한빛사 인터뷰
- 등록2022-04-04
- 조회2,559
1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드
간의 원발성 암종은 크게 간세포암 (hepatocellular carcinoma, HCC) 과 간내 담관암 (intrahepatic cholangiocarcinoma, iCCA)으로 나눌 수 있습니다. HCC 중 일부 암에서는 iCCA와 유사한 분자유전학적 특징을 보이는 아형이 보고되었으며, 혼합 간세포담관암 (combined hepatocellular-cholangiocarcinoma)에서는 HCC와 iCCA의 분화를 동시에 보입니다. 이러한 특징은 간의 원발성 암종인 HCC와 iCCA 사이의 중간 특성을 보이는 아형 (subtype)이 존재할 가능성을 보이나, 정확한 분자병리학적 소견은 아직까지 명확하게 밝혀지지 않았습니다.
저희 연구팀은 2000년부터 2018년까지 세브란스병원에 수술받은 간세포암, 간내 담관암 총 137명의 조직을 선별 및 RNA-sequencing 진행 후 전사체 (transcriptome)를 활용한 consensus clustering을 통해 총 4개의 subtype (예: LC1-LC4)을 분류하고 유전적-병리학적 특징들을 조사하였습니다. 결과적으로, 간내 담관암과 유사한 유전자 발현 패턴을 보이는 LC2 그룹은 LC1에 비해 불량한 예후, 높은 TP53 유전자변이, HNF4-SLCO1B1 유전자 발현감소에 의한 담즙산 uptake가 감소되는 특징을 보여주며, 영상의학적으로 MRI 검사에서 rim-APHE (rim arterial-phase hyperenhancement) 패턴 나타냈습니다.
간내 담관암은 간세포암과 비슷한 특징을 보이는 LC3와 전형적인 간내 담관암 특징을 보이는 LC4로 분류하였습니다. LC3는 병리학적으로 소담관암 (small duct, SD)이 대부분이 였으며, 높은 대사/면역관련 유전자의 발현과 IDH1/2 변이를 보였습니다. 이와 반대로, LC4 그룹에는 소담관암과 대담관암 (large duct, LD)이 둘 다 포함하며, LC4-SD는 빈번한 FGFR2 유전자의 fusion 특징, LC4-LD은 cell cycle 관련 유전자의 발현 및 KRAS 유전자 그룹의 변이 차이를 보여줬습니다. 이런 결과를 통해 진단 및 치료에 응용이 가능하도록 간세포암과 간내 담관암이 보이는 분자적-병리학적 스펙트럼에 대한 이해를 높였으며 같은 간세포암, 간내 담관암이라도 좀 더 공격적인 특징을 보이는 아형이 존재하며 이는 영상의학적으로 구분이 가능하다는 점을 제시했다고 생각합니다.
2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다.
제가 연구를 진행하였던 연세대학교 의과대학 병리학교실의 경우 박영년 교수님의 지도 아래 간에서 발생하는 원발성 암종에 대한 다양한 분자 실험 모델 및 다년간 구축한 임상 정보 및 시료 분석을 동시에 진행할 수 있는 인프라가 구축되어 있습니다. 또한, 여러 병원 및 기관과 협력하여 Next Generation Sequencing기반의 Bioinformatics 분석을 진행하였습니다.
3. 연구 활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람
Bioinformatics라는 분야로 학위 주제를 정하였을 때, 처음 Linux에서 데이터를 부르고 parsing을 진행할 때, 검정 바탕화면에 깜빡이는 초록 커서만 눈에 들어와 많이 힘들었지만, 지금은 연구주제에 맞게 알아서 코딩하고 데이터를 plot으로 구현하는 저를 보면 보람을 조금이나마 느낍니다. 또한, 분석한 결과가 in vitro 실험에서도 다른 cohort에서도 validation이 될 때, 정말 뿌듯합니다.
4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?
누구에게 조언할 정도로 대단하진 않지만, 이 분야에서 먼저 졸업한 사람으로서 진학하려는 후배들이 있다면 두 마디 해주고 싶습니다. 실험실도 생각해 보면 작은 사회입니다. 일할 때나, 연구할 때나 항상 긍정적인 생각으로 배우려는 마인드로 임하시길 바랍니다. 4-5년이라는 학위기간 어떻게 보면 길지만 금방입니다. 졸업하면 앞으로 진행할 부분 & 할 일이 훨씬 많습니다. 학위동안 잦은 스트레스로 많은 에너지 소비하지 말고 즐겁게 주변 사람들에게 좋은 피드백 주고받으면서 실험실 생활하시기 바랍니다.
5. 연구 활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
현 한국과학기술연구원의 Post-doc으로 천연물소재연구센터에서 많은 훌륭한 박사님들과 함께 공동연구를 진행하고 있습니다. 현재의 계획이라면 박사과정때 습득한 Bioinformatics라는 분야를 “어떻게 천연물에 적용할지?” 와 “Pharmacogenomics 라는 분야를 사용할 수 있을까?” 라는 물음을 갖고 앞으로 좀 더 공부/연구하여 국내 과제에 도전하고자 합니다.
6. 다른 하시고 싶은 이야기들.....
연구에 있어서 큰 힘이 되어 주시고 흥미로운 연구테마를 주신 박영년 교수님께 진심 어린 감사의 말씀을 드리고 싶습니다. 다음으로 논문 진행에 있어 Bioinformatics 분석에 부족한 저를 지도 편달해주신 아주대 우현구 교수님께도 감사와 존경을 표합니다. 또한 이 논문이 투고하는데 있어서 영상의학적으로 자문 및 도움을 주신 이형진 선생님, CNV/metabolite 분석에서 도움을 주신 아주대 권소미 박사님, 병리학적 관점에서 데이터 분석을 도와주신 유정은 선생님, 정택 선생님 모든 분 덕분에 무사히 이번 연구를 잘 마무리할 수 있었습니다. 감사합니다.
마지막으로 연구에 있어서 아낌없는 조언과 힘을 주신 김영주 박사님, 고현석 박사님, 전부남 박사님, 우교수님 실험실 학생분들, 저를 믿어 주시고 응원해주신 부모님께 감사의 말씀드립니다.
#Bioinformatics
#Cancer Biology
#Hepatocellular Carcinoma
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