한빛사 인터뷰
- 등록2023-12-12
- 조회927
1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드
안녕하세요, 저는 미국 베일러 의과대학(Baylor College of Medicine)에서 Quantitative and Computational Science 분야의 박사과정 4학년 차인 문창인입니다. 먼저 이 자리를 통해 저의 연구와 저희 연구실을 소개할 수 있는 기회를 제공해주신 BRIC 관계자 여러분들과 이 인터뷰를 읽고 계신 모든 분들께 진심으로 감사의 인사를 전하고 싶습니다.
임상 시험에서 전사체 프로파일링이 점점 더 많이 통합되면서, 치료 전 투여된 종양 샘플의 유전자 발현 패턴과 그 후의 치료 결과 사이의 관계를 밝히는 새로운 기회가 마련되었습니다. 이는 임상적으로 중요한 치료법들에 대한 예측 가능한 바이오마커를 발견할 수 있는 가능성을 제공합니다. 그러나 이러한 데이터를 식별하고, 표준화하며, 분석하는 것은 생물학자와 임상의에게 여전히 큰 도전입니다. 이런 도전들은 이 귀중한 데이터 세트가 갖는 잠재적인 유용성과 영향력을 제한하고 있습니다.
이에 따라, 저는 ClinicalOmicsDB라는 프로젝트를 시작하였습니다. 이 프로젝트는 임상 시험에서의 암 약물 반응과 관련된 분자적 연관성을 탐색할 수 있는 웹 응용 프로그램으로, 생물학자와 임상의들이 임상적으로 중요한 이전 임상 시험의 분자 프로파일을 바탕으로 자신들의 발견을 쉽게 검증할 수 있도록 도와줍니다.
분자 프로파일링을 포함하는 임상 시험의 수가 계속해서 급증함에 따라, ClinicalOmicsDB의 데이터 범위 역시 지속적으로 확장될 것으로 기대됩니다. 이 웹 응용 프로그램은 사용자 친화적인 인터페이스를 통해 임상 시험에서 조화된 오믹스 데이터에 쉽게 접근할 수 있게 하여, 환자 데이터를 통한 인간 암에 대한 이해와 치료 개선을 가속화하는 데 중요한 자원이 될 것입니다.
저는 이전에 홈페이지 제작 경험은 있었지만, 웹사이트 앱을 직접 만드는 것은 이번이 처음입니다. 처음에는 R shiny를 사용하여 앱을 만들었지만, 여러 호환성 문제와 속도 문제, 그리고 앱이 갑작스럽게 종료되는 오류 등이 발생했습니다. 이러한 문제들을 해결하기 위해, 저는 주변 연구실 동료들과 함께 협력하여, 프론트엔드에는 Vue 3를, 백엔드에는 Rust 프로그래밍을 사용함으로써 이전보다 훨씬 더 빠른 웹 애플리케이션을 개발할 수 있었습니다.
2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다.
이번 연구는 베일러 의과대학(Baylor College of Medicine)의 Bing Zhang 교수님 지도 하에 진행되었습니다. 저희 연구실은 컴퓨테이셔널 바이올로지(computational biology)와 바이오인포매틱스(bioinformatics)를 활용하여 다양한 생물공학 분야에서 뛰어난 연구 성과를 내고 있는 연구실입니다. 연구실의 모든 학생들은 각자의 독립적인 연구 주제를 가지고 현재 열정적으로 연구를 진행하고 있습니다. 이를 바탕으로, 프로테오믹스 연구, 정밀 종양학(cancer precision medicine), 데이터 접근성을 통해 다양한 방향에서 바이오-의료 융합(translational research)에 적극적으로 기여하고 있는 연구실입니다. 현재는 미국 국립보건원(NIH)의 CPTAC 프로젝트 및 중국과 한국에 있는 다수의 암 환자 데이터와의 협력 연구도 활발하게 진행 중입니다.
3. 연구 활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람
저희 연구실에서는 온라인에 등록된 모든 임상 실험 데이터를 처음부터 찾아 정리하는 과정이 1년 이상 걸렸습니다. 이 긴 시간 동안 많은 어려움을 겪었으며, 수많은 웹사이트 수정 과정에서도 여러 도전에 직면했습니다. 그러나 이러한 과정 속에서 해결책을 찾아내면서, 이 데이터를 활용해 인공지능과 같은 더 흥미로운 실험을 할 수 있는 토대가 마련되었습니다. 이런 경험들을 통해 얻은 높은 자부심과 보람은 저에게 큰 의미가 있습니다.
4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?
컴퓨테이셔널 바이올로지(computational biology) 및 바이오인포매틱스(bioinformatics) 분야로 진학하려는 후배들과 유학 준비생들에게 조언을 드리자면, 다음과 같은 점들을 고려해보시는 것이 좋습니다:
1. 기초 지식 강화: 생물학, 통계학, 컴퓨터 과학 등 이 분야의 기초가 되는 학문들에 대한 탄탄한 지식을 쌓는 것이
중요합니다. 각 분야의 기본 원리와 개념을 이해하는 것은 연구에서 매우 중요합니다.
2. 프로그래밍 기술 습득: 파이썬(Python), R 같은 프로그래밍 언어를 배우고, 데이터 분석 및 시각화 기술을
익히는 것이 필요합니다. 이러한 기술은 데이터를 처리하고 분석하는 데 필수적입니다.
3. 연구 경험 쌓기: 학부나 대학원에서 연구 경험을 쌓는 것이 중요합니다. 실제 연구 프로젝트에 참여하여 문제를
해결하는 과정을 경험하는 것은 매우 가치 있는 일입니다.
4. 지속적인 학습과 호기심 유지: 이 분야는 빠르게 변화하고 있으므로 최신 동향에 대해 지속적으로 학습하고 새
로운 지식을 흡수하는 것이 중요합니다. 호기심을 가지고 새로운 아이디어와 기술에 도전하는 자세가 필요합니다.
5. 커뮤니케이션 능력 강화: 연구 결과를 효과적으로 전달하고, 다른 연구자들과 협력하기 위해서는 강력한
커뮤니케이션 능력이 필요합니다. 학술적 글쓰기 및 발표 기술을 개발하는 것이 중요합니다.
6. 멘토링과 네트워킹: 경험 많은 멘토의 조언을 구하고, 학술 대회나 워크숍에 참여하여 네트워킹 기회를 활용
하세요. 이러한 관계들은 유학 준비나 연구 경로 설정에 도움이 됩니다.
5. 연구 활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
현재 저는 베일러 의과대학에서 박사 연구를 수행하면서 Pacific Northwest National Laboratory에서 파트타임 인턴으로 활동하고 있습니다. 이 두 곳에서의 경험을 바탕으로, 저는 국제 연구 기관에서 포스트닥이나 연구 스태프로서의 경력을 쌓기 위해 준비하고 있습니다. 비록 제 연구 분야가 Cancer Computational Biology에 초점을 맞추고 있지만, 저는 인공지능에도 큰 관심을 가지고 있어서 인공지능 연구를 활발히 수행하는 여러 회사이나 의료대학에서 연구원으로 일하는 것을 목표로 하고 있습니다.
6. 다른 하시고 싶은 이야기들.....
올해 KOFST YGF/YPF 및 WCKSE 주최측에 감사의 말씀을 드리고 싶습니다. 저에게 제1회 세계 한인 과학기술인대회으로 통해 대한민국의 윤 대통령을 만나고, 16개국에서 온 100명의 다양한 사람들과 이 연구를 공유할 수 있는 특별한 기회를 제공해주셨습니다.
출처: 연합뉴스
출처: 한국과학기술단체총연합회
마지막으로 저를 사랑해주시는 가족, 친구들 그리고 하나님께 큰 영광을 돌립니다.
#Computational Biology
# Precision Medicine
# Clinical Trials
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