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H1N1 influenza virus infection시킨 lung의 RNA를 뽑을 때 주로 어느 부위를 sampling하는지 궁금합니다~

레벨2 오디야 (대학생)

등록일 2021.05.03 11:22:25
조회1314

안녕하세요

현재 인플루엔자 바이러스와 폐의 RNA extraction에 관해 궁금한 점이 있습니다.

다름이 아니라 H1N1 influenza virus를 감염시킨 쥐에서 RNA extraction을 하려던 중 어느 부위의 폐를 sampling해야하는지에 대한 고민 중 입니다.

일단 Tissue dissection시 lung phenotype을 보니 군데군데 폐병변이 일어나 빨갛게 된 부분을 관찰했습니다.

지금까지는 main organ은 lung이 아니여서 다뤄본 적이 없는데, 일단 virus에 의한 감염이니 폐병변이 일어난 부위만 sampling을 해야하는지 아니면 lung의 유전자 발현을 보고 싶으니 폐병변의 여부와 상관없이 sampling을 해야하는지 궁금합니다.

Whole lung을 전체 다 갈아서 사용하라는 이야기도 있던데 그렇게 했을 때 일단 trizol 양을 어마어마하게 사용해야할 것 같아서 쉽게 엄두가 나지 않습니다.

어떤방법이 가장 좋은 방법인지 궁금합니다.

감사합니다^^

#RNA extraction
#lung
#virus infection

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답변 6

답변등록

레벨8 SPEED
2021.05.03 14:23

채택답변
질문자가 채택한 답변입니다.

실험 목적에 따라 달라질것 같습니다만 정확한 내용이 안나와있네요.

virus detection의 경우 alveolus를 포함하는 부위가 좋습니다.

그러나 전체 lung을 모두 처리하지는 않아도 됩니다.

레벨2 오디야 (대학생)
2021.05.03 14:55

Speed님 답변 감사합니다~!

먼저 제 실험 목적은 인플루엔자 바이러스 감염에 의한 폐의 유전자발현 변화입니다.

whole lung에서 확인할 필요는 없다고 하니 정말 다행입니다. 도대체 어떻게 샘플링을 해야할지 고민하고 있었거든요ㅠㅠ

그러면 저의 실험목적은 폐의 유전자 발현변화이니 lung 전반에서 일어날 것이니 폐병변이 일어난 부위와 안 일어난 부위를 합쳐서 sampling하는 것이 좋을까요?

아니면 폐병변이 일어난 부위만 확인하는 것이 좋을까요?

아니면 아래 논문처럼 폐병변이 일어난 부위와 아닌 부위를 각각 따로 나눠서 유전자 발현변화를 보는게 좋을까요?

upload_image

(위 사진은 논문 Influenza A Virus Infection Causes Chronic Lung Disease Linked to Sites of Active Viral RNA Remnants에서 발췌한 내용입니다.)

인플루엔자 바이러스 감염시 단순히 발현의 유무를 판단할 때는 lung에서 주로 어떠한 방법으로 샘플링을 진행하는지 알 수 있을까요?

레벨8 SPEED
2021.05.03 15:02

채택답변
질문자가 채택한 답변입니다.

이런 실험은 infection된 부위는 당연히 sampling해야 하고 infection되지 않은

부위와 비교를 해야 할것 같습니다.

이렇게 해야 infection에 의한 gene의 변화라고 증명이 가능하며 조직 또한

sampling한 lung tissue의 infection +/-에 대하여 조직학적으로 증명을

해야합니다.

레벨2 오디야 (대학생)
2021.05.03 15:18

아 그렇군요...

인플루엔자 감염 time course결과

Mock, Day2, Day4는 일반 lung과 크게 변화가 없었으며 Day4에서는 lung이 조금 부은듯한 변화만 있었으며 Day6에서만 저렇게 빨갛게 되는 현상이 있어서 어떻게 sampling을 할지가 고민이었습니다. 처음에 tissue dissection시 사진을 찍었어야했는데 찍지 않았던게 너무 아쉽네요...

일단 Day4까지는 lung을 부위에 상관없이 같은 위치의 폐에서 sampling하고 Day6의 경우는 조직학적 변화가 있느냐 없느냐를 구분해서 sampling하는 것이 좋겠네요.

답변감사합니다~ 많은 도움이 되었습니다~!

레벨8 SPEED
2021.05.03 15:21

채택답변
질문자가 채택한 답변입니다.

감염 조직의 구분이 잘 안되면 몇번 연습을 하는 것도 좋습니다.

감염 + / - 조직으로 보이는 부위를 sampling하여 virus gene을 검출해

보세요.

조금이라도 gene이 나오면 감염된 조직으로 봐야 할겁니다.

레벨2 오디야 (대학생)
2021.05.03 16:40

virus감염은 감염여부등을 비롯해서 생각보다 고려해야할 사항이 많네욥

정말 많이 배워갑니다~!

고맙습니다.

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