안녕하세요..?
미생물쪽...실험을 접하게 된지 얼마되지 않아서 모르는게 많습니다.
논문에 보니까,
PCR-DGGE : PCR primers targeting the v3-v5 region of 16S rDNA gene of all bacteria at the nucleotide positions 341-357 and 907-928(based on the 16S rDNA of Escherichia coli. accession no.(JO1859) wete used to amplify the 16S rDNA fragments of bacterial populations in the manure samples.
라고 나와있는데요..
v3-v5가 어떤 영역을 나타내는 건지요.?
답변 주시면 감사하겠습니다.
E. coli 16S rRNA를 기준으로 341-357nt 와 907-928nt 부분을 각각 V3와 V5라고 부릅니다.
이 부분은 16S rRNA 염기서열로 세균을 동정할때 매우 중요합니다.
왜냐하면 이 부분(특히 V3 region)의 염기서열이 세균마다 매우 다양하기 떄문입니다.
V3 region의 200bp 정도만 가지고도 대략 무슨 세균인지 알 수 있습니다.
16S sequence는 variable region과 conserved region이 동시에 존재합니다 그런 이유로 계통분류학적 분석에 이용되고 있기도 하구요. v3와 v5는 다른 v region과는 다르게 그 variation이 가장 큰 부분입니다. 바로 hyper-variable region이라고 하구요.
종간 보존적 부위와 차이나는 부위가 동시에 존재하는 특징으로 인해 identification에 이용됩니다.
첨부한 그림에서 보면 v3- v5가 있구요.
DGGE의 원리는 시퀀스의 차이로 band의 이동속도가 달라지는 원리를 이용한 polymorphism기법입니다. 즉 동일한 사이즈의 DNA도 dgge에서는 다른 이동속도를 보이기 때문에 다른 시퀀스는 다른 위치에서 band를 보입니다. 근데 보존적인 염기서열만을 증폭해서 dgge를 한다면 그 차이가 크지 않기 때문에 band pattern resolution이 많이 떨어집니다. 즉 분리가 잘 안된다는 얘기구요. 그래서 v3 region을 DGGE 분석에 많이 이용을 하고 있습니다.
