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한빛사 인터뷰
한빛사 인터뷰
- 등록2014-11-28
- 조회7,094
Nat. Commun., Published 11 November 2014, 5, Article number: 5443 | doi:10.1038/ncomms6443
Genome sequence of mungbean and insights into evolution within Vigna species
1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드
이번 저희 연구에서는 녹두 (Vigna radiata var. radiata)의 표준유전체를 만들고 녹두의 가사화 (Domestication) 현상 및 녹두가 속해 있는 Vigna 속의 종분화 (Speciation) 현상을 밝혔습니다. 표준유전체를 만드는 연구분야는 최근 차세대 시퀀서의 등장으로 인해 염기서열 분석 비용이 매우 저렴해짐에 따라 상당히 성장하였습니다. 관련 학회를 가보면 대부분의 연구보고가 표준유전체를 만드는 것으로 도배가 되어 있을 정도로 이슈라고 볼 수 있습니다. 그렇기 때문에 불행히도(?) 논문을 작성할 때 강조해야 할 산업적 혹은 생물학적 의미를 도출하는데 더욱더 정성과 노력을 쏟아야 됩니다. 저희는 녹두의 육종에 필요한 분자마커 개발을 녹두의 가사화 현상과 연관지어 설명하였고 특히 녹두가 속해 있는 Vigna 속에서의 종분화 현상에 집중하였습니다. Vigna 속 안에서 Allopolyploidy 현상이 일어난 Vigna reflexo-pilosa (2n=4x=44)를 de novo assemble하고 녹두 유전체와 비교하여 A genome 과 B genome으로 분리하였습니다. 그리고 총 22개의 Vigna accession의 전사체 sequence와 비교하여 phylogenetic tree를 그려 A genome과 B genome의 추정 donor species를 찾아내었습니다.
생물정보학은 그 스팩트럼이 매우 다양합니다. 생물종이 다양하고 참여하는 분야가 IT편향이냐 BT편향이냐에 따라서 하는 일이 천차만별입니다. 제가 수행한 생물정보학분야의 목표는 생물정보학 도구를 이용하여 저희의 농업적 목표 및 생물학적 목표를 해결하는 것입니다. 특히 식물분야는 하나의 표준 유전체만으로 설명되지 않는 유전체상의 변이가 매우 다양합니다. 따라서 유전체를 de novo assemble하여 draft sequence를 만드는 일은 앞으로도 계속 필요할 것이고 다양한 식물의 유전체에 대한 경험이 특히 중요합니다.
2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다.
저희 서울대학교 식물유전체육종연구소는 다양한 식량작물 혹은 원예작물의 육종을 위하여 유전체 정보를 사용하는 것을 목표로 하고 있으며 구체적으로는 콩, 녹두, 팥의 두과 작물을 비롯한 고추, 인삼, 양배추 등등의 원예 및 약용작물들을 그 대상으로 하고 있습니다.
3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람
농업분야의 생물정보학전공은 희귀하다는 점이 자부심중에 하나라고 볼 수 있습니다. 나아가 모델 식물보다 더 복잡한 진화양상을 보이는 작물들을 다루기 때문에 미개척 분야를 연구하고 있다는 점이 큰 보람입니다.
4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?
생물학을 공부하려고 하는 학부 학생들에게는 생물정보학을 강력히 추천하고 싶습니다. 앞으로는 생물 정보의 빅데이터 시대가 될 것으로 예상합니다. 컴퓨터 지식 없이는 그 정보를 관찰할 수 가 없고, 분석할 수가 없게 될 것이기 때문에 잘 훈련된 생물정보학 인력이 많이 필요하게 될 것으로 전망합니다.
5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
앞으로 다양한 식량작물 및 기능성 작물의 유전체 분석을 수행하고 싶고, 제 3세대 시퀀서를 이용한 거대 유전체 분석에도 도전하고 싶습니다. 그리고 유전체 분석 기술을 기반으로 하여 핵심집단 및 효율적인 육종시스템을 구축하고 싶고 유전체 정보가 육종가들에게 잘 전달되어 사용될 수 있게 쉬운 데이터베이스를 구축하고 싶습니다.
6. 다른 하시고 싶은 이야기들....
연구에 참여하신 공동연구자들과 지도교수님인 이석하 교수님 그리고 같이 연구했던 연구실 동료들에게 감사 드립니다. 마지막으로 연구비를 제공해주신 차세대 유전체 사업단에 감사 드립니다.
이번 저희 연구에서는 녹두 (Vigna radiata var. radiata)의 표준유전체를 만들고 녹두의 가사화 (Domestication) 현상 및 녹두가 속해 있는 Vigna 속의 종분화 (Speciation) 현상을 밝혔습니다. 표준유전체를 만드는 연구분야는 최근 차세대 시퀀서의 등장으로 인해 염기서열 분석 비용이 매우 저렴해짐에 따라 상당히 성장하였습니다. 관련 학회를 가보면 대부분의 연구보고가 표준유전체를 만드는 것으로 도배가 되어 있을 정도로 이슈라고 볼 수 있습니다. 그렇기 때문에 불행히도(?) 논문을 작성할 때 강조해야 할 산업적 혹은 생물학적 의미를 도출하는데 더욱더 정성과 노력을 쏟아야 됩니다. 저희는 녹두의 육종에 필요한 분자마커 개발을 녹두의 가사화 현상과 연관지어 설명하였고 특히 녹두가 속해 있는 Vigna 속에서의 종분화 현상에 집중하였습니다. Vigna 속 안에서 Allopolyploidy 현상이 일어난 Vigna reflexo-pilosa (2n=4x=44)를 de novo assemble하고 녹두 유전체와 비교하여 A genome 과 B genome으로 분리하였습니다. 그리고 총 22개의 Vigna accession의 전사체 sequence와 비교하여 phylogenetic tree를 그려 A genome과 B genome의 추정 donor species를 찾아내었습니다.
생물정보학은 그 스팩트럼이 매우 다양합니다. 생물종이 다양하고 참여하는 분야가 IT편향이냐 BT편향이냐에 따라서 하는 일이 천차만별입니다. 제가 수행한 생물정보학분야의 목표는 생물정보학 도구를 이용하여 저희의 농업적 목표 및 생물학적 목표를 해결하는 것입니다. 특히 식물분야는 하나의 표준 유전체만으로 설명되지 않는 유전체상의 변이가 매우 다양합니다. 따라서 유전체를 de novo assemble하여 draft sequence를 만드는 일은 앞으로도 계속 필요할 것이고 다양한 식물의 유전체에 대한 경험이 특히 중요합니다.
2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다.
저희 서울대학교 식물유전체육종연구소는 다양한 식량작물 혹은 원예작물의 육종을 위하여 유전체 정보를 사용하는 것을 목표로 하고 있으며 구체적으로는 콩, 녹두, 팥의 두과 작물을 비롯한 고추, 인삼, 양배추 등등의 원예 및 약용작물들을 그 대상으로 하고 있습니다.
3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람
농업분야의 생물정보학전공은 희귀하다는 점이 자부심중에 하나라고 볼 수 있습니다. 나아가 모델 식물보다 더 복잡한 진화양상을 보이는 작물들을 다루기 때문에 미개척 분야를 연구하고 있다는 점이 큰 보람입니다.
4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?
생물학을 공부하려고 하는 학부 학생들에게는 생물정보학을 강력히 추천하고 싶습니다. 앞으로는 생물 정보의 빅데이터 시대가 될 것으로 예상합니다. 컴퓨터 지식 없이는 그 정보를 관찰할 수 가 없고, 분석할 수가 없게 될 것이기 때문에 잘 훈련된 생물정보학 인력이 많이 필요하게 될 것으로 전망합니다.
5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
앞으로 다양한 식량작물 및 기능성 작물의 유전체 분석을 수행하고 싶고, 제 3세대 시퀀서를 이용한 거대 유전체 분석에도 도전하고 싶습니다. 그리고 유전체 분석 기술을 기반으로 하여 핵심집단 및 효율적인 육종시스템을 구축하고 싶고 유전체 정보가 육종가들에게 잘 전달되어 사용될 수 있게 쉬운 데이터베이스를 구축하고 싶습니다.
6. 다른 하시고 싶은 이야기들....
연구에 참여하신 공동연구자들과 지도교수님인 이석하 교수님 그리고 같이 연구했던 연구실 동료들에게 감사 드립니다. 마지막으로 연구비를 제공해주신 차세대 유전체 사업단에 감사 드립니다.
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