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한빛사논문
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Nat. Methods, 05 February 2025 | https://doi.org/10.1038/s41592-025-02593-7
Rapid and sensitive protein complex alignment with Foldseek-Multimer
Woosub Kim 1,2, Milot Mirdita 2, Eli Levy Karin 3, Cameron L. M. Gilchrist 2, Hugo Schweke 4,5, Johannes Söding 6,7, Emmanuel D. Levy 4,5,* & Martin Steinegger 1,2,8,9,*
1Interdisciplinary Program in Bioinformatics, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea.
2School of Biological Sciences, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea.
3ELKMO, Copenhagen, Denmark.
4Department of Chemical and Structural Biology, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel.
5Department of Molecular and Cellular Biology, University of Geneva, Geneva, Switzerland.
6Quantitative and Computational Biology, Max-Planck Institute for Multidisciplinary Sciences, Göttingen, Germany.
7Campus Institute Data Science (CIDAS), University of Göttingen, Göttingen, Germany.
8Institute of Molecular Biology and Genetics, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea.
9Artificial Intelligence Institute, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea.
2School of Biological Sciences, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea.
3ELKMO, Copenhagen, Denmark.
4Department of Chemical and Structural Biology, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel.
5Department of Molecular and Cellular Biology, University of Geneva, Geneva, Switzerland.
6Quantitative and Computational Biology, Max-Planck Institute for Multidisciplinary Sciences, Göttingen, Germany.
7Campus Institute Data Science (CIDAS), University of Göttingen, Göttingen, Germany.
8Institute of Molecular Biology and Genetics, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea.
9Artificial Intelligence Institute, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea.
*Corresponding author: correspondence to Emmanuel D. Levy or Martin Steinegger
Abstract
Advances in computational structure prediction will vastly augment the hundreds of thousands of currently available protein complex structures. Translating these into discoveries requires aligning them, which is computationally prohibitive. Foldseek-Multimer computes complex alignments from compatible chain-to-chain alignments, identified by efficiently clustering their superposition vectors. Foldseek-Multimer is 3–4 orders of magnitudes faster than the gold standard, while producing comparable alignments; this allows it to compare billions of complex pairs in 11 h. Foldseek-Multimer is open-source software available at GitHub via https://github.com/steineggerlab/foldseek/, https://search.foldseek.com/search/ and the BFMD database.
논문정보
- Research article
- 2025년 02월 (BRIC 등록일 2025-02-12)
- 국내(교신)+국외 연구진
- 생명과학 > 구조생물 및 생물물리학
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- Bio통신원
- 2025. 02. 06
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