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qPCR시 tamra pimer를 sybr green에 혼용해서 사용해도 되나요?

레벨3 규쟁 (대학원생)

등록일 2023.01.31 13:42:30
조회1281

안녕하세요.

qPCR을 primer를 논문에서 찾아봤는데 tamra primer를 사용한 논문을 찾았습니다. protien F,R primer서열 + FAM-5’ TTCCGGGATGCCGCTGCAAAG3’-TAMRA 알려주었는데 저희 랩은 sybr green을 사용해서 protein F,R서열만 가져와서 qPCR을 해도 괜찮을 거라고 생각이되는데 혹시 안되나요??

서열 길이를 다 확인해본 결과 70-100bp내외였습니다.

추가적으로 sybr green으로 qPCR을 진행 할 경우 100-200bp내외로 primer을 구상한다고 하던데 250bp정도로 길어지면 문제가 발생 할까요?

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답변 1

답변등록

레벨5 AstV
2023.01.31 22:17

채택답변
질문자가 채택한 답변입니다.

문헌의 TAMRA Quencher가 붙어있는 Taqman probe를 sybr green으로 대체해서 쓰시려는거 같은데... 확실히 Taqman쪽이 비특이적 증폭에 따른 분석 에러도 적지만.. sybr에 비해 수 배에 달하는 고가라는게 단점이죠..

분석하시려는 시료에서 sybr green 사용했을때 비특이적 PCR 증폭이 없다면 사용하셔도 괜찮습니다. 테스트로 Melting Curve도 그려보시고, Sequencing도 맡겨보고 확인해보세요.

그리고 250bp정도는 괜찮다고 생각됩니다.
정확히 알고싶으시면, qPCR method논문들중에서 sybr green 사용한 논문들을 서칭하시고 amplicon size만 봐보세요

예를들어 구글에 covid qPCR sybr 만 입력하시면 자료들이 많이들 나올 것 같네요 ^~^

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