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커뮤니티  >  실험 Q&A

Q transcription factor의 potential 관한 기본적인 질문입니다.

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레벨01 슈동 (대학생)

  • 23.02.01 20:24
  • 조회2644

JASPAR등과 같은 사이트에서 특정 gene에 대한 특정 Transcription factor의 binding을 prediction하면, 어떤 T.F A같은 경우에는 promoter 기준 전후로 굉장히 많은 prediciton site가 나오고 또 다른 T.F. B는 prediction site가 많지는 않지만 promoter 바로 앞부분에 위치한 prediction site가 나오는데요. 기초적인 것일 수도 있는데 문득 이런 의문이 들었습니다. 그렇다면 A가 이 gene에 더 potential한 T.F일지 혹은 B가 더 강력한 inducer일지가 궁금해졌습니다. 경우에 따라 다를 것 같긴 하지만, 둘 중 어느 것이 더 potential하다고 봐야할까요? 

Mol. Biol.-DNA > etc.

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A 답변 2

  • 채택된 답변입니다.
  • 레벨08 SPEED heart
  • 23.02.01 22:57
T.F가 결합한다고 inducer라고 볼수있는 근거가 있지는 않을겁니다.

해당 T.F가 turn on, off or up, down regulation에 대하여 알려져있나요?

A, B가 같은 gene 상류에 결합하나요?

예상 binding site 수로 판단하기 힘들겁니다.
  • 채택된 답변입니다.
  • 레벨05 크옷
  • 23.02.02 11:36

윗분 말씀하신 것들과, 소리마당 댓글에 더해서 ... 

굉장히 많은 prediction site 가 나오는 경우, binding site consensus 가 짧고 간단한 편이어서 그냥 유전체에 어디에나 많이 존재하는 경우일 수도 있습니다. 

단순히 갯수보다는 background 와 비교해서 얼마나 특이한가를 살펴야 하겠습니다, 

...

특정 프로모터 서열에 TF biding site 가 있느냐 없느냐 만으로 해당 프로모터에 대한 TF activity 를 추정하기는 어렵다고 생각합니다.  다수의 프로모터들 집단끼리 비교해서 통계적인 경향성을 본다거나 하는 분석이라면 모르겠지만요, 

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