경우에 간질성 폐질환 (interstitial lung disease)으로 발현하는 것으로 잘 알려져 있습니다.
- Chest
- 2024.02.22
Influence of procedural volume on the outcome of gastric endoscopic submucosal dissection: A nationwide population-based study using administrative da
- Gastroenterology Dec 18 2023, S0016-5085(23)05606-8 | https://doi.org/10.1053/j.gastro.2023.12.010
- 2023.12
- 의약학
Muhammad Junaid

아주대학교

In this study, we innovatively applied the retrograde nuclear Connect-seq (nuConnect-seq) technique to analyze hypothalamic neurocircuits at the molecular level. The core achievement of our research lies in integrating diverse single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) datasets and employing label transfer techniques for validation.
- Sci. Data
- 2023.12.05
- 정은아(숙명여자대학교)
- 윤석준(숙명여자대학교)
Current advances in comprehensive omics data mining for oncology and cancer research
- Biochim. Biophys. Acta-Rev. Cancer Nov 24 2023, S0304-419X(23)00179-8 | https://doi.org/10.1016/j.bbcan.2023.189030
- 2023.11
고대관

Michigan State University

안녕하세요? 저는 Michigan State University에 있는, Plant Research Laboratories (https://prl.natsci.msu.edu) (MSU-PRL)에서 Assistant Professor ? Fixed Term 포지션으로 있는 고대관이라고 합니다. Endoplasmic reticulum (ER)은 중요한 세포 소기관으로서, 세포내의 여러가지 대사작용과 신호전달 과정에 중추적인 역할을 담당하고 있습니다.
- Nat. Plants
- 2023.08.11
Severe coronavirus disease 2019 in pediatric solid organ transplant recipients: Big data convergence study in Korea (K-COV-N cohort)
- Int. J. Infect. Dis. 2023 Jun 21;S1201-9712(23)00640-9 | https://doi.org/10.1016/j.ijid.2023.06.016
- 2023.06
- 의약학
Prediction model for postoperative quality of life among breast cancer survivors along the survivorship trajectory from pretreatment to 5 years: Machi
- JMIR Public Health Surveill. 2023 Jun 13 | doi: 10.2196/45212
- 2023.06
- 의약학
Induction of ER stress-mediated apoptosis through SOD1 upregulation by deficiency of CHI3L1 inhibits lung metastasis
- Theranostics 2023 Apr 29;13(8):2693-2709 | doi: 10.7150/thno.82898
- 2023.04
- 의약학
Mai Thi Xuan Tran

한양대학교 의과대학

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 ?Our study was using the National Breast Cancer Screening data embedded under the National Health Insurance Service- National Health Information Database, which is the healthcare big data platform in Korea. The paper was recently published in the journal JAMA Network Open. ?Briefly, the study examined the relationship between family history of breast cancer and changes in breast density over time in Korean women. We found that women with a family history of breast cancer had higher breast density and were more likely to have an increase in breast density over time compared to women without a family history of breast cancer. Our findings of this study suggest that women with a family history of breast cancer may benefit from more frequent breast cancer screening and monitoring of breast density changes over time. However, further research is needed to confirm these findings and to determine the optimal screening and monitoring strategies for this population. This paper is a small part of our ongoing project working on developing and validating a new breast cancer risk prediction targeting for Korean women. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다. ?This paper was a collaboration between researchers from two institutions: the Department of Preventive Medicine at Hanyang University College of Medicine and Kangbuk Samsung Hospital, a part of the Sungkyunkwan University School of Medicine. My co-first author, Prof. Yoosoo Chang, is a well-known researcher and physician at Kangbuk Samsung Hospital who has published many research articles in various medical journals, particularly in the field of metabolic disorders such as diabetes and obesity. I also received help from my colleague Dr. Soyeoun Kim, who provided valuable feedback on the research. ?Furthermore, this work was completed under the guidance of Prof. Boyoung Park from Hanyang University an
- JAMA Netw. Open
- 2023.03.28
Machine learning-guided prediction of potential engineering targets for microbial production of lycopene
- Bioresour. Technol. Volume 369, February 2023 | https://doi.org/10.1016/j.biortech.2022.128455
- 2023.02
- 생명과학
이준영

MDI Biological Laboratory

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 DNA 수준에서의 유전자 발현 조절은 전사 조절(transcriptional regulation), 후생 유전학적 조절(epigenetic regulation), chromosomal 3D architecture 등이 매우 정교하게 서로 연결되어 있는 복잡다단한 프로세스입니다. 따라서 다양한 측면에서의 유전자 조절을 통합적인 분석과 이를 종합할 수 있는 시각에서 해석하는 것이 매우 중요하며, 이는 복잡한 생명 시스템과 인간의 질병을 이해하는 데에 필수적입니다. 저는 이처럼 복잡한 유전자 발현 조절의 메커니즘과 이것이 어떻게 aging을 비롯한 인간 건강 및 질병과 연관되어 있는지를 통합적으로 이해하는 것에 관심을 두고 연구를 수행하고 있습니다. Aging 과정 중에는 세포 핵 내에서 heterochromatin을 비롯한 크로마틴 구조(chromatin architecture)가 붕괴되며, 이것은 세포 노화(cellular senescence)와 조로증(premature aging diseases)과 같이 모든 aging 관련 현상에서 관찰됩니다. 하지만 aging, 크로마틴 구조의 붕괴, 그리고 aging과 연관된 신체의 퇴행성 변화(degenerative changes) 간의 연관성, 즉 인과관계와 메커니즘 등은 알려져 있지 않았습니다. 본 연구에서는 CpG island(CGI; 많은 숫자의 CpG dinucleotide가 반복해서 집중적으로 존재하는 유전체 상의 구역)가 promoter 상에 존재하지 않는 유전자(CGI- gene)의 오발현이 aging 과정 중의 크로마틴 붕괴로 인해 발생하며, 이 오발현이 aging으로 인한 퇴행성 변화를 야기하는 큰 축이라는 것을 밝혀냈습니다 (아래 그림). 구체적으로는, 발현되지 않아야 하는 조직 특이적 유전자들의 오발현 (예를 들어 근육 특이적 유전자가 신장에서 발현), 그리고 염증과 관련된 유전자들을 포함한 분비성 단백질들을 코딩하는 유전자들이 오발현되는 현상을 확인하였습니다. 또한 현재까지 NCBI에 등록된 aging과 관련된 모든 인간 및 마우스 transcriptome 데이터를 분석한 결과, aging으로 인한 CGI- 유전자의 오발현은 포유동물에서 공통적으로 나타나는 현상임을 알 수 있었으며, aging과 관련된 질병 (알츠하이머, 심근증, 지방간 등) 에서도 비슷한 양상을 확인할 수 있었습니다. 결론적으로 CGI- 유전자 오발현은 aging의 새로운 바이오마커로서의 가능성을 가지고 있으며, aging 관련 퇴행성 변화와 만성 염증(inflammagi
- Sci. Adv.
- 2021.12.24
박솔잎

CNIO (Spanish National Cancer Research Center)

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 우리의 유전자는 생물학적인 부모를 통해 각각 받은 two-copies 로 이루어져 있습니다. 예전부터 알려진 학설로는, cancer driver gene (체세포의 변형이 cancer 를 일으킨다고 알려진 유전자들) 중에서, oncogene 의 경우, single mutation 만으로 암을 일으킨다고 알려져 있으며 (dominant effect) tumor suppressor gene의 경우, 각 각의 copy 가 mutation 이나 copy-number changes 를 가지고 있는 (bi-allelic inactivation) 을 보인다고 생각해 왔습니다. 하지만, 대량의 cancer genomics data 들이 축적됨으로 인해, 다양한 예외의 유전자들이 발견되었고 classical model 의 변형이 필요하다는 논의가 시작되었습니다. 이 논문은 이와 관련하여 두가지 질문을 던지고 있습니다. (1) 암 유형별로 (cancer-type) cancer driver genes 들이 mutation x copy-number change 간의 관계가 얼만큼 diverse 한가? (2) 암 유형별로 차이를 보인다면, 그 이유는 무엇일까? 이 질문에 대한 답으로 cancer genomics 를 이용하여 처음으로 high-order interactions (3-way interaction) 을 제시하였습니다. 즉, 첫번째 유전자 내에서의 mutation 과 copy-number alteration 의 상관 관계 (2-way interaction; cis-interaction) 을 파악하고, 더 나아가 두번째 유전자의 mutation 정보가 어떻게 첫번째 유전자의 2-way interaction 이 바꿀 수 있는지를 분석한 논문입니다. 예를 들어, skin cancer 의 경우, 대표적인 oncogene, BRAF 는 BRAF mutation 과 BRAF copy-number gain 이 유의미하게 같이 나타나지만 (positive 2-way interaction), 이 interaction 은 NRAS mutation 에 따라서 달라지게 됩니다. NRAS mutation 을 가진 cancer sample 의 경우, 2-way interaction 이 사라지게 되고, 반대로 NRAS mutation 이 없는 sample 의 경우, 2-way interaction 이 강화되는 현상을 보게 됩니다 (negative 3-way interaction). 위와 같은, high-order interaction 의 경우, yeast 나 E.coli 등에서는 실험적으로 검증이 되었으나 (cancer) genomics 에서는 처음으로 이 연구를 통해서 분석되었습니다. 특히, 한 명의 암환자가 최소 3개 이상의 다른 cancer driver genes 변형을 가지고 있다고 보고되었기에, 서로 다른 유전자들간의 관계를 밝히는 일은 매우
- Nat. Commun.
- 2021.12.08
김대환

Oregon Health and Science University, 현 전남대학교 면역치료혁신센터

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 전립선암은 한국남성에게 5번째로 흔하게 발생하는 암종으로 초기에 발견하여 제거할 경우 95% 이상의 완치율을 보이며, 종양의 성장에 호르몬의 하나인 Androgen이 필요하다는 것이 발견된 이후 근 80년 동안 체내 Androgen을 제거하는 호르몬 박탈 요법이 전립선암의 재발을 막는 치료의 핵심을 이루고 있으며 미국의 경우는 전립선암이 성인 남성에게 가장 빈번하게 발생하는 암종으로 활발하고 연구되고 있습니다. 전립선암 환자의 생존가능기간은 Androgen의 생산이나 그 세포내 활성을 차단하는 약물들(apalutamide, abiraterone, enzalutamide)에 의해 상당기간 연장되었지만 결국 이러한 약물들도 악성화의 진행을 막는 효과가 사라지게 되는 경우가 발생하며 그 시점에서 환자의 질병은 치료 불가능한 전이성 거세저항성 전립선암으로 간주되게 됩니다. 이 전이성 거세저항성 전립선암의 경우 암세포가 전립선조직에만 머물러 있지 않아 혈관이나 림프관을 통해 다른 장기로 전이되며 주로 골수나 림프샘에서 빈번하게 발견됩니다. 그 중에서도 종양내에 신경세포에서 발현되는 유전자군이 많이 발현되는 경우는 암세포의 기원이었던 전립선 선암(adenocarcinoma) 리니지에서 어떻게 신경내분비(neuroendocrine prostate cancer, NEPC) 세포로 재프로그램화(lineage plasticity)가 일어나는지 그 기전을 규명하는데 초점을 두고 연구되고 있습니다. Staff scientist로 재직했던 OHSU Knight cancer institute에서 저희 팀이 세웠던 가설은 평상시에 Androgen receptor가 저해하고 있던 어떤 전사인자가 Enzalutamide와 같은 강력한 저해제의 투약으로 차츰 활성화가 가능해지고 이에 따라 신경세포에서 발현되는 유전자들이 점차 증가되는게 아닐까 하는 것이었습니다. 이를 검증하기 위해 먼저 Enzalutamide를 지속적으로 투여하여 Androgen receptor가 잘 저해되어도 생존이 가능한 세포주에서 신경세포 분화를 나타내는 지표들이 증가하는지를 추적하였고, 이러한 양상을 보이는 몇몇 세포주의 RNA-seq을 통해 특징적인 전사체의 변화를 관찰하였습니다. 이 결과로 Enzalutamide 저항성을 획득함과 동시에 신경내분비 세포로의 재프로그램화를 조절할 가능성이 있는 전사인자로 E2F1를 지목할 수 있었습니다. 흥미롭게도 기존에 발표된 거세 저
- Clin. Cancer Res.
- 2021.07.13