한빛사 인터뷰
- 등록2023-11-20
- 조회1,952
1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드
COVID-19에 의한 후유증으로 fibrosis가 나타난다는 것이 알려지기 시작할쯤부터 이 연구가 시작되었습니다. Pulmonary fibrosis를 나타내는 대표적인 질병인 IPF와 COVID-19 환자의 폐 조직 비교를 single cell RNA-seq을 통해서 진행해서 세포 수준에서의 유사성과 fibrosis 극복할 만한 방안을 찾을 수 있지 않을까 하며 이 연구가 시작되었습니다. 결국 COVID-19와 IPF의 유사성은 macrophage에서 관찰되어 지는데 tissue resident macrophage인 alveolar macrophgae의 감소와 monocyte derived macrophage의 증가가 control 그룹과 비교했을 때 공통적으로 나타나는 특징입니다.
그리고 COVID-19/Control과 IPF/Control 에서의 DEG를 비교하였을 때 공통적으로 나타나는 DEG에 대해서 이후분석을 하였고 여러 validation 데이터와 fibrosis를 유도한 rat에 anti-fibrotic drug 처리후 진행한 RNA-seq 데이터를 사용하여 Alveolar macrophagae와 monocyte-derived macrophagae의 network model을 구축하였습니다. 분석 자체는 심플하게 진행했지만 제가 이 연구를 통해서 single cell RNA-seq을 처음 접하다 보니 많은 난관이 있었습니다. Single cell RNA-seq은 할 수 있는 분석이 너무 많다보니 제가 이것저것 다 건드리고 있어서 분석시간이 길어진 것에도 한 몫 했던거 같습니다. 그럴때 마다 적절히 끊어주신 교수님과 지환박사님께 감사드립니다. 그땐 잘 몰랐는데 끊어내길 잘 한거 같습니다.
2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다.
GIST 의생명공학과 노화 및 대사질환 연구실 (AMDL) 입니다 저희 연구실은 이름대로 노화와 대사질환에 대해 중점을 맞춰 연구 중에 있습니다. 노화 관련 연구들로는 노화 쥐, 그리고 c.elegans를 이용해서 연구중에 있으며 당뇨병 모델 마우스를 활용해서 심장을 비롯한 여러 조직에서의 문제를 풀어나가고 있습니다. Dry 분석과 wet 실험을 둘 다 진행하고 있기에 dry 분석과 wet 실험을 이어가는 노력들을 많이 하고 있습니다. 이 외에도 다양한 실험들을 진행하고 있습니다.
3. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?
이 논문이 single cell RNA-seq을 비롯한 transcriptome data 분석으로 된거다 보니 이 분야로 말씀드리자면, omics 데이터 분석은 굉장히 유용한 기술이고 계속해서 무서운 속도로 발전하고 있는 분석입니다. 그래서 코딩 테크닉을 중요하게 생각해서 진입하기 힘들어 하시는 분들이 꽤 있는걸 느꼈습니다. bioinformatics 에서 transcriptome 데이터 분석의 경우는 코딩기술 보다는 그 의미를 해석하고 보여주는 것이 더 중요하다 생각합니다 (사실 코드는 구글링 하면 다 있다고 해도 과언이 아니기 때문에 코드를 잘 이해하고 조합하기만 하면 끝입니다). 결국 생물학의 카테고리에 있는 분야임을 인지하신다면 재밌게 배울 수 있을거라 생각합니다.
4. 연구 활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
이 연구를 시작으로 lung single cell RNA-seq 데이터를 많이 다루게 됐는데, 여러 관점에서 lung 데이터를 다루고 있습니다. 노화, probiotics 등등의 분야에서 재밌는 연구들을 진행중인데 이 연구들도 한빛사에서 소개 하는 날이 있길 바라며 열심히 진행해보겠습니다.
5. 다른 하시고 싶은 이야기들.....
무엇보다 이 연구하는데 코멘트 해주시고 기다려 주신 오창명 교수님과 저녁에 통화드려도 오랫동안 디스커션하고 코멘트 주시면서 분석 막혀있을 때 분석방향을 많이 다듬어 주신 지환박사님께도 감사의 말씀드립니다. 덕분에 첫 single cell 분석이라 오랜 시간이 걸렸지만 잘 마무리할 수 있었습니다.
그리고 연구실에서 같이 discussion 해주는 랩멤버들과 항상 저를 지지해주고 응원해주는 아버지 어머니와 누나에게도 감사의 말을 전하고 싶습니다.
p.s. 친절하게 응대해 주신 한빛사 담당 직원분께도 감사드립니다.
<노화 및 대사질환 연구실 단체 사진>
<KRIBB 박지환 박사 사진>
#COVID-19
# Pulmonary fibrosis
# single-cell RNA-seq
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