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Q mutation analysis

레벨04 나다니95 (일반인)

germline mutation depth가 낮으면(2-130) somatic mutation - mutact2를 돌리기 어려운가요?

다른 방식으로 mutact2는 돌려지나요?

Germline tool은 GATK4.0으로 했는데 Somatic은 mutact2 tool로 해야하는데,

제가 Germline으로 돌렸을때 depth가 2-130정도 읽혔습니다.

mutact2로 해본적이 없어서 그런데 에러가 계속 뜨길래요...혹시 아시는 분 있나요?

Mol. Biol.-DNA > Sequencing

A 답변 2

Depth가 낮을 시, 해당 variant를 단순히 sequencing error로 보고 somatic mutation으로 판단하지 않는 경우가 있습니다.

어떤 식으로 에러가 떴을까요?

아직 돌려보지 않아서 에러가 뜬건 아니고,

혹시 프로그램을 돌리는게 아예 안되나 싶어서 여쭤봤습니다!ㅎㅎ

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(일반인)

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