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제 방법으로 하나의 세포막 단백질 구조 예측을 위해서는 80 CPU LINUX cluster를 이용 하여 약 3일 간의 시간이 걸립니다. 이 정도 양의 계산은 몇 년 전까지도 굉장히 큰 계산이었는데 이제는 컴퓨터의 성능 향상과 내린 가격으로 인해 가능해졌다고 할 수 있습니다. 하지만 제가 일하는 곳에서는 많은 동료들이 같이 사용하기 때문에 제가 원하는 시간에 컴퓨터를 사용하기 위해서는 동료들과 항상 좋은 관계를 맺어야 합니다. 물론 항상 nice한 태도를 유지하고 서로 도움 주기를 아끼지 말아야 하지만, 제가 특별히 사용한 방법이제 방법으로 하나의 세포막 단백질 구조 예측을 위해서는 80 CPU LINUX cluster를 이용 하여 약 3일 간의 시간이 걸립니다. 이 ...
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA
2004.04.12
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The various cell types of the vertebrate peripheral nervous system (PNS) are generated from a migratory population of multipotent embryonic stem cells, the so-called neural crest. A central issue of developmental biology is to understand how an initiaThe various cell types of the vertebrate peripheral nervous system (PNS) are generated from a migratory population of mu...
- Science
2004.02.27
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첫째로, 많은 연구원들이 있는 실험실에서 일상적으로 일어나는 일이지만, 특히 내가 하는 연구가 직접적으로 실험실의 주 연구와는 관련이 있지않을 때, 어려움은 처음부터 생기게 됩니다. 처음의 실험적 가설은 다른 연구결과들을 통해서 어느 정도 세울 수는 있지만, 직접 실험을 통해 새로운 것을 발견해나가면서 어떻게 다음 일들을 만들어나가나에 대한 discussion 이나 guide 는 항상 누구에게선가 필요한 부분이지요. 이러한 부분을 충족하지 못하는 것이 대부분의 cutting edge science 를 하는 모든이들의 공통점이라고첫째로, 많은 연구원들이 있는 실험실에서 일상적으로 일어나는 일이지만, 특히 내가 하는 연구가 직접적으로 실험실의 주 연구...
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA
2004.02.11
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같이 일한 친구들과의 거리가 멀었고, 낮과 밤이 서로 반대이다 보니 의견 교환이 쉽지 않았습니다. 주로 밤에 MSN으로 채팅 하면서 서로 궁금한 점과 필요한 것들을 이야기 했습니다. 덕분에 생활 패턴이 엉망이 됐지요. 같이 일한 친구들이 제가 부탁한 일들을 하느라 좀 고생이 많았을 겁니다. 원래 포항 친구들과 처음 일을 시작할 때의 계획은 효율적인 functional genomics를 위해서 다양한 evolutionary analysis들을 도입해 보자는 것이었는데, 일을 진행하면서 어쩌다 보니, 논문이 두 편 (실험 논문 따로,같이 일한 친구들과의 거리가 멀었고, 낮과 밤이 서로 반대이다 보니 의견 교환이 쉽지 않았습니다. 주로 밤에 MSN으로 채팅 하...
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA
2004.02.11
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제 연구 결과의 대부분은 University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas 생리학 연구실의 Donald W. Hilgemann 교수의 실험실에서 visiting assistant professor로서 2년 동안 연구한 결과를 바탕으로 하고 있습니다. Hilgemann 교수는 giant patch clamp법이라는 새로운 전기생리학 기법을 직접 개발하여 Na+/Ca2+ exchanger 등의 이온수송체의 기록과 분석을 획기적으로 발전시킨 이 분야의 개척자이며, 90년 대 중반에는제 연구 결과의 대부분은 University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas 생리학 연구실의 Donald W. Hilgemann 교...
- Nature
2004.02.09
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이 연구는 처음 예상과는 달리 많은 새로운 도전이 요구되었습니다. 앞서 이야기한 것처럼 BAC library의 문제점을 TAR cloning 기법으로 해결하여 효모에서 안정적인 DNA 단편을 분리하였으나 이러한 안정적인 단편이 클론닝되었다 하더라도 현재의 기술로는 효모에서 분리된 YAC을 통해 DNA 염기서열 결정이 어렵기 때문입니다. 그러므로 효모에서 다시 대장균으로 분리된 클론을 YAC/BAC의 형태로 삽입하여야하고, 그것이 안정화될 수 있는 대장균에서의 조건 또한 필요합니다. 저희는 균주와 생장온도 등을 조절하였고, 동시에이 연구는 처음 예상과는 달리 많은 새로운 도전이 요구되었습니다. 앞서 이야기한 것처럼 BAC library의 문제점을 TAR cloning ...
- Genome Res.
2004.02.04
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이번 논문은 저희 실험실에 1년여전 합류하신 강영선 박사님의 뛰어난 능력과 열성적인 노력에 힘입은 결과물입니다. 강 박사님은 지난 1년 사이에 SIGN-R1 유전자의 새로운 기능을 밝히는 중요한 논문을 두 편이나 발표하셨읍니다. 특히 강 박사님은 숙련되고 뛰어난 세포생물학 분야의 연구능력으로 세 계적인 세포생물학자들로부터 많은 칭찬을 받고 계십니다. 한국에서 학위와 수련을 하신 강영선 박사님의 우수한 능력을 보면서, 급성장한 조국의 과학역량에 대하여 새삼 자부심을 느끼게 됩니다이번 논문은 저희 실험실에 1년여전 합류하신 강영선 박사님의 뛰어난 능력과 열성적인 노력에 힘입은 결과물입니다. 강 박사님...
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA
2004.01.17
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석사를 마치고 다시 박사과정으로 공부를 시작하는데는 몇 년의 공백이 있었습니다. 그 사이 결혼해서 아이들을 낳고 남편이 군인이라 지방에서 살고 있었는데 다시 공부하고 싶다는 생각을 계속 하던 차에 박재훈 교수님께서 결혼해서 아이가 둘인 저를 흔쾌히 받아주셔서 다시 공부를 시작하게 되었습니다. 남편과 떨어져서 주말부부로 돌이 갓지난 연년생 아이 둘을 키우며 공부하는 것이 쉽지는 않았지만, 몸에 병이 날 정도로 육체적으로는 힘든 생활이었고 울기도 많이 했지만 정말 한번도 내가 왜 이런일을 하고있나... 이런생각 해본적이 없었던 것 같석사를 마치고 다시 박사과정으로 공부를 시작하는데는 몇 년의 공백이 있었습니다. 그 사이 결혼해서 아이들을 낳고 남편이 군...
- J. Exp. Med.
2004.01.14
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춘화연구의 가장 큰 장애는 시간이었습니다. 보통 애기장대를 유전학에 이용하는 장점중의 하나가 빠른 세대기간인데 춘화 돌연변이체를 연구하면서 그런 장점은 사라졌습니다. 한달넘게 춘화처리를 해야함은 물론이고 그이후에도 개화가 촉진되지 않기 때문에 보통의 경우 교배를 위한 꽃을 얻는데 3개월 이상 걸렸습니다. 이 점을 극복하기위해 특수한 빛조건을 가진 장비를 고안하기도 하고 호르몬을 이용하기도 하고, 또 이과정에서 기대하지 않았던 특정 형질을 가진 돌연변이체를 확인 하기도 했습니다. 다른 몇몇 실험실들에서도 동일한 류의 연구를 수행하고춘화연구의 가장 큰 장애는 시간이었습니다. 보통 애기장대를 유전학에 이용하는 장점중의 하나가 빠른 세대기간인데 춘화 돌연...
- Nature
2004.01.13
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map-based cloning은 단리하고자 하는 유전자의 염색체상의 위치의 정보가 없는 상태에서 시작하기 때문에 mapping 집단과 기존의 유전자 마커들이 필요하죠. 다행히 제가 연구를 시작하고 있을 때는 mapping 집단 그리고 벼의 포화유전자지도가 만들어져 있었고 이 유전자지도 및 물리지도 작성의 중심적 역할을 한 분이 제 지도교수님이어서 실험적 접근이 쉬웠습니다. 저의 경우에는 분자생물학적 지식이 전무한 상태에서 시작했기 때문에 많은 시행착오와 그리고 남보다 더 많은 노력이 필요했습니다. 유전자 지도는 어렵지 않았지만map-based cloning은 단리하고자 하는 유전자의 염색체상의 위치의 정보가 없는 상태에서 시작하기 때문에 mapping 집단과 기존...
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA
2004.01.12
