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한빛사 인터뷰
한빛사 인터뷰
- 등록2017-11-16
- 조회5,533
Nucleic Acids Res., Published: 26 October 2017 | https://doi.org/10.1093/nar/gkx1013
TRRUST v2: an expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions
1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드
저희 연구팀에서 이번에 진행한 연구는 TRRUST v2 라는 전사조절 네트워크 데이터베이스를 구축한 것입니다.
TRRUST는 Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text mining의 약자로, 인간과 흰쥐의 전사인자 (Transcription factors, TFs)들과 그들의 조절 대상 유전자들의 관계를 문헌에서 수집해 구축한 데이터베이스입니다. 전사인자들은 세포 내에서 유전자 발현을 조절하는 주요 인자 역할을 합니다. 이런 전사인자들이 어떤 유전자를 조절하는지, 어떤 조절작용을 하는지에 대해 연구하는 것은 종양과 같이 복잡한 기전을 가진 질병이나 줄기세포의 분화기전을 연구할 때 매우 중요합니다. 그런데 이들의 전사조절 관계는 매우 복잡하고 역동적이어서 전사인자에 따라, 전사인자가 있는 조직에 따라 그리고 환경에 따라 매우 다양하게 변합니다. 이렇게 복잡한 조절구조를 연구하기 위해 많은 연구자들이 실험적으로 혹은 컴퓨터 접근법으로 전사조절 네트워크를 구축해왔습니다. 그러나, TRED 혹은 TFactS와 같이 실험정보를 모아놓은 데이터베이스는 데이터의 양이 부족하며, CellNet과 같이 컴퓨터 접근법으로 구축된 네트워크는 부정확한 정보가 많습니다. 이런 전사조절 네트워크를 정확하게 구축하기 위해서는 충분한 양과 높은 정확도를 가진 데이터가 필요합니다.
때문에 저희 연구실에서는 전사조절관계를 다룬 논문 정보를 하나하나 수집해 TRRUST를 구축했습니다. 기존에 저희 연구실에서 인간의 데이터만을 수집해 TRRUST v1을 구축했는데, 이번에 흰 쥐의 데이터를 추가적으로 수집하고 새로운 분석 툴을 웹사이트에 추가하면서 v2를 구축하게 되었습니다.
TRRUST v2는 웹사이트를 통해 모든 데이터가 제공됩니다. (www.grnpedia.org/trrust) 누구나 TRRUST 웹사이트에서 쉽게 데이터를 다운로드 받을 수 있고, 유전자를 검색해 그들의 조절관계를 찾아낼 수 있습니다. 또한 이번에 새로 추가된 'Find key regulators'라는 툴을 사용해 제공된 유전자들을 조절하는 중요 전사인자를 찾는 것도 가능합니다.
TRRUST v2에는 15,000개 이상의 조절관계가 수집되어 있습니다. 이런 전사조절 관계를 논문을 읽고 정확하게 찾아내기 위해서 약 4만개 이상의 논문을 수작업으로 하나하나 확인하는 작업이 필요했는데요, 이 과정에서 저를 비롯해 많은 박사님, 연구원 그리고 학생들께서 많은 시간을 들여 작업해주셨습니다.
2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다.
제가 소속된 연구실은 연세대학교 생명시스템대학 이인석 교수님의 네트워크 생명공학 연구실입니다. (www.netbiolab.org) 교수님과 박사님, 연구원, 학생들이 생물학적 네트워크를 구축하고 이를 이용해 질병의 기전을 밝히는 연구를 주로 진행합니다. 저희 연구실에서는 다양한 모델 종에 대해 네트워크를 구축했으며, 이를 이용해 여러 가지 분석 툴을 구축하고 있습니다.
3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람
TRRUST 데이터베이스 구축은 많은 작업을 요하는 고된 일이었지만, 만들어진 데이터베이스를 전 세계의 여러 연구자들이 사용한다는 걸 알게 되었을 때 보람을 느꼈습니다. 방문자가 많아서인지 이메일로 여러 조언도 얻고, 유용한 웹사이트를 구축해주어 고맙고 잘 사용하고 있다는 인사도 들었습니다. 이렇게 저희가 했던 연구가 가치 있는 일이라고 생각될 때, 연구에 대한 보람을 느꼈던 것 같습니다.
4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?
프로그래밍을 배워야 한다는 생각에 이 분야에 대한 부담을 느끼시는 생물학도 분들을 많이 봤습니다. 물론 프로그래밍을 처음 시작할 때는 낯설지만, 조금씩 해나가면 익숙해 질 것입니다. 반대로 컴퓨터공학을 하시는 분들 역시 생물학에 부담을 느끼시는데, 이 역시 마찬가지입니다. 각 분야에 통달한 지식을 요구하는 것이 아니기 때문에 거부감을 느끼지 않으셨으면 합니다. 하지만 여러 분야의 연구자들과 소통해야 하기 때문에 의사소통 능력, 자신의 연구를 명료하게 설명할 수 있는 능력이 필요합니다. 이 분야에서는 협업을 통해 연구를 진행하는 일이 굉장히 많습니다. 또한 자신만의 취미를 가지는 게 중요합니다. 연구실 생활을 잘 버텨낸 분들의 의견을 들어보면, 스포츠나 음악 등 스트레스를 풀 수 있는 취미생활이 큰 도움이 되었다고 합니다.
5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
네트워크는 생물 현상을 관찰할 수 있는 색다른 관점으로 사용될 수 있습니다. 앞으로 진행할 종양 연구에서 여러 데이터를 TRRUST와 같은 네트워크에 맞물려서 기존에 얻지 못한 새로운 원인유전자를 발굴하는 연구를 진행해 볼 계획입니다.
6. 다른 하시고 싶은 이야기들....
TRRUST 데이터베이스를 구축하기 위해 정말 많은 분들께서 수고해주셨습니다. 이인석 교수님을 비롯해 저희 연구실에 계셨던 수많은 분들께 감사의 말씀을 드립니다. 마지막으로 항상 절 믿어주셨던 부모님과 언제나 힘이 되어주었던 아내에게 고마움을 전합니다. 더욱 노력해서 좋은 연구를 해나가도록 하겠습니다.
저희 연구팀에서 이번에 진행한 연구는 TRRUST v2 라는 전사조절 네트워크 데이터베이스를 구축한 것입니다.
TRRUST는 Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text mining의 약자로, 인간과 흰쥐의 전사인자 (Transcription factors, TFs)들과 그들의 조절 대상 유전자들의 관계를 문헌에서 수집해 구축한 데이터베이스입니다. 전사인자들은 세포 내에서 유전자 발현을 조절하는 주요 인자 역할을 합니다. 이런 전사인자들이 어떤 유전자를 조절하는지, 어떤 조절작용을 하는지에 대해 연구하는 것은 종양과 같이 복잡한 기전을 가진 질병이나 줄기세포의 분화기전을 연구할 때 매우 중요합니다. 그런데 이들의 전사조절 관계는 매우 복잡하고 역동적이어서 전사인자에 따라, 전사인자가 있는 조직에 따라 그리고 환경에 따라 매우 다양하게 변합니다. 이렇게 복잡한 조절구조를 연구하기 위해 많은 연구자들이 실험적으로 혹은 컴퓨터 접근법으로 전사조절 네트워크를 구축해왔습니다. 그러나, TRED 혹은 TFactS와 같이 실험정보를 모아놓은 데이터베이스는 데이터의 양이 부족하며, CellNet과 같이 컴퓨터 접근법으로 구축된 네트워크는 부정확한 정보가 많습니다. 이런 전사조절 네트워크를 정확하게 구축하기 위해서는 충분한 양과 높은 정확도를 가진 데이터가 필요합니다.
때문에 저희 연구실에서는 전사조절관계를 다룬 논문 정보를 하나하나 수집해 TRRUST를 구축했습니다. 기존에 저희 연구실에서 인간의 데이터만을 수집해 TRRUST v1을 구축했는데, 이번에 흰 쥐의 데이터를 추가적으로 수집하고 새로운 분석 툴을 웹사이트에 추가하면서 v2를 구축하게 되었습니다.
TRRUST v2는 웹사이트를 통해 모든 데이터가 제공됩니다. (www.grnpedia.org/trrust) 누구나 TRRUST 웹사이트에서 쉽게 데이터를 다운로드 받을 수 있고, 유전자를 검색해 그들의 조절관계를 찾아낼 수 있습니다. 또한 이번에 새로 추가된 'Find key regulators'라는 툴을 사용해 제공된 유전자들을 조절하는 중요 전사인자를 찾는 것도 가능합니다.
TRRUST v2에는 15,000개 이상의 조절관계가 수집되어 있습니다. 이런 전사조절 관계를 논문을 읽고 정확하게 찾아내기 위해서 약 4만개 이상의 논문을 수작업으로 하나하나 확인하는 작업이 필요했는데요, 이 과정에서 저를 비롯해 많은 박사님, 연구원 그리고 학생들께서 많은 시간을 들여 작업해주셨습니다.
2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다.
제가 소속된 연구실은 연세대학교 생명시스템대학 이인석 교수님의 네트워크 생명공학 연구실입니다. (www.netbiolab.org) 교수님과 박사님, 연구원, 학생들이 생물학적 네트워크를 구축하고 이를 이용해 질병의 기전을 밝히는 연구를 주로 진행합니다. 저희 연구실에서는 다양한 모델 종에 대해 네트워크를 구축했으며, 이를 이용해 여러 가지 분석 툴을 구축하고 있습니다.
3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람
TRRUST 데이터베이스 구축은 많은 작업을 요하는 고된 일이었지만, 만들어진 데이터베이스를 전 세계의 여러 연구자들이 사용한다는 걸 알게 되었을 때 보람을 느꼈습니다. 방문자가 많아서인지 이메일로 여러 조언도 얻고, 유용한 웹사이트를 구축해주어 고맙고 잘 사용하고 있다는 인사도 들었습니다. 이렇게 저희가 했던 연구가 가치 있는 일이라고 생각될 때, 연구에 대한 보람을 느꼈던 것 같습니다.
4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?
프로그래밍을 배워야 한다는 생각에 이 분야에 대한 부담을 느끼시는 생물학도 분들을 많이 봤습니다. 물론 프로그래밍을 처음 시작할 때는 낯설지만, 조금씩 해나가면 익숙해 질 것입니다. 반대로 컴퓨터공학을 하시는 분들 역시 생물학에 부담을 느끼시는데, 이 역시 마찬가지입니다. 각 분야에 통달한 지식을 요구하는 것이 아니기 때문에 거부감을 느끼지 않으셨으면 합니다. 하지만 여러 분야의 연구자들과 소통해야 하기 때문에 의사소통 능력, 자신의 연구를 명료하게 설명할 수 있는 능력이 필요합니다. 이 분야에서는 협업을 통해 연구를 진행하는 일이 굉장히 많습니다. 또한 자신만의 취미를 가지는 게 중요합니다. 연구실 생활을 잘 버텨낸 분들의 의견을 들어보면, 스포츠나 음악 등 스트레스를 풀 수 있는 취미생활이 큰 도움이 되었다고 합니다.
5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
네트워크는 생물 현상을 관찰할 수 있는 색다른 관점으로 사용될 수 있습니다. 앞으로 진행할 종양 연구에서 여러 데이터를 TRRUST와 같은 네트워크에 맞물려서 기존에 얻지 못한 새로운 원인유전자를 발굴하는 연구를 진행해 볼 계획입니다.
6. 다른 하시고 싶은 이야기들....
TRRUST 데이터베이스를 구축하기 위해 정말 많은 분들께서 수고해주셨습니다. 이인석 교수님을 비롯해 저희 연구실에 계셨던 수많은 분들께 감사의 말씀을 드립니다. 마지막으로 항상 절 믿어주셨던 부모님과 언제나 힘이 되어주었던 아내에게 고마움을 전합니다. 더욱 노력해서 좋은 연구를 해나가도록 하겠습니다.
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