한빛사 인터뷰
- 등록2024-05-27
- 조회1,331
1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드
최근 단일 세포 전사체 데이터가 많이 축적되면서 여러 데이터를 활용한 아틀라스 연구들이 생겨나기 시작했습니다. 여러 암종 사이의 차이점과 공통점에 대해서는 기존에 보고된 적이 있었으나, 여러 암과 정상 조직 생태계의 차이점에 대해 보고된 연구는 없었습니다. 이에 저희 연구진은 여러 암과 정상 조직 생태계를 구성하는 세포 상태들을 체계적으로 분석하고자 약 1,000개의 암 환자 조직 샘플과 500여 명의 정상 조직 샘플에 대한 단일 세포 전사체 데이터를 수집하여 30개 암종에 대한 대규모 종양-정상 단일 세포 지도를 구축했습니다. 이를 기반으로 여러 종양과 정상 조직에서 반복적으로 발생하는 세포 상태들을 정의하였고, 각 세포 상태가 면역 관문 억제 치료에 미치는 영향을 규명하였습니다. 아울러, 공간 전사체를 활용하여 면역 관문 억제 치료에 호의적인 영향을 예측할 수 있는 삼차 림프 구조 (tertiary lymphoid structure) 유전자 시그니처를 규명하였고, 삼차 림프 구조 유전자 시그니처가 여러 암종에서 공간적으로 삼차 림프 구조에 풍부한 세포들을 효과적으로 찾아낼 수 있다는 것을 확인했습니다.
그림. 단일 세포 종양-정상 조직 아틀라스와 분석 파이프라인에 대한 모식도.
2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다.
본 연구는 KAIST 박종은 교수님과 최정균 교수님 연구실, 그리고 삼성서울병원 이세훈 교수님 연구팀의 공동연구로 진행되었습니다. KAIST의 두 연구팀에서는 대규모 단일 세포 종양-정상 아틀라스 구축 및 분석을 진행하였고, 삼성서울병원의 면역 관문 억제 치료를 받은 폐암 코호트를 통해 면역 관문 억제 치료에 영향을 미치는 세포 상태들을 찾아냈습니다.
3. 연구 활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람
생물정보학이나 유전체 분야가 아닌 다른 분야 전공자로서 여러 단일 세포 전사체 데이터를 모으고 통합하여 분석하는 과정이 쉽지 않았습니다. 하지만 이번 연구를 진행하면서 분석 기술보다는 좋은 연구 주제를 찾고 열심히 하는 열정이 더 중요하다고 느꼈습니다. 저는 좋은 연구 주제에 대해 훌륭한 공동연구자들과 함께 협력하며 연구할 수 있어서 정말 행복했고, 이것이 박사과정 동안의 큰 보람이었습니다.
4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?
단일 세포 전사체 분야에서는 논문이 나오고 데이터가 공개되는 속도가 매우 빠른 것 같습니다. 많은 데이터가 공개됨에 따라 여러 데이터를 통합적으로 다루고 연결할 수 있는 능력이 점점 중요해지고 있습니다. 여러 데이터를 분석할 수 있는 코딩 기술이나 통계학적 지식도 기본적으로 필요하지만, 이를 하나의 스토리로 엮어낼 수 있는 연구 아이디어가 가장 중요하다고 생각합니다. 좋은 연구 아이디어에 대해 훌륭한 공동연구자와 함께 연구를 한다면 좋은 결과를 얻을 수 있을 것이라고 생각합니다.
5. 연구 활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
이번 연구에서 구축한 대규모 종양-정상 데이터베이스를 활용한 후속 연구들을 진행하고 있으며, 암 이외의 다른 질환군에 대해서도 질환 사이에 유사성과 차이점을 살펴보고자 합니다.
6. 다른 하시고 싶은 이야기들.....
우선, 이번 연구를 지도해주신 박종은 교수님과 최정균 교수님께 감사의 말씀을 드리고 싶습니다. 또한, 거의 매일 함께 분석하고 연구에 대해 논의하며 2년 동안 동고동락해온 이준형 박사님과 면역 관문 억제 치료 코호트를 담당해주셨던 안진현 박사님, 그리고 다른 공저자 선생님들께도 진심으로 감사드립니다. 마지막으로, 박사과정 동안 항상 응원하고 지지해준 사랑하는 가족들에게도 감사의 말을 전합니다.
#pan-cancer
# tumor-normal ecosystem
# single-cell RNA sequencing
댓글 작성 로그인
팝업 닫기관련 링크
연구자 키워드
관련분야 논문보기
