transcrition factor 의 경우 방향성이 중요한가요?

레벨1 쌩초보 ()

등록일 2004.04.24 00:00:00
조회1882

 promoter assay를 하려고 하는데요..

검색을 통해 여러분들이 말씀해주신 사이트에 들어가서 motif 검색을 해보니 많은 factor가 binding 하는 것 처럼 나오던데요...

죄송하지만 motif 검색으로 나온것이 sequence에 binding하는 factor맞죠? 

그런데..매우 많은 factor site가 나오는데.. 5''-3'' 이 아닌.. 3''-5''으로 binding하는 것 처럼 나와있는 Factor도 있는데요..

Transcription factor의 경우.. 방향성에 관계없이 작용을 하는지 궁금합니다..

꼭 좀 알려주세요...

#transcrition factor

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답변 2

답변등록

mack7ki (비회원)
2004.04.24 00:00

 promoter의 host에 따라서도 틀립니다...

동물이냐 아니면 식물이냐 등등의 host에 따라 역방향도 binding할 수 있습니다.

Delphinus (비회원)
2004.04.24 00:00

 그때그때 다릅니다.  ^^

해당 transcription factor가 어떤 작용을 하는지에 따라서 방향 뿐만 아니라 위치, 더불어 cooperation하는 cis-acting element가 무엇인지에 따라서도 그 역할이 달라집니다.
방향성이 중요한 factor가 있는가 하면, 그렇지 않은것도 있지요.
방향성이 중요한것을 예로들자면 PIC를 생각해볼수 있겠죠.
transcription에 관여하는 factor들은 일반적으로 promoter의 mechanical한 성격을 결정하기에 computational search를 통해 모든 성질을 파악할수 없습니다. 그건 어디까지나 추측과 가설에 불과합니다.
일단 그 factor가 정말로 binding하는지도 실험을 해보기전에는 알수가 없는거구요...

예를들어 같은 transcription factor임에도 불구하고 어떤 프로모터에서는 activator로 또 다른 프로모터에서는 repressor로 그 역할이 달라지는것을 볼수가 있습니다.

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