Transformation 할 때 vector DNA를 1ug 사용하셨다는거 보니까 제한효소 처리할 때도 DNA를 엄청 많이 때려 넣으셨을 것 같은 생각이 드네요. 위에 뜬 밴드는 안 잘린 DNA 같아요. DNA양을 줄이시던지 제한효소 양을 늘려서 다시 반응시켜 보세요. 짤릴 겁니다. 아마도.
Gel 사진을 보면 좋겠는데 안잘린 밴드는 아래에 나오는게 정상이지 않을까요? 위에있는거면 Prep할때 Cell 상태가 안좋았다는걸로 여겨지네요. DNA Cut하고 왠만하면 젤 잘라서 extraction합니다. 프렙이 깔끔하고 실험하기 귀찮으면 mini prep kit으로 그냥 내려버려도 되긴하지만..