한빛사논문
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Keun Hong Son 1,2,3†, Mark Borris D. Aldonza 1,2,3†, A-Reum Nam 1,2,3†, Kang-Hoon Lee 1,3‡, Jeong-Woon Lee 1,2,3, Kyung-Ju Shin 1,3§, Keunsoo Kang 4, Je-Yoel Cho 1,2,3*
1Department of Biochemistry, College of Veterinary Medicine, Seoul National University, Seoul, Korea.
2Comparative Medicine and Disease Research Center (CDRC), Science Research Center (SRC), Seoul National University, Seoul, Korea.
3BK21 PLUS Program for Creative Veterinary Science Research and Research Institute for Veterinary Science, Seoul National University, Seoul, Korea.
4Departmentof Microbiology, College of Natural Sciences, Dankook University, Cheonan, Korea.
†These authors contributed equally to this work.
*Corresponding author: correspondence to Je-Yoel Cho
‡Present address: GeneOne Life Science Inc., Seoul, Korea.
§Present address: Department of Biomedical Sciences, College of Medicine, Inha University, Incheon, Korea.
Abstract
Dogs have become a valuable model in exploring multifaceted diseases and biology relevant to human health. Despite large-scale dog genome projects producing high-quality draft references, a comprehensive annotation of functional elements is still lacking. We addressed this through integrative next-generation sequencing of transcriptomes paired with five histone marks and DNA methylome profiling across 11 tissue types, deciphering the dog’s epigenetic code by defining distinct chromatin states, super-enhancer, and methylome landscapes, and thus showed that these regions are associated with a wide range of biological functions and cell/tissue identity. In addition, we confirmed that the phenotype-associated variants are enriched in tissue-specific regulatory regions and, therefore, the tissue of origin of the variants can be traced. Ultimately, we delineated conserved and dynamic epigenomic changes at the tissue- and species-specific resolutions. Our study provides an epigenomic blueprint of the dog that can be used for comparative biology and medical research.
논문정보
- Research article
- 2023년 07월 (BRIC 등록일 2023-07-17)
- 국내 연구진
- 생명과학 > 노화/암생물학
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![Multi-omics 데이터 통합 분석을 통한 개의 후성유전체 지도 구축 [Sci. Adv.]](/upload/board/files/onseminar/thumb/thumb_0000610.png)
학술웨비나
Multi-omics 데이터 통합 분석을 통한 개의 후성유전체 지도 구축 [Sci. Adv.] 개는 인간의 첫 번째 가축 동물이자 가장 친근한 동반자입니다. 개의 짧은 진화 역사를 바탕으로 형성된 다양한 품종은 생물학적으로 복잡한 형태 및 행동학적 특성과 유전성 질환, 심지어 암과 같은 질병을 이해하는데 중요한 정보를 제공합니다. 따라서 개의 유전체 및 후성유전체를 완벽히 이해하는 것은 동물과 인간 모두를 위한 의생명 분야 발전에 매우 중요합니다. 최근 활발히 진행 중인 개 유전체 프로젝트 덕분에 고품질 유전체 참조서열이 생산되었음에도 불구하고, 후성유전체 자원 부족으로 개의 유전체 내 기능적 요소들에 대한 이해는 여전히 부족합니다. 우리 팀은 이 문제를 해결하기 위해 개의 주요 11개 조직에 대해 다양한 후성유전체 데이터의 생산 및 분석을 수행하였으며, 세계 최초로 개의 유전체에 대한 종합적인 기능 지도를 완성하였습니다. 이 지도는 유전체의 조절 코드 해석을 가능하게 하고, 다양한 생물학적 기능, 세포 및 조직 특이성, 질병 발생 등에 어떻게 관여되어 있는지에 대한 새로운 이해를 제공합니다. 따라서, 이 연구는 인간과 동물의 건강 및 복잡한 질병에 대한 이해를 높이는 데 큰 도움이 될 것이라 기대합니다.- 손근홍(서울대학교)
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