한빛사 인터뷰
1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드
미생물의 전사 과정과 이를 통해 생성된 transcript는 다양한 요소에 의해 조절됩니다. 따라서 이 과정에 대해 연구하는 것은 세포 내에서 발생하는 유전자 발현에 대해 이해하는데 중요합니다. 그런데, 현재까지는 대부분의 연구가 프로모터, RBS 등 전사와 번역의 시작이 되는 5’-end 부분에 집중되어 있었습니다. 이번 연구에서는 세포 내 존재하는 모든 transcript의 3’-end를 해독하는 Term-Seq 기법을 이용하여 terminator와 post-transcriptional RNA processing 등 전사 종결과 processing에 대해 알아보았습니다.
많은 실험과 데이터를 바탕으로 연구를 진행하면서 많은 시행착오가 있었지만, 가장 어려웠고 기억에 남는 것은 여러 terminator가 서로 다른 세기를 가진다는 것을 알게 된 후, 이를 수학적 모델로 해석해보고자 했던 것이었습니다. 이미 promoter와 RBS 등의 요소들은 서열 정보만으로 세기를 어느정도 예측할 수 있기 때문에 개인적으로는 같은 것을 termination에서도 진행해보고 싶었지만, 기존에 알려진 어떠한 기작도 termination을 정확하게 예측할 수 없었습니다. 이는 우리가 아직까지 전사 종결에 의해 거의 이해하고 있지 못하다는 것을 의미하여 많은 아쉬움이 들었습니다. 앞으로 도전해보고 싶은 중요한 분야로 생각됩니다.
2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다.
이번 연구는 카이스트의 조병관 교수님, 한국생명공학연구원 이승구 박사님, UCSD의 Bernhard Palsson 교수님의 지도로 수행하였습니다. 카이스트 조병관 교수님 연구실에서는 차세대 시퀀싱 기법을 이용하여 다양한 생명현상을 생명체 전체에서 이해하는 시스템 생물학 연구를 진행하고 있습니다. 한국생명공학연구원 이승구 박사님 연구실에서는 합성생물학을 이용한 다양한 유전회로 설계와 제작, 세포 엔지니어링 연구를 진행하고 있으며, UCSD의 Bernhard Palsson 교수님 연구실에서는 in silico 모델링을 통한 세포 예측, machine learning을 통한 생명현상에 대한 해석 및 분석에 대한 연구를 진행하고 있습니다.
3. 연구 활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람
제가 연구를 하면서, 아주 작은 부분일지라도 이 세상에서 아무도 모르는 것을 밝혀내는 과정이라는 것이 항상 즐겁고 보람됩니다. 어려울 때마다 관련 논문을 찾아보며 다른 연구자들의 연구에 대해 감탄하고, 또는 그들이 부족했던 부분을 보완하면서 많은 공부가 되었습니다.
4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?
빅데이터와 기계학습이 떠오르는 기술로 부상하면서 생물정보학과 시스템생물학의 중요성이 대두되고 있습니다. BT와 IT가 융합된 분야로 연구가 쉽지는 않지만 연구를 하면 할수록 놀랍고 신기한 부분이 많은 분야입니다. 생소한 분야이지만 방대한 데이터 속에서 흥미로운 생물학적 발견을 하는 기쁨을 느끼고 싶은 분들께 추천드리고 싶은 분야입니다.
5. 연구 활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
저는 조병관 교수님 연구실에서 학위를 진행하면서 공동연구를 수행하였던 UCSD의 Bernhard Palsson 교수님 실험실에서 새로이 박사후 연구원으로 연구를 수행하게 되었습니다. 앞으로도 수많은 생명현상에 대해 연구하고 우리에게 알려지지 않았던 것에 대해 알아내 또 한빛사에 소개될 수 있으면 좋겠습니다.
6. 다른 하시고 싶은 이야기들.....
한가지 주제에 대해 연구를 오래 수행하면서 가끔 이 주제가 그다지 중요하지 않게 느껴지고, 큰 의미가 없는 것은 아닌지라는 걱정이 들 때가 있었는데 그럴 때마다 실험실 동료와 토론하며 많은 힘을 얻었습니다.
이번 논문 뿐만 아니라 연구를 하면서 항상 열정적으로 지도해주신 조병관 교수님, 조수형 교수님, 김선창 교수님, Bernhard Palsson 교수님, 이승구 박사님께 감사드립니다.
#Term-Seq
#Transcription terminator
#Systems biology
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