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VEGF의 promoter에서 VEGF를 induction시킬 수 있는 transcription factor는 어떤게 있을까요?

레벨1 SYC ()

등록일 2007.06.08 19:59:40
조회2766

아주 초보입니다.
우연히 VEGF가 induction되는 조건을 잡아서 어떤 mechanism을 타고 가는지 알고 싶은데 VEGF에 관련된 transcription factor 조차도 모릅니다.
HIF가 많이 알려진 듯한데 더 아시는 것이 있는지 고수님들의 조언부탁드립니다.

#VEGF
#transcription facotr

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답변 1

답변등록

이충구 (비회원)
2007.06.08 20:18

TFBS prediction을 해보시는건 어떻세요? ^^
reference를 통해 이미 알려진 것들에 대해서도 찾아보시구요.
VEGF에 대한 것은 promoter 스터디가 잘되어 있지 않나요?

transcription factor binding site prediction은 여러 web-based tool 이 많습니다.
쉽게 검색을 통해 찾으실 수 있구요.
제가 자주 사용하는건 rVISTA 입니다. 
한번 시도해 보세요. 

하지만 말그대로 prediction 이므로 예측이 너무 많은 false positive를 가지지 않게 그리고 DNA binding 경우 manual 한 방법으로 consensus seq의 존재 유무를 확인해 주시는것도 FP를 줄이는데 도움이 되구요. 마지막은 꼭 실험으로 확인하셔야 된다는거. ^^
좋은 결과 기원합니다.

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