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'인포매틱스' 에 대한 통합검색결과 8건입니다.

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홍지원

아주대학교 의과대학

간암은 종양미세환경의 이질성이 높고 병인이 다양해 치료가 까다롭고 생존율이 낮은 암종 중 하나입니다. 간암 초기 진단이 다양한 치료법 적용을 가능케해 간암 환자의 생존율을 높이는데 기여하는데, 현재 사용되는 바이오마커들로 간암 초기 진단을 하는 데에는 한계가 있습니다. 그렇기에 임상에서 적용하기 쉽고 민감도와 특이도가 높은 바이오마커가 필요합니다.
- Clin. Mol. Hepatol.
- 2024.07.15
이건주

POSTECH

암은 전 세계적으로 주요 사망 원인 중 하나로 꼽힙니다. 이를 치료하기 위해 전통적으로 수술, 항암 화학 요법, 방사선 치료 등의 방법이 사용되어 왔습니다. 최근에는 환자가 가지고 있는 자체적인 면역 체계를 활성화시켜 암 세포를 공격하도록 유도하는 방식인 면역 치료법이 개발되어 항암치료의 패러다임을 혁신하고 있습니다.
- Cell Rep. Med.
- 2024.07.03
이임창

한림대학교

항생제의 등장은 의료 분야에 큰 전환점을 가져왔습니다. 그러나 최근 수십 년간 등장한 항생제 내성균은 전 세계 의료 시스템에 큰 위협이 되고 있습니다. 병원, 특히 대학 병원의 중환자실에서는 이러한 내성균 감염이 환자 치료를 어렵게 만드는 주요 요인입니다. 이에 따라 연구진들은 항생제 내성균 감염의 위험 요소를 파악하고 이를 방지하기 위해 지속적으로 노력하고 있습니다.
- Gut Microbes
- 2024.05.20
문창인

Baylor College of Medicine

안녕하세요, 저는 미국 베일러 의과대학(Baylor College of Medicine)에서 Quantitative and Computational Science 분야의 박사과정 4학년 차인 문창인입니다. 먼저 이 자리를 통해 저의 연구와 저희 연구실을 소개할 수 있는 기회를 제공해주신 BRIC 관계자 여러분들과 이 인터뷰를 읽고 계신 모든 분들께 진심으로 감사의 인사를 전하고 싶습니다.
- Nucleic Acids Res.
- 2023.12.12
김효빈

Cedars-Sinai Medical Center

최근 공간 전사체 기술의 발전은 조직 내에서 세포와 이웃하는 세포의 전사 활동을 함께 연구하는 것을 가능하게 함으로서, 세포의 미세환경이 어떤 역할을 하는지 알아내는 데 새로운 가능성을 열었습니다. 공간 전사체 데이터는 크게 두 가지 유형으로 나눌 수 있습니다. MERFISH 및 seqFISH와 같은 이미지 기반 접근법은 fluorescence in situ hybridization (FISH)을 사용하여 관심있는 유전자들의 발현을 시각화합니다.
- Mol. Syst. Biol.
- 2023.11.21
노휘재

Broad Institute of MIT and Harvard, 현 Pfizer

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 최근 암연구에서는 Sequencing 기술과 High-throughput screening 기술의 발전으로 인해 전임상샘플들과 임상샘플들로부터 많은 Multi-omics 데이터들과 CRISPR screening 데이터들이 생산되고 있습니다. 그리고 이러한 데이터들을 활용하여 보다 높은 약물반응성이 예측되는 cancer subtype과 표적 치료가 가능한 cancer vulnerability를 찾아내려는 연구들이 많이 이루어지고 있습니다. 본 연구에서는 consensus hierarchical clustering과 BayesNMF (Bayesian Non-negative Matrix Factorization)을 활용하여 새로운 lung adenocarcinoma expression subtype을 발견하였고, NMF projection 방식을 이용하여 expression subtype에 해당하는 cancer cell line들과 human tumor tissue 샘플들을 찾아낼 수 있었습니다. 이를 통해 전임상샘플들(DepMap cell line)과 다양한 폐암환자 코호트(TCGA LUAD, CPTAC LUAD, SMC LUAD)의 임상샘플들을 expression subtype의 관점에서 연결할 수 있었고, 더 나아가 subtype을 CRISPR screening 데이터와 Proteomics 데이터로 분석할 수 있었습니다. 이를 통해 subtype-specific cancer vulnerability와 subtype-specific drug target 후보들을 찾아내는 것이 가능했습니다. Cancer subtype 연구는 최근 single cell 분석기술의 발달로 인해 보다 고해상도의 cancer subtype들과 cancer cell state간의 transition을 정량적으로 분석하는 것이 가능해지는 쪽으로 발전하고 있습니다. 따라서 Cancer subtype 연구도 single cell 분석기술을 통해 새롭게 알려지는 cancer cell state들과 bulk tumor deconvolution을 통해 cell type-specific subtype 연구로 더욱 세분화되어 발전하지 않을까 생각합니다. 그리고 전임상샘플(cancer cell lines, organoids, mouse models)로부터 만들어진 CRISPR/Drug screening 데이터들과 환자 임상샘플들로부터 발견한 cancer subtype들을 활용하여 환자 임상샘플들의 subtype-specific drug response를 예측하는 모델의 개발이 중요하게 될 것이라고 예상합니다. 본 연구에서 S3 subtype이 Immune Checkpoint Blockade에 대한 반응성이 높을 것으로 예상되었으나 이를 뒷받침할 환자 임상샘플이 없어서 논문 리뷰 과정에서 몇차례의 리젝을 받아야 했습니다. 감사하게도 Revision 과
- Cancer Res.
- 2022.11.08
성상현

서울대학교

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 저희가 발표한 논문의 핵심적인 메시지는 포유류 모델에서 텔로미어가 유전체 내의 다른 서열로 대체될 수 있음을 최초로 발견했다는 것입니다. 또한 대안적인 텔로미어 유지기전 활성화 전후의 세포들의 특징을 genomics, epigenomics, transcriptomics, proteomics 방법론으로 상세히 비교 및 분석했습니다. 이전까지는 포유류 텔로미어가 단순반복서열로만 구성되거나 약간 변형된 구조만을 가진다고 여겨졌는데, 이번 연구를 통해 완전히 다른 서열이 주된 구성원이 될 수 있다는 것을 밝혔습니다. 텔로미어는 대부분의 진핵 생물이 가지는 선형 염색체의 말단 부위를 지칭하는데, 말단 부위 그 자체이면서 동시에 말단을 보호하는 기능을 합니다. 많은 생물의 텔로미어가 단순한 반복 서열과 그에 대한 결합 단백질의 복합체로 구성됩니다. 텔로미어 결합 단백질들이 DNA 손상을 인지하는 신호 체계를 억제함으로써 실제로 끊어진 부위와 동일하게 생긴 텔로미어가 지속적으로 DNA 손상 반응을 활성화하는 상황을 막습니다. 다른 측면에서, DNA 복제기구가 선형 DNA 말단을 완전히 복제할 수 없기 때문에 DNA 복제가 일어나고 세포가 분열할 때마다 일정한 길이의 텔로미어가 손실될 수밖에 없습니다. 텔로미어 길이가 일정 수준 이하가 되면 세포는 더 이상 분열하지 않는 영구적인 세포주기 정지 상태에 들어가고 이를 세포 노화(cellular senescence)라고 부릅니다. 이런 의미에서 텔로미어를 세포 분열의 타이머로 소개하는 경우가 많습니다. 지속적으로 분열해야 하는 생식세포나 줄기세포의 경우에는 텔로미어 길이를 유지할 수 있도록 하는 기전이 반드시 필요합니다. 대부분의 경우 이는 텔로머레이즈라고 하는 역전사 효소가 담당합니다. 세포 노화에 의해 부여된 분열의 한계를 벗어나 제멋대로 분열하고 있는 암세포의 경우에도 대부분 텔로머레이즈 활성화를 통해 텔로미어 길이를 유지하고 있습니다. 암의 중요한 특징 중 하나로 텔로미어 유지 기전의 획득이 반드시 포함되는 이유입니다. 대부분의 암세포는 텔로머레이즈를 통해 텔로미어 길이를 유지하지만, 약 15%의 암세포는 텔로머레이즈의 활성 없이도 텔로미어 길이를 유지한다는 것이 알려졌습니다. 이러한 현상은 텔로머레이즈 유전자가 삭제된 효모 모델에서도 보고된 적이 있
- Nat. Commun.
- 2021.03.12
김지혜

University of Colorado Anschutz Medical Campus

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 최근 NGS와 personalized medicine 관련해서 cancer research 쪽에서도 활발한 연구가 진행되고 있습니다. 특히 제가 있는 division of medical oncology 에서는 synthetic lethal screen과 essential screen을 통해서 cancer 약의 저항성에 대한 연구를 많이 하고 있습니다. 그 해결책의 일환으로 drug combination을 연구하고 있는데 어떻게 하면 gene - disease- drug/drug combination 의 network를 만들고 drug combination 을 찾아낼 수 있을까 하는 의문으로 시작하여 kinase를 중심으로 한 K-Map이라는 database/tool 을 만들었습니다. 본 논문에서는 첫번째 application으로 non small cell lung cancer 셀라인에서 essential screen과 RNA-seq을 통해 얻어낸 kinase를 가지고 Bosutinib 이라는 drug 을 찾아내고 실험으로 validation 또한 하였습니다. Cancer 뿐 아니라 많은 분야에서 deep sequencing을 통해 biological mechanism을 보다 sensitive한 결과를 보고 싶어하는 때에 분석하고 해석하는 Bioinformatics 쪽이 늘 병목현상을 보입니다 . 하지만 Bioinformatics가 분석,해석에 그치지 않고 hypothesis, 실험설계부터 주도적으로 이끌어가는 것이 필요하다고 생각합니다. 2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다. University of Colorado Anschutz Medical Campus 는 미국에서 몇 안되는 research가 clinical experiment 까지 이어지는 곳이라고 알고 있습니다. 또 학교의 특성상, 지리적 특성상 많은 연구실들이 활발하게 협력연구를 하고 있습니다. 특히 제가 소속되어 있는 Tan Lab 은 translational bioinformatics in cancer research를 하면서 크게는 Program for the Evaluation of Targeted Therapy (PETT) lab 에 소속되어 10명 남짓되는 MD와 Ph.D를 포함해 스무명이 훌쩍 넘는 연구원들이 함께 연구를 하고 있습니다. 3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람 박사를 마치고 포닥을 시작하면서 cancer research 분야에 들어오게 되어 한동안 생소한 말들에 곤욕을 치르기도 했지만, 지금은 훌륭한 교수님들, 박사님들, 동료들과 함께 너무도 즐거운 연구를 하고 있습니다. 또 제가 하는 연구가 MD분들과의 협동으로 임상실험으로 가기도 하기에 더더욱 가치있는
- Bioinformatics
- 2014.07.02

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