아주대학교 미생물 유전학 연구실은 2021년에 처음 문을 열었습니다. 본 연구실은 다양한 미생물 모델과 예쁜꼬마선충(C. elegans) 등의 숙주 모델을 사용하여 세균의 단백질 항상성 시스템과 관련된 연구를 하고 있습니다. 특히 샤페론 단백질을 발굴하고 그 작용 기전 규명에 큰 관심이 있습니다. 저희 연구의 궁극적인 목표는 단백질 항상성 시스템의 구체적 분자적 기전 이해하고, 이를 토대로 미생물 생존 및 감염성 조절 기술 개발을 목표로하고 있습니다.

Changhan Lee Ph.D. (이창한)   

Assistant Professor Dept. of Biological Sciences, Ajou University, Korea 

Education

2007-2012 Ph.D., Dept. of Biological Sciences, KAIST, Korea

2003-2007 B.S., Dept. of Biological Sciences, KAIST, Korea 

Research experience

2021-current  Assistant Professor
 Dept. of Biological Sciences, Ajou University, Korea 

2017- 2020 Postdoctoral fellow  
 Dept. of Molecular Cellular and Developmental Biology, Howard Hughes Medical Institute(HHMI), University of Michigan, Ann Arbor, MI, USA 

2015: Visiting scholar
 Center for Molecular Biology of the University of Heidelberg(ZMBH) and German Cancer Research Center(DKFZ), Heidelberg  University, Germany 

2013-2017: Postdoctoral fellow 
 Dept. of Microbiology, Tumor and Cell Biology, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden  

2012-2013: Postdoctoral fellow 
 Dept. of Biological Sciences, KAIST, Daejeon, Korea 

We study protein homeostasis system in bacteria.

단백질 항상성 (protein homeostasis) 연구를 통해 다양한 환경과 숙주에서 미생물의 적응 기작과 상호작용 연구를 목표로 하며 아래와 같은 질문에 답을 하고자 합니다.

What organisms do we use?

감염성 모델인 Pseudomonas aeruginosa (녹농균)과 마이크로바이옴 모델로서 Escherichia coli (대장균)을 세균모델로 사용하고 있습니다. 그 외에도 다양한 Pseudomonas 속에 세균 종들도 다루고 있습니다.

What is the role of chaperones in protein homeostasis?

What projects do we have?

숙주 및 다양한 환경에서의 단백질 변성 스트레스에 대항하는 샤페론 단백질을 발굴하고 그 작용 기전을 규명하고 있습니다. 

II. 인간-미생물 상호작용에서의 단백질 항상성 

퇴행성 신경질환과 관련된 단백질들의 응집 현상에 영향을 미치는 장내 세균 유래 단백질을 발굴하고 그 작용 기전을 규명하고 있습니다. 

III.  인간-미생물 상호작용에서의 단백질 항상성 

남극과 같은 극저온의 환경에서 적응한 세균에서 단백질 항상성 시스템을 다학제적으로 연구 수행하고 있습니다. 

(최근 5년, 2019~ 현재) 

Papers

* Equal contribution, # Corresponding author

-2023

Exploring the impact of nucleic acids on protein stability in bacterial cell lysate

Ham S, Lee C#.

BBA Gen Subj. 2023 [link]

Temperature matters: bacterial response to temperature change 

Moon S*, Ham S*, Jeong J*, Ku H*, Kim H#,  Lee C#.

J Microbiol. 2023 [link]

Optimization of transposon mutagenesis methods in Pseudomonas antarctica 

Kim S,  Lee C#.

Microorganisms 2023 [link]

-2022

A method to study α-synuclein toxicity and aggregation using a humanized yeast model.

Kim H, Jung J,  Lee C#.

J Vis Exp. 2022 [link]

Cytoplasmic molecular chaperones in Pseudomonas species.

Kim H*, Moon S*, Ham S*, Lee K, Römling U,  Lee C#.

J Microbiol. 2022 [link]

ATP-independent chaperones.

Mitra R, Wu K, Lee C, Bardwell JC.

Annual Review of Biophysics. 2022 [link]

-2021

Stress-responsive periplasmic chaperones in bacteria.

Kim H*, Wu K*, Lee C#.

Front Mol Biosci. 2021 [link]

A recently isolated human commensal Escherichia coli ST10 clone member mediates enhanced thermotolerance and tetrathionate respiration on a P1 phage-derived IncY plasmid. 

Kamal SM, Cimdins-Ahne A, Lee C, Li F, Martín-Rodríguez AJ, Seferbekova Z, Afasizhev R, Wami HT, Katikaridis P, Meins L, Lünsdorf H, Dobrindt U, Mogk A, Römling U.

Mol Microbiol. 2021 Feb 115(2):255-271. doi: 10.1111/mmi.14614. [link]

-2020

Why? - Successful Pseudomonas aeruginosa clones with a focus on clone C.

Lee C, Klockgether J, Fischer S, Trcek J, Tümmler B, Römling U.

FEMS Microbiol Rev. 2020 Nov 24;44(6):740-762. doi: 10.1093/femsre/fuaa029. [link]

A metabolite binding protein moonlights as a bile-responsive chaperone.

Lee C, Betschinger P, Wu K, Żyła DS, Glockshuber R, Bardwell JC. 

EMBO J. 2020 Oct 15;39(20):e104231. doi: 10.15252/embj.2019104231. [link]

A Cyclic di-GMP Network Is Present in Gram-Positive Streptococcus and Gram-Negative Proteus Species.

Liu Y, Lee C, Li F, Trček J, Bähre H, Guo RT, Chen CC, Chernobrovkin A, Zubarev R, Römling U.

ACS Infect Dis. 2020 Oct 9;6(10):2672-2687. doi: 10.1021/acsinfecdis.0c00314. [link]

-2019

Protein folding while chaperone bound is dependent on weak interactions. 

Wu K, Stull F, Lee C, Bardwell JCA.

Nat Commun. 2019 Oct 23;10(1):4833. doi: 10.1038/s41467-019-12774-6. [link] (F1000Prime recommended)

Two FtsH Proteases Contribute to Fitness and Adaptation of Pseudomonas aeruginosa Clone C Strains. 

Kamal SM, Rybtke ML, Nimtz M, Sperlein S, Giske C, Trček J, Deschamps J, Briandet R, Dini L, Jänsch L, Tolker-Nielsen T, Lee C, Römling U. 

Front Microbiol. 2019 Jul 9;10:1372. doi: 10.3389/fmicb.2019.01372. [link]

High frequency of double crossover recombination facilitates genome engineering in Pseudomonas aeruginosa PA14 and clone C strains.

Lee C#, Kamal SM, Römling U#. 

Microbiology. 2019 Jul;165(7):757-760. doi: 10.1099/mic.0.000812. [link]

지도교수 : 이창한

(2023 현재)

Ph.D., Research Professor : 김현희 

Ph.D., graduate student : 김성현, 

M.S. - Ph. D. graduate student :문성준, 정주원, 함수정

M.S. graduate student : 김상하 

Undergraduate Internship : 유정화, 정정윤, 조근상, 강지운

Contact: leec@ajou.ac.kr

Homepage: https://sites.google.com/view/microbial-genetics-lab/home