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안녕하세요.. 석사 2학기중인 대학원생입니다.. 제가 CE formation 하려고 HaCaT cell 을 키우고 있는데 seeding을 하고 하루 지난뒤 상태 확인했는데 사진과 같은 상태여서요.. 혹시 이런 상태면 cell이 어떤상태일지 알 수 있을까요..? cell이 뜬것일까요...? 잘 키우고 독성실험도 마무리했는데 이렇게 seeding 한 후 이런 상태는 처음봐서요ㅠㅠ 조언 부탁드립니다..! 정말 감사하겠습니다...........

2023.11.30

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Intro) 안녕하세요, Bioinformatics 공부를 하고 있는 학위과정생입니다. 주변 사람에게 배울 기회가 되지 않아 혼자 해보고 있는데, 특정 cancer의 TCGA data(microarray, 환자정보 등)를 cBioportal에서 다운로드 하고, 수만가지의 유전자 목록과 발현량이 나와있는 (sample:500명 정도의 환자) 데이터를 가공했습니다. 특정 한가지 유전자(Gene A)의 발현량의 median 값을 기준으로 TCGA Sample이름들을 High-n, Low-n로 분류하여 GSEA program을 사용해서 GSEA결과와 함께, enrichment score가 높은 순서대로 ranked genes list를 얻었어요. Question) 이 다음 분석으로 pathway analysis를 해보고 싶은데 논문들에 나온 것 처럼 (Gene A)High vs Low를 관련 pathway에 대해 bar plot, dot plot등으로 나타내고 싶은데, (pathway view/KEGG 사이트에서 볼 수있는 map형태 말고) 환자500명정도의 유전자별 발현도 microarray data만으로는 진행할 수 없나요? 그렇다면 GSEA결과를 사용하면 되는 걸까요? ES 순서대로 나열된 수만개의 gene list에서 특정 갯수만큼 추출해서 Enrich R 같은 사이트를 이용해야하나요?... (ES 높은 유전자 500개 정도를 넣어서 해봤는데 옳게 하고 있는건지 잘 모르겠습니다.) 아니면 R(프로그래밍언어)에서 KEGG / GO plot등을 만드려고 할때 불러올 raw데이터의 구성이 어떻게 되어야하는지, 알려주실 bioinformatics 고수 선생님 계실까요? 혼자 찾아보고 앓고있는데 도저히 답이 안보여서 질문 남깁니다. 읽어주셔서 감사합니다.

2023.11.30

Q

안녕하세요 현재 실험으로 샘플에 propidium monoazide(PMA)를 사용하고 있습니다. 기존에 다른 실험에서 DNA yield를 측정할 때 nanodrop을 사용했는데 PMA를 처리 한 후에는 DNA의 양이 좀 적게 나옵니다. 다른 reference 찾아보니 PMA 처리시 DNA의 양이 정상보다 적게 측정된다고 하는데 정확하게 측정하고 싶다면 어떻게 해야할까요?? QUBIT 사용하면 좀 괜찮을까요??

2023.11.30

Q

안녕하세요. gDNA prep시 전기영동 통해 DNA 상태를 파악하는데, 1. protein 이 DNA보다 작을텐데 protein contam이 어떻게 DNA band보다 위에 있는걸 뜻하는지 궁금합니다. 2.gDNA가 게놈DNA인데 이는 절단되지 않은 그 아주 긴~~ DNA를 말하는게 맞지요? 그렇다면 더더욱 protein이 더 작을텐데 왜 DNA band 위에 나타나는게 protein contam인가요? 3. 또한, gel stain의 경우 DNA,RNA만 염색하는 것 아닌가요? 왜 protein도 염색이 되는지 궁금합니다. 읽어주셔서 감사합니다. 답변해주시면 정말 감사드리겠습니다. 좋은 하루 보내세요~^^

2023.11.30

Q

안녕하세요. HPLC 분석 관련하여 질문이 있습니다. 제가 표준품은 10 uL로 인젝션을 하였고 샘플을 20uL로 인젝션을 하였는데, 이런경우 표준품의 Area값에 2를 곱해주고 계산해야 알맞은 것일까요? 답변 부탁드립니다.

2023.11.30

Q

안녕하세요 선배님들! PDRN이라는 시험물질을 동물의 피와 혼합하여 용혈반응 검사를 진행하고자 합니다. 목적은 시험물질이 정맥투여 되어도 문제가 없는지 확인해보기 위함입니다. 위와 같은 실험을 진행할 때 사용하는 용혈반응검사용 Kit가 있을까요? 제가 찾아본 Kit는 아래와 같은데 해외 배송이라 배송기간이 너무 길어서요 ㅠㅠ 조언 부탁드립니다. 감사합니다!

2023.11.30

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안녕하세요. Agro primer 때문에 고민인 대학원생입니다. 제가 클로닝한 Agro는 EHA105입니다. 형질전환시킨 캘러스의 DNA를 추출하였고, 이를 가지고 Hygromycin 프라이머와 원하는 gene의 프라이머를 이용하여 각각 PCR을 돌려서 제가 원하는 밴드가 나온것을 확인했습니다. 다만 캘러스에 직접 접종을 하다보니 캘러스에 Agro가 묻어있을 수 있어 위 2가지 PCR 결과를 믿기 힘들다고 하십니다. 아그로박테리움에 특이적인 프라이머를 사용해 PCR을 하여 밴드가 뜨지 않는다면 믿을만하다 하셨습니다. 교수님께서는 Agrobacterium 만의 특이적인 프라이머가 따로 있다고 하여서 논문을 찾아보고 있는데 찾을 수가 없어 글을 올립니다. 1. Agrobacterium strain에 따라 염기서열이 다른지 2. EHA105에 특이적으로 반응하는 프라이머 set (Foword/Reverse primer sequence) 자세하게 가르쳐주세요. 감사합니다.

2023.11.30

Q

Maltose의 분자가 alpha-glucosidase의 효소와 반응을 일으키면 alpha-glucoside bond를 깨서 2분자의 glucose를 만든다고 알고 있는데 그렇다면 [(생성된glucose 양/180.16)×10^6]/time(min)×enzyme(ml) = x unit/ml 가 맞나요? 아니면 2분자라서 앞의 ×2를 하는 것이 맞나요..?

2023.11.30

Q

전기영동 후 밴드 하나가 양옆으로 늘어나는 것은 어떤 경우인가요?

2023.11.30

Q

안녕하세요 2학년 생명공학과 대학생입니다...! 아직 모르는게 너무 많고 검색해봐도 용어가 어려워 여기 여쭤봅니다... 제가 작년부터 파이썬에 관심 있어서 잘 하지는 못 하지만 꾸준히 배워왔는데요. 얼마전에 생물정보학이라는 분야가 있다는 걸 알게됐습니다. 찾아보니까 파이썬같은 언어를 이용해서 대규모의 생물 정보들을 분석하는 그런 분야더라고요. 잘 몰라서 제가 이해한게 아닐 수도 있지만요... 흥미로워 보이기도 하고 파이썬을 배우고 있으니까 저도 진지하게는 말고 생물정보학을 맛본다는 수준에서 파이썬을 이용해 염기 서열을 간단하게나마 분석해보고 싶다는 생각을 했습니다. 마침 1학기 때 방선균의 분리 및 동정 실험을 하면서 방선균의 16 rRNA 염기 서열 파일을 받은 게 있는데 지금도 가지고 있어요. 파이썬을 이용해 16s rrna 분석 관련한 아이디어 같은거 알려주실 분들 있으실까요...? 제가 떠오르는건 아데닌 몇 개 구아닌 몇 개 개수 세는 것밖에 없어서요...

2023.11.30