ChIP-qPCR positive control을 뭐로 잡아야할까요? | 실험 Q&A > 커뮤니티

Q ChIP-qPCR positive control을 뭐로 잡아야할까요?

레벨01 rhdqnwnd (대학생)

25.01.08 21:45
조회286

안녕하세요 실험 열심히 배우는 중인 석사과정입니다...

ChIP-qPCR을 하려고하는데, 제가 조건을 잡는 중이라 알고 있는 바가 없어 질문 남깁니다..ㅠㅠ

1. Chromatin shearing 이후 IP를 거친 샘플의 quality check를 할 수 있는 방법이 있나요?

Shearing은 reverse crosslingking 통해 gel에서 size 확인하였는데, IP 이후 샘플은 바로 qPCR을 해야되는건가요?

2. ChIP sample을 qPCR 할 때, positive control로는 어떤 샘플이나 primer를 사용해야할까요?

IP에 사용한 Antibody가 많이 detect 되는 샘플을 사용하라고 하던데, 그 경우에는 해당 유전자의 cDNA를 쓰는걸까요...?

정말 모르겠습니다.

교수님들, 실험 고수님들, 선배님들,, 도와주세요 ㅠㅠ

Mol. Biol.-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR

등록순
추천순

A 답변 3

레벨05 BlackSmile (과기인) heart
25.01.09 11:47

1. IP DNA의 경우 양이 매우 적기 때문에 일반적인 gel에서는 size를 확인하는 것이 쉽지 않고, 보통은 농도 정도만 측정하여 바로 실험을 진행합니다.. 이러한 이유 때문에 ChIP 실험의 경우 시작할 때 Cell/Tissue의 필요 권장량을 지키는 것이 무엇보다 중요한 실험입니다.

2. 연구하고 있는 protein으로 ChIP-seq 등을 수행하였을 때 어느 region이 detect되는지에 대해서는 screening이 되어있는 상황인가요?

답변리플

레벨01 rhdqnwnd (대학생)
25.01.11 19:43
질문자

답변 감사 드립니다.

아직 아무것도 이루어지지 않은 상태입니다.

어느 부위에 detect 될지 몰라서 qPCR primer를 region 별로 구매하긴 하였습니다만,, 말씀하신 것처럼 해당 부위에 실제로 detect이 정확하게 되는 게 맞는지 혹은 primer가 잘 작동되는건지 확인할 수 없을 것 같아서 positive control에 대해 고민하다가 질문 남기게 되었습니다. ㅜㅜ

레벨05 BlackSmile (과기인) heart
25.01.11 22:13

그런 상황이라면 ChIP-seq을 한번 돌려서 어느 region에 binding하는지 background data를 얻어놓는 것도 좋은 선택지가 될 수 있습니다.

ChIP-seq으로 region 확인하고, 나중에 disease나 drug model에서 해당 region에 맞게 primer를 design하면 됩니다.