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한빛사 인터뷰
한빛사 인터뷰
- 등록2014-07-02
- 조회7,069
Bioinformatics, First published online: May 7, 2014 | 10.1093/bioinformatics/btu323
Bioinformatics-driven discovery of rational combination for overcoming EGFR-mutant lung cancer resistance to EGFR therapy
1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드
최근 NGS와 personalized medicine 관련해서 cancer research 쪽에서도 활발한 연구가 진행되고 있습니다. 특히 제가 있는 division of medical oncology 에서는 synthetic lethal screen과 essential screen을 통해서 cancer 약의 저항성에 대한 연구를 많이 하고 있습니다. 그 해결책의 일환으로 drug combination을 연구하고 있는데 어떻게 하면 gene - disease- drug/drug combination 의 network를 만들고 drug combination 을 찾아낼 수 있을까 하는 의문으로 시작하여 kinase를 중심으로 한 K-Map이라는 database/tool 을 만들었습니다. 본 논문에서는 첫번째 application으로 non small cell lung cancer 셀라인에서 essential screen과 RNA-seq을 통해 얻어낸 kinase를 가지고 Bosutinib 이라는 drug 을 찾아내고 실험으로 validation 또한 하였습니다.
Cancer 뿐 아니라 많은 분야에서 deep sequencing을 통해 biological mechanism을 보다 sensitive한 결과를 보고 싶어하는 때에 분석하고 해석하는 Bioinformatics 쪽이 늘 병목현상을 보입니다 . 하지만 Bioinformatics가 분석,해석에 그치지 않고 hypothesis, 실험설계부터 주도적으로 이끌어가는 것이 필요하다고 생각합니다.
2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다.
University of Colorado Anschutz Medical Campus 는 미국에서 몇 안되는 research가 clinical experiment 까지 이어지는 곳이라고 알고 있습니다. 또 학교의 특성상, 지리적 특성상 많은 연구실들이 활발하게 협력연구를 하고 있습니다. 특히 제가 소속되어 있는 Tan Lab 은 translational bioinformatics in cancer research를 하면서 크게는 Program for the Evaluation of Targeted Therapy (PETT) lab 에 소속되어 10명 남짓되는 MD와 Ph.D를 포함해 스무명이 훌쩍 넘는 연구원들이 함께 연구를 하고 있습니다.
3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람
박사를 마치고 포닥을 시작하면서 cancer research 분야에 들어오게 되어 한동안 생소한 말들에 곤욕을 치르기도 했지만, 지금은 훌륭한 교수님들, 박사님들, 동료들과 함께 너무도 즐거운 연구를 하고 있습니다. 또 제가 하는 연구가 MD분들과의 협동으로 임상실험으로 가기도 하기에 더더욱 가치있는 일이 되고 그만큼 보람과 자부심을 느낍니다.
4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해주신다면?
아직 저도 많이 부족한 입장이라 조언을 하기에는 턱없이 부족합니다. 다만 한가지, 바이오인포매틱스로 유학을 준비하시는 분들께 전세계적으로 바이오인포매틱스는 여전히 중요하게 떠오르는 분야이고 전문가들을 앞으로도 많이 필요로 한다는 말씀을 드리고 싶습니다. 생물, 통계, 전산, 수학 등등 많은 공부를 해야 하지만 그만큼 재밌이기도 하고 중요한 일을 하는 사람이 될 수 있다고 생각합니다.
5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
여전히 Cancer 치료는 멀기만 합니다. 저는 특별히 Lung cancer 쪽에서 Kras-dependency에 관련되어 resistant한 환자타입에 대해 더많은 실험을 해보고 drug candidate 를 찾아보고 싶습니다. 여전히 걸음마 단계이지만 Bioinformatics 를 통해 candidate range를 줄여주는 것으로부터 시작한다면 cancer therapy에 작고 큰 도움이 되지 않을까 생각합니다.
6. 다른 하시고 싶은 이야기들....
저에게 좋은 기회를 주시고 든든한 힘이 되어주신 저의 지도교수님, Dr. Aik Choon Tan 에게 큰 감사를 드리고 싶습니다. 함께 연구한 동료들, 특히 K-map 을 웹툴로 멋지게 만들어준 유민재씨, 늘 옆에서 좋은 조언으로 동료가 되어준 남편 김현민 박사에게도 고마움을 전합니다. 그리고 끝없는 도움과 힘을 주시고, 작년에 태어난 아들 유진이까지 저대신 키워주신 한국에 계신 엄마와 제 가슴속과 하늘에서 저를 응원해주시는 아빠께 무한한 사랑과 감사를 전합니다. 한국에서 제 몫까지 다 해주는 언니와 형부, 조카 민규, 씩씩하게 자라준 아들 유진이에게도 늘 사랑하고 고맙다고 전하고 싶습니다.
최근 NGS와 personalized medicine 관련해서 cancer research 쪽에서도 활발한 연구가 진행되고 있습니다. 특히 제가 있는 division of medical oncology 에서는 synthetic lethal screen과 essential screen을 통해서 cancer 약의 저항성에 대한 연구를 많이 하고 있습니다. 그 해결책의 일환으로 drug combination을 연구하고 있는데 어떻게 하면 gene - disease- drug/drug combination 의 network를 만들고 drug combination 을 찾아낼 수 있을까 하는 의문으로 시작하여 kinase를 중심으로 한 K-Map이라는 database/tool 을 만들었습니다. 본 논문에서는 첫번째 application으로 non small cell lung cancer 셀라인에서 essential screen과 RNA-seq을 통해 얻어낸 kinase를 가지고 Bosutinib 이라는 drug 을 찾아내고 실험으로 validation 또한 하였습니다.
Cancer 뿐 아니라 많은 분야에서 deep sequencing을 통해 biological mechanism을 보다 sensitive한 결과를 보고 싶어하는 때에 분석하고 해석하는 Bioinformatics 쪽이 늘 병목현상을 보입니다 . 하지만 Bioinformatics가 분석,해석에 그치지 않고 hypothesis, 실험설계부터 주도적으로 이끌어가는 것이 필요하다고 생각합니다.
2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다.
University of Colorado Anschutz Medical Campus 는 미국에서 몇 안되는 research가 clinical experiment 까지 이어지는 곳이라고 알고 있습니다. 또 학교의 특성상, 지리적 특성상 많은 연구실들이 활발하게 협력연구를 하고 있습니다. 특히 제가 소속되어 있는 Tan Lab 은 translational bioinformatics in cancer research를 하면서 크게는 Program for the Evaluation of Targeted Therapy (PETT) lab 에 소속되어 10명 남짓되는 MD와 Ph.D를 포함해 스무명이 훌쩍 넘는 연구원들이 함께 연구를 하고 있습니다.
3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람
박사를 마치고 포닥을 시작하면서 cancer research 분야에 들어오게 되어 한동안 생소한 말들에 곤욕을 치르기도 했지만, 지금은 훌륭한 교수님들, 박사님들, 동료들과 함께 너무도 즐거운 연구를 하고 있습니다. 또 제가 하는 연구가 MD분들과의 협동으로 임상실험으로 가기도 하기에 더더욱 가치있는 일이 되고 그만큼 보람과 자부심을 느낍니다.
4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해주신다면?
아직 저도 많이 부족한 입장이라 조언을 하기에는 턱없이 부족합니다. 다만 한가지, 바이오인포매틱스로 유학을 준비하시는 분들께 전세계적으로 바이오인포매틱스는 여전히 중요하게 떠오르는 분야이고 전문가들을 앞으로도 많이 필요로 한다는 말씀을 드리고 싶습니다. 생물, 통계, 전산, 수학 등등 많은 공부를 해야 하지만 그만큼 재밌이기도 하고 중요한 일을 하는 사람이 될 수 있다고 생각합니다.
5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
여전히 Cancer 치료는 멀기만 합니다. 저는 특별히 Lung cancer 쪽에서 Kras-dependency에 관련되어 resistant한 환자타입에 대해 더많은 실험을 해보고 drug candidate 를 찾아보고 싶습니다. 여전히 걸음마 단계이지만 Bioinformatics 를 통해 candidate range를 줄여주는 것으로부터 시작한다면 cancer therapy에 작고 큰 도움이 되지 않을까 생각합니다.
6. 다른 하시고 싶은 이야기들....
저에게 좋은 기회를 주시고 든든한 힘이 되어주신 저의 지도교수님, Dr. Aik Choon Tan 에게 큰 감사를 드리고 싶습니다. 함께 연구한 동료들, 특히 K-map 을 웹툴로 멋지게 만들어준 유민재씨, 늘 옆에서 좋은 조언으로 동료가 되어준 남편 김현민 박사에게도 고마움을 전합니다. 그리고 끝없는 도움과 힘을 주시고, 작년에 태어난 아들 유진이까지 저대신 키워주신 한국에 계신 엄마와 제 가슴속과 하늘에서 저를 응원해주시는 아빠께 무한한 사랑과 감사를 전합니다. 한국에서 제 몫까지 다 해주는 언니와 형부, 조카 민규, 씩씩하게 자라준 아들 유진이에게도 늘 사랑하고 고맙다고 전하고 싶습니다.
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