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denaturing agarose gel 전기영동 시 찌그러짐 현상
레벨1 임찌야 (대학원생)
- 등록일 2021.05.06 19:27:06
- 조회2022
생물학 실험실이 아닌 곳에서 어쩌다 mRNA study를 하고 있는데, 전기영동시에 문제가 많아 질문 올립니다.
제목처럼 전기영동을 돌리기만 하면 아래쪽부터 겔이 찌그러집니다.
(in vitro mRNA 합성한 것을 영동한 사진입니다)
위 사진처럼 UV 찍으면 찌그러진 곳 보다 훨씬 위쪽까지 그림자가 생겨서 계속 확인하기가 어려운 상황이고요ㅜㅜ
1% agarose gel 사용하였고, 아래 방법대로 준비했습니다.
1. 1g agarose + 75 ml DEPC-treated water -> microwave (확실히 녹은것도 확인)
2. 55도 정도 까지 식힌 후 10ml 10X MOPS buffer + 15 ml 37% formaldehyde solution 첨가 (저는 EtBr 대신 redsafe 사용중입니다)
3. mold에 넣고 굳히기 (에탄올로 소독 후 사용)
4. 영동 장치에 gel 넣고 running buffer로 1X MOPS buffer 사용하여 전기영동 했습니다.
buffer온도도 뜨겁지 않은 것을 확인했고, 혹시 voltage 문제일까 싶어서 75V 1시간, 100V 15분, 135V 5분 도 해봤는데, 구겨짐의 차이만 있을 뿐 문제 해결은 되지 않았습니다. (다만 voltage가 높을수록 구겨지는 정도가 좀 더 빠른 것 같았습니다.)
혹시 짐작되는 문제가 있으시면, 답변 부탁드립니다!
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