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prism으로 IC50 분석시 parameter 선택

레벨1 YeKy (대학생)

등록일 2022.06.17 17:26:06
조회1544

prism으로 IC50 계산하고 있는데 parameter 선택이 여러가지라 어떤걸 선택해야 하는지 궁금합니다.

1. X값은 log로 transfer하여 계산할 때

log(inhibition) vs response (three parameter) or (four parameter)

을 사용하고 있는데 제가 알기로는 sigmodal curve는 4-parameter로 알고 있는데.. 의견좀 찾아보니까 3-parameter로 사용하는 분들도 있더라구요

이럴때는 어떤 parameter를 써야 하는지요?

2. Y값을 control로 normalization 하여 IC50을 구하려고 하는데 parameter 선택지에서

log(inhibition) vs normalized response (or -variable slope) 가 있더군요

normalized 진행할때는 해당 parameter를 쓰는 건가요? 아니면 normalized 했어도 response parameter로 써야하는건가요? 그리고 variable slope는 무슨 조건인가요? 이게 4-parameter랑 같은건가요?

다 해봤는데 그래프 패턴이 조금씩 다르고, IC50값도 조금씩 다르더라구요

prism 많이 사용해보신 분들의 의견 부탁드립니다.

#prism
#IC50

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답변 1

답변등록

레벨1 호오크아이
2022.06.20 08:57

3 parameter는 Sigmoidal curve에서 증가하는 분의 Slope (기울기)를 1로 가정하고 계산하는 것이고, 4 parameter는 이 기울기까지 하나의 parameter로 취급해서 실측치로 계산을 수행하게 됩니다. 4 parameter에서는 이렇게 기울기가 변할 수 있는 부분이기 때문에 Variable slope라고 하는 것입니다.

따라서 작성자분의 4 parameter 계산 결과의 Slope값이 1에 가깝다면 3 parameter 분석을 해도 되나, 4-parameter로 하는 것이 더 바람직 할 것으로 생각이 됩니다.

(제 기억이 가물가물하기는 한데) log(inhibition) vs Normalized response 로 계산하려면 먼저 Normalization을 따로 수행해주어야했던 것 같습니다.

여러 샘플 분석 결과를 비교하는 것이라면 Normalization을 하여 비교하는 것이 적절할 것이고, 한 실험의 결과만 확인하는 것이라면 특별히 Normalization은 하지 않아도 될 것 같습니다.

Parameter에 관련된 더 자세한 내용은 Prism 도움말이나 홈페이지에도 잘 나와 있으니, 한 번 찾아보시는 것을 추천드립니다 (대신 Weighing이나, robust fitting등, 어려운 친구들이 많이 나오더라구요 ㅠ)

그리고, IC50계산 할 때, Point나 Dilution fator설정 같은 부분에 대해서 설명해주는 논문 DOI를 첨부해드리니 시간 나실 때 읽어보시면 좋을 것 같습니다.

https://doi.org/10.1002/pst.426

좋은 하루 되셔요 ㅎㅎ

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