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한빛사 인터뷰
한빛사 인터뷰
- 등록2014-02-03
- 조회5,915
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, published ahead of print January 21, 2014, doi:10.1073/pnas.1318383110
Empirical prediction of genomic susceptibilities for multiple cancer classes
1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드
제가 김성호 교수님과 출판한 논문은 유전체 상의 단일염기다형성들을 기반으로 암 감수성을 예측하는 모델 개발을 다룬 것으로 계산 유전체학을 통해 맞춤형 의학을 추구하는 분야라고 할 수 있습니다. 유전체 데이터를 통해 질병에 관련된 유전변이 인자를 통계적으로 찾는 연구는 지금까지 많이 시도되어 왔었습니다. 하지만 이러한 방식으로 지난 10년여간 발견한 질병관련된 유전인자로는 임상에서 활용하기가 어려울정도로 질병 위험 예측도가 낮았습니다. 저희는 그 이유가 마치 같은 유형의 암환자의 암세포가 mutation heterogeneity를 보일 수 있는 것처럼 질병의 감수성에 영향을 미치는 유전된 변이들도 유전체상에서 여러 조합으로 구성될 수 있다고 생각했습니다. 이러한 가정을 기반으로 암 예측 모델을 만들기 위해서는 유전체 상에 존재하는 유전변이 정보를 모두 활용하여 질병의 비선형 패턴을 컴퓨터를 통해 구축할 수 있어야 합니다. 질병과 유전체상에 존재하는 복잡한 비선형 패턴을 생물학적으로 이해하는데는 앞으로 가야할 길이 멀지만 임상에 활용할 수 있는 수준의 높은 예측력을 위해서는 앞으로 암 뿐만 아니라 다른 질병, 그리고 약물 반응까지 이러한 컴퓨터 모델링 방식으로 가야되지 않을까 생각하고 있습니다.
2. 연구를 진행했던 기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다.
제가 소속되어 있던 기관은 연세대학교 생명시스템연구원으로 저 같은 경우 병역특례 전문연구요원으로 이 곳에서 근무하였습니다. University of Califonia, Berkeley 김성호 교수님이 연세대 오믹스 의생명과학과에 석좌교수직을 겸직하고 계셨기 때문에 같이 이번 연구를 진행할 수 있었습니다. 제가 근무했던 생명시스템연구원에 대한 자세한 설명은 다음 웹페이지에서 찾아보실 수 있습니다. (http://www.ilb.or.kr/)
3. 연구를 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람
지금까지 누구도 시도하지 않았던 새로운 것을 추구한다는 점에서 연구에 강한 매력을 느낍니다. 진행하는 프로젝트의 참신함과 기대되는 결과물의 영향력이 클수록 몰입도도 강해지는 것 같습니다. 그리고 무엇보다 과학을 통해 생명체를 조금씩 더 알아간다고 느낄 때 그리고 이러한 지식들이 쌓여서 나중에 많은 사람들에게 도움이 될거라는 생각이 될 때 자부심도 느끼고 보람도 느끼는 것 같습니다.
4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해주신다면?
기술의 비약적인 발전에 힘입어 현재 생물학은 유전학을 필두로 실험기반 과학에서 데이터기반 과학으로의 큰 변혁기에 있다고 생각합니다. 이러한 변화를 정말 소중한 기회이자 가능성으로 받아들이고 계산 생물학에 많은 분들이 관심을 가지셨으면 좋겠습니다.
5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
지난 3년반동안 삼성생명과학연구소와 연세대학교에서 전문연구요원으로 병역을 마치고 현재는 University of California, Davis (UCD)에서 박사과정에 있습니다. 제가 현재 소속되어 있는 연구실은 UCD Genome Center에 자리잡고 있으며 실험적으로 그리고 컴퓨터 과학적인 접근법으로 합성 생물학에 대한 통합적인 이해를 추구하는 실험실입니다. 저는 이 곳 PI인 Ilias Tagkopoulos 와 함께 E. coli whole-cell model을 개발중에 있습니다.
박사후에도 고성능 컴퓨팅 기술과 통계학적 모델링, 다양한 오믹스 데이터를 활용하여 세포에 대한 계산학적 이해를 앞으로도 계속 추구해 나가고 싶습니다. 이와 더불어 세포 모델에 생화학 계층 모델을 통합하는 방안으로의 확장도 생각하고 있습니다. 또한 현재는 가장 세포에 대한 이해가 많이 축적되어 있는 E. coli을 대상으로 계산 모델 구축을 추구하고 있지만 향후 고등 생물에 대한 모델을 구축하고 이들 모델들을 의학 그리고 합성생물학에 응용하는 경로를 생각하고 있습니다.
6. 다른 하고 싶은 이야기들…
앞으로 더 많은 한국분들이 저와 비슷한 분야에서 활약하여 한빛사에서 좋은 소식들을 많이 전해들을 수 있었으면 좋겠습니다.
제가 김성호 교수님과 출판한 논문은 유전체 상의 단일염기다형성들을 기반으로 암 감수성을 예측하는 모델 개발을 다룬 것으로 계산 유전체학을 통해 맞춤형 의학을 추구하는 분야라고 할 수 있습니다. 유전체 데이터를 통해 질병에 관련된 유전변이 인자를 통계적으로 찾는 연구는 지금까지 많이 시도되어 왔었습니다. 하지만 이러한 방식으로 지난 10년여간 발견한 질병관련된 유전인자로는 임상에서 활용하기가 어려울정도로 질병 위험 예측도가 낮았습니다. 저희는 그 이유가 마치 같은 유형의 암환자의 암세포가 mutation heterogeneity를 보일 수 있는 것처럼 질병의 감수성에 영향을 미치는 유전된 변이들도 유전체상에서 여러 조합으로 구성될 수 있다고 생각했습니다. 이러한 가정을 기반으로 암 예측 모델을 만들기 위해서는 유전체 상에 존재하는 유전변이 정보를 모두 활용하여 질병의 비선형 패턴을 컴퓨터를 통해 구축할 수 있어야 합니다. 질병과 유전체상에 존재하는 복잡한 비선형 패턴을 생물학적으로 이해하는데는 앞으로 가야할 길이 멀지만 임상에 활용할 수 있는 수준의 높은 예측력을 위해서는 앞으로 암 뿐만 아니라 다른 질병, 그리고 약물 반응까지 이러한 컴퓨터 모델링 방식으로 가야되지 않을까 생각하고 있습니다.
2. 연구를 진행했던 기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁드립니다.
제가 소속되어 있던 기관은 연세대학교 생명시스템연구원으로 저 같은 경우 병역특례 전문연구요원으로 이 곳에서 근무하였습니다. University of Califonia, Berkeley 김성호 교수님이 연세대 오믹스 의생명과학과에 석좌교수직을 겸직하고 계셨기 때문에 같이 이번 연구를 진행할 수 있었습니다. 제가 근무했던 생명시스템연구원에 대한 자세한 설명은 다음 웹페이지에서 찾아보실 수 있습니다. (http://www.ilb.or.kr/)
3. 연구를 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람
지금까지 누구도 시도하지 않았던 새로운 것을 추구한다는 점에서 연구에 강한 매력을 느낍니다. 진행하는 프로젝트의 참신함과 기대되는 결과물의 영향력이 클수록 몰입도도 강해지는 것 같습니다. 그리고 무엇보다 과학을 통해 생명체를 조금씩 더 알아간다고 느낄 때 그리고 이러한 지식들이 쌓여서 나중에 많은 사람들에게 도움이 될거라는 생각이 될 때 자부심도 느끼고 보람도 느끼는 것 같습니다.
4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해주신다면?
기술의 비약적인 발전에 힘입어 현재 생물학은 유전학을 필두로 실험기반 과학에서 데이터기반 과학으로의 큰 변혁기에 있다고 생각합니다. 이러한 변화를 정말 소중한 기회이자 가능성으로 받아들이고 계산 생물학에 많은 분들이 관심을 가지셨으면 좋겠습니다.
5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?
지난 3년반동안 삼성생명과학연구소와 연세대학교에서 전문연구요원으로 병역을 마치고 현재는 University of California, Davis (UCD)에서 박사과정에 있습니다. 제가 현재 소속되어 있는 연구실은 UCD Genome Center에 자리잡고 있으며 실험적으로 그리고 컴퓨터 과학적인 접근법으로 합성 생물학에 대한 통합적인 이해를 추구하는 실험실입니다. 저는 이 곳 PI인 Ilias Tagkopoulos 와 함께 E. coli whole-cell model을 개발중에 있습니다.
박사후에도 고성능 컴퓨팅 기술과 통계학적 모델링, 다양한 오믹스 데이터를 활용하여 세포에 대한 계산학적 이해를 앞으로도 계속 추구해 나가고 싶습니다. 이와 더불어 세포 모델에 생화학 계층 모델을 통합하는 방안으로의 확장도 생각하고 있습니다. 또한 현재는 가장 세포에 대한 이해가 많이 축적되어 있는 E. coli을 대상으로 계산 모델 구축을 추구하고 있지만 향후 고등 생물에 대한 모델을 구축하고 이들 모델들을 의학 그리고 합성생물학에 응용하는 경로를 생각하고 있습니다.
6. 다른 하고 싶은 이야기들…
앞으로 더 많은 한국분들이 저와 비슷한 분야에서 활약하여 한빛사에서 좋은 소식들을 많이 전해들을 수 있었으면 좋겠습니다.
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