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PCR 전기영동 밴드 해석 질문있습니다.

레벨1 asdfpoi (대학생)

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안녕하십니까 면역학 lab실에서 실험하고 있는 학부생입니다.

뭔가 PCR 경험치가 부족해서 생긴 간단한 의문 같아서 질문부터 드리고 아래에 실험 조건 적겠습니다.

연두색 밑줄 친 경우를 어떻게 해석해야할지 궁금합니다.

- 밝고 잘 나온 밴드들에 비해서 단순히 DNA 양이 적은 것인지

- 그렇다면 ladder 제일 밑 밴드(250bps) 보다도 아래에 있는 밴드의 정체는 무엇인지

실험 조건

- Raw 264.7 (from murine leukemia)에서 total RNA extraction 후 cDNA 합성

- 위 gel 사진은 target gene qPCR 전에 normalize 위해 진행한 beta actin PCR의 전기영동

- 전기영동 : 1% agarose, TAE buffer, 110V, 25min, 1kB DNA ladder

감사합니다.

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답변 2

증폭이 끝난 후 남은 primer.

증폭된 band와 양을 비교해 보면 됩니다.

- beta actin이라면 모든 샘플의 PCR 밴드가 거의 유사한 정도의 intensity가 나와야 하는데 차이가 많이 나네요. 샘플마다 동일한 양의 RNA를 이용해서 cDNA를 합성하신것이 맞는지요.

- ladder 제일 밑 밴드(250bps) 보다도 아래에 있는 밴드는 PCR 과정에 남은 남은 primer입니다.

primer가 너무 많거나, 증폭될 DNA가 부족하거나, PCR조건이 잘 맞지 않으면 더욱 진하게 나옵니다. 사진에서도 보이듯 PCR 밴드가 진한 것 아래는 잘 보이지 않는 것을 보실 수 있을 것입니다.