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Promoter와 Met codon 사이의 거리

레벨2 ade95a (대학생)

안녕하세요.

보통 plasmid map을 보면 CMV나 EF1a 같은 promoter와 뒤의 start codon 사이에 거리가 있는데

짧은 것은 12bp까지 본 적이 있고 보통은 30~80bp 이후에 start codon이 나오도록 디자인되어 있더라고요.

그래서 promoter 이후에 바로 ATG가 나오도록 디자인 해도 문제가 없는지 궁금합니다.

도움 주시면 감사하겠습니다.

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답변 3

보통 promoter 이후에 전사 개시점이 있어야 전사가 개시됩니다.

전사가 되서 mRNA가 만들어지면 mRNA 앞부분은 5'-UTR 로 단백질이 만들어지지 않습니다. 그 다음에 ATG 가 나옵니다. 그래서 전사개시점부터 ATG 까지 거리가 요구됩니다.

가장 편한 방법은 기존의 벡터에서 promoter 부터 ATG 까지 서열을 따서 사용하는 방법입니다.

mamalian promoter의 경우 전사개시점 상류로 -30 ~ -25pb에 promoter

region이 위치하고 그 하류에 전사개시점으로 불리는 Kozak sequence가

위하며 그 아래 ATG가 있습니다.

전체 길이는 경우에 따라 조금씩 달라지지만 30개 전후의 염기 길이가 됩니다.

TATA box라는 -25bp promoter region이 공식적으로 존재하기 때문에

Kozak에서 25bp는 필요합니다.

강시님, SPEED님,

정보 굉장히 감사합니다.

말씀해주신것처럼 기존벡터에서 promoter~ATG까지는 그대로 이용해야겠네요.

감사합니다.