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학술웨비나 HepScope: 악성 간세포를 간암 단세포 데이터에서 분리하기 위한 유전자 세트 및 인공지능 도구 개발 [J. Big Data] Hepatocellular carcinoma (HCC) presents a major health issue worldwide. This study introduces the HepScope gene set, developed through a hybrid approach that uti‐ lizes single‐cell RNA sequencing (scRNA‐seq), spatial transcriptomics (stRNA‐seq), bulk RNA‐seq, and proteomics data, along with the adaptation of Convolutional Neural Network (CNN) techniques. Comprising 113 genes significantly upregulated in malig‐ nant hepatocytes, HepScope gene set includes 77 genes unique to this set compared to other HCC‐related gene sets. Unlike existing solutions, HepScope gene set demon‐ strated superior discriminatory power in distinguishing malignant from non‐malignant hepatocytes, as validated by Seurat’s module score, outperforming five other gene sets across multiple datasets. A 1D‐CNN model, specifically adapted for the HepScope gene set, achieved superior accuracy (0.71), AUROC (0.82), and F1 score (0.85) compared to models trained on other gene sets, underscoring its enhanced predictive preci‐ sion and robustness. Rigorous cross‐validation and benchmarking against alternative models confirmed HepScope’s consistent performance. Additionally, we evaluated the prognostic capability of the HepScope gene set across two independent cohorts, demonstrating that the HepScope‐based risk score is a strong independent predictor of overall and disease‐free survival, making it a valuable tool for patient prognosis. Col‐ lectively, our findings position HepScope as a promising gene set for both diagnostic and prognostic applications in HCC, highlighting its potential in precision medicine for HCC and offering insights into personalized therapy development.
  • 2024년 12월 26일 (목) 오후 03시
  • Jestlin Tianthing Ng (아주대학교 의과대학)
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학술웨비나 사회적 서열은 영장류의 뇌 어디에, 어떻게 숨어 있는가? :편도체 내 잠재 변수로서의 사회적 지위 [Neuron] 계층적인 사회 집단에 성공적으로 참여하기 위해서는 개인의 지위와 그룹 내 사회적 상호작용을 지배하는 규칙에 대한 지식이 필요하다. 이러한 지식을 얻기 위해서 지위의 형태학적 표시가 없는 종에서는 개인 간 교환되는 신호를 관찰하여 사회적 지위를 유추하게 된다. 이러한 사실을 바탕으로, 본 연구에서는 실험을 위해 참여 원숭이들과 일면식 없는 원숭이 개체들 내의 사회적 상호작용을 모의하는 영상을 제작하고, 이를 시청하는 동안 편도체에서 단일 뉴런 데이터를 수집하고 분석하였다. 영상에서는 서열이 다른 두 원숭이들의 공격적 및 유화적 행동을 나란히 배열하고, 두 개체가 서로의 시야에 등장하여 상하위 신호의 상호성을 암시하도록 행동 조정하여 두 원숭이 간의 사회적 상호작용을 모의하였다. 이 영상을 시청한 원숭이들의 편도체 내 뉴런에서 두 가지 주요 발견이 나타났다. 첫째, 편도체의 뉴런은 응시된 개인의 사회적 지위에 선택적으로 반응하며, 이는 편도체가 사회적 서열 정보를 인식하고 처리하는 데 중요한 역할을 한다는 것을 시사한다. 즉, 편도체는 다른 사람의 사회적 서열을 평가하고, 이에 따라주의의 우선순위를 결정하는 데 기여한다. 둘째, 응시된 개인의 사회적 지위에 대한 신경 반응은 응시되지 않은 사회적 상대의 지위에 의해 영향을 받는다. 이는 편도체가 응시된 객체의 사회적 지위를 독립적으로 처리하지 않고, 상황적 사회 정보를 동적으로 통합하여 사회적 역학을 평가하는 데 도움을 준다는 것을 보여준다. 이로 인해 복잡한 사회 환경에서 적응적 반응을 지원할 수 있다. 전체적으로, 이 연구는 편도체가 적응적인 사회적 행동을 지원하여 개인이 상황적 단서를 바탕으로 타인의 사회적 중요성을 지속적으로 재평가고, 사회적 서열 내에서 유연하게 반응할 수 있도록 돕는다는 것을 시사한다. 앞서 설명한 우리의 실험 설계에서 사회적 지위는 얼굴 표정이나 정체성과 같은 직접 관찰 가능한 속성과는 달리, 영상에서 명시적으로 드러나지 않는다. 대신, 지위는 상호작용에서 나타나는 행동적 단서를 통해 유추된다. 관찰자는 특정 라벨이나 배지와 같은 명확한 표시 없이도 반복되는 맥락적 단서를 해석하여 서서히 누가 높은 지위에 있는지 또는 낮은 지위에 있는지를 인식하게 된다. 예를 들어, 공격적이거나 복종하는 행동 양상이 사회적 서열을 드러낸다. 뇌는 이러한 행동 신호들을 시간에 걸쳐 통합하여 간접적으로 사회적 서열을 인지한다. 이렇게 하여, 사회적 지위는 시각적으로 드러나지 않지만 관찰자는 미묘하고 누적적인 사회적 단서를 통해 이를 이해한다는 것을 본 연구를 통해 시사할 수 있다.
  • 2024년 12월 10일 (화) 오전 10시
  • 이승현 (Harvard Medical School, The University of Arizona)
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