RNA nanodrop a260/230 ratio 문제 | 실험 Q&A > 커뮤니티

Q RNA nanodrop a260/230 ratio 문제

레벨02 마윤 (대학원생)

안녕하세요

현재 trizol을 사용하여 RNA extraction을 진행하는 중인데, A260/230 ratio가 항상 낮아 (0.6~1.5) 고민입니다..

A260/280은 항상 1.8~2.0사이로 잘 나오는 편인데, 230만 저러더라구요..

해당 문제를 해결해보기 위해 해본 방법들로는

1. 에탄올 완전 제거: 뚜껑 및 벽면의 작은 에탄올들까지 석션기로 석션 이후 바닥의 펠렛을 제외한 에탄올은 모두 p10으로 제거

2. heat block에서 완전 건조하여 에탄올 날리기

3. trizol-> chloroform-> centrifuge 이후 상층액 매우 조금 따기 (trizol 500ul+chloroform 100ul 기준, centri 이후 100ul만 땀)

4. 70% 에탄올 워싱단계 2번

이렇게 해보았는데도 여전히 230ratio가 낮습니다..

DNA로 midiprep할 때는 전혀 문제가 없는데, RNA를 할 때만 문제가 있어요

Midi에서는 문제가 없었던 것으로 보아 에탄올을 잘 말리지 않라서 생긴 문제는 아니라고 보는데요.. ㅠㅠ (똑같이 실험을 해서요..)

어느 단계에서 trouble shooting이 필요한지 모르겠습니다.. 도와주세요..

Mol. Biol.-RNA > Purification/Isolation

A 답변 2

1. trizol-> chloroform-> centrifuge 이후 상층액 매우 조금 따기 후, chloroform extraction을 한 번 더 시도 해 보세요.

2. RNase-free water 를 쓰고 있을거라 생각합니다.

3. 다른 실험실에 있는 나노드롭을 써보세요.

4. 혹시 RNA clean-up kit 있으면 column을 써 보세요.

5. 혹시 RIN 갑은 어떤가요?

6. 260/230 이 낮다고 qPCR이 안되고 그러는건 아니니, 한 번 해보세요.

제 경험상 70% 에탄올 첨가하고 세척 시간을 주면 좀 나아졌던 걸로 기억합니다.

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(일반인)

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