Q

안녕하세요. Agro primer 때문에 고민인 대학원생입니다. 제가 클로닝한 Agro는 EHA105입니다. 형질전환시킨 캘러스의 DNA를 추출하였고, 이를 가지고 Hygromycin 프라이머와 원하는 gene의 프라이머를 이용하여 각각 PCR을 돌려서 제가 원하는 밴드가 나온것을 확인했습니다. 다만 캘러스에 직접 접종을 하다보니 캘러스에 Agro가 묻어있을 수 있어 위 2가지 PCR 결과를 믿기 힘들다고 하십니다. 아그로박테리움에 특이적인 프라이머를 사용해 PCR을 하여 밴드가 뜨지 않는다면 믿을만하다 하셨습니다. 교수님께서는 Agrobacterium 만의 특이적인 프라이머가 따로 있다고 하여서 논문을 찾아보고 있는데 찾을 수가 없어 글을 올립니다. 1. Agrobacterium strain에 따라 염기서열이 다른지 2. EHA105에 특이적으로 반응하는 프라이머 set (Foword/Reverse primer sequence) 자세하게 가르쳐주세요. 감사합니다.

2023.11.30

Q

Maltose의 분자가 alpha-glucosidase의 효소와 반응을 일으키면 alpha-glucoside bond를 깨서 2분자의 glucose를 만든다고 알고 있는데 그렇다면 [(생성된glucose 양/180.16)×10^6]/time(min)×enzyme(ml) = x unit/ml 가 맞나요? 아니면 2분자라서 앞의 ×2를 하는 것이 맞나요..?

2023.11.30

Q

전기영동 후 밴드 하나가 양옆으로 늘어나는 것은 어떤 경우인가요?

2023.11.30

Q

안녕하세요 2학년 생명공학과 대학생입니다...! 아직 모르는게 너무 많고 검색해봐도 용어가 어려워 여기 여쭤봅니다... 제가 작년부터 파이썬에 관심 있어서 잘 하지는 못 하지만 꾸준히 배워왔는데요. 얼마전에 생물정보학이라는 분야가 있다는 걸 알게됐습니다. 찾아보니까 파이썬같은 언어를 이용해서 대규모의 생물 정보들을 분석하는 그런 분야더라고요. 잘 몰라서 제가 이해한게 아닐 수도 있지만요... 흥미로워 보이기도 하고 파이썬을 배우고 있으니까 저도 진지하게는 말고 생물정보학을 맛본다는 수준에서 파이썬을 이용해 염기 서열을 간단하게나마 분석해보고 싶다는 생각을 했습니다. 마침 1학기 때 방선균의 분리 및 동정 실험을 하면서 방선균의 16 rRNA 염기 서열 파일을 받은 게 있는데 지금도 가지고 있어요. 파이썬을 이용해 16s rrna 분석 관련한 아이디어 같은거 알려주실 분들 있으실까요...? 제가 떠오르는건 아데닌 몇 개 구아닌 몇 개 개수 세는 것밖에 없어서요...

2023.11.30

Q

mouse brain을 perfusion 한 다음에 oct mold를 만든 후 section 을 하려고 합니다. 원래는 floating 으로 염색을 했는데 이번에는 brain을 썰어서 바로 slide glass 위에 올린 후에 염색을 하려고 합니다. 슬라이드 글라스 위에 쭈굴쭈굴하지 않게 잘 붙이는 법 알려주세요.. 감사합니다 :)

2023.11.29

Q

Mouse tail을 사용해서 Genotyping을 하고있는 석사 1학기 입니다. DNA extraction 해서 real time-PCR을 돌려서 genotyping을 하고 있는데요. 엘피스바이오텍 - EzPCR XO 5X Master Mix를 사용해서 진행하고 있습니다. 똑같은 조건으로 실험을 진행해도 할 때 마다 결과가 들쑥 날쑥 합니다. 10번 실험하면 1번 깔끔하게 나올까 말까 합니다. two band가 확실하게 구분되어야 하는데 one band가 나와도 dimer가 진하게 나와 이걸 band로 봐야할지, dimer로 봐야할지 판단이 되지 않을 때가 많습니다. dimer 없이 깔끔하게 밴드가 나오려면 어떻게 해야 할까요? <조건> DNA Concentration : 100ng Agarose gel : 1.2% 전기영동 Running condition : 100V, 30min PCR condition (40 cycle) 95 ℃ - 2 min 95 ℃ - 20 sec 64 ℃ - 30 sec 72 ℃ - 30 sec ------------------------- Wild type : 216bp Hetero : 129, 216bp Mutant : 129bp

2023.11.29

Q

HepG2N cell을 6well에 seeding 한 후 실험 수행 중입니다 일주일간 실험을 진행하는데 cell을 고르게 seeding 했음에도 날이 지날수록 아래의 사진처럼 cell이 그냥 사라집니다 빗금 친 부분에만 셀이 존재하구요 저 빈 공간이 제가 석션을 하고 PBS 및 배지를 넣는 부위라 몇가지 가설을 세워봤는데 다 해당 사항 없습니다 1. cell 상태가 좋지 않아서 조금의 자극에도 떨어져나간다 -> 저와 동시에 실험을 진행하는 동기에게선 이런 현상이 안 나타납니다 2. 석션을 세게, 셀에 닿게 한다 -> 웰의 벽쪽으로 석션을 하고 아무리 셀에 닿는다 한들 보통 셀이 찢어지지 이렇게 말끔하게 사라지지 않는다고 해요 3. PBS나 배제를 세게, 셀에 닿게 넣는다 -> 마찬가지로 웰 벽쪽으로 넣고 정말 살살 넣습니다 4. infection 하는 virus 농도가 높다 -> virus만 풀로 넣어도 저와 같은 현상이 나타나지 않은데다 저렇게 특정 부위만 사라지지 않을 거 같습니다 제가 셀에 타격을 주는 거 같은데 정말 원인을 모르겠습니다 도움 부탁드려요

2023.11.29

Q

안녕하세요 FMDV 가지고 일루미나 iseq100 기기로 NGS를 진행하였는데요. Qiagen FX single cell RNA library kit로 진행하였는데, 평소 사용했던 어댑터를 사용하지 않고 새로 들여온 어댑터를 사용했거든요. 어댑터가 바뀌면서 프로토콜 자체가 많이 바뀌지는 않았는데 중간 중간 들어가는 시약 몇종류 용량만 조금 바뀌고 달라진게 없거든요 .. 근데 일루미나 iseq100 장비로 돌려보니 결과가 하나도 분석이 안되고 undetermined되었는데 ,, 어댑터가 인식이 안되어서 그런건지 ㅠ 혹시 qiagen / 일루미나 기기로 NGS 하신 분들 중에서 결과가 undetermined 되신 적이 있는지. 그렇다면 어떻게 다시 결과를 얻었는지 궁금합니다 !!

2023.11.29

Q

HPLC를 진행하고 있는 초보 대학생입니다.. 다름이 아니라 Blank를 측정하였을때 초반 부분에서 피크가 나왔습니다. 이후에 같은 조건으로 표준품도 측정하였는데 똑같은 부분에서 피크가 발견 되었습니다. 이는 아무래도 컬럼이 오염되어서 그런것 같은데 제가 이상하다고 생각한 부분은 표준품을 측정 하였을때 오염으로 의심되는 피크 이외에 아무것도 검출되지 않았습니다.. 오염이 있다면 오염된 부분 피크가 나타나더라도 원래 성분의 피크는 나타나야 하는것 아닌가요? 농도도 1mg/mL까지 증가시켜 보았지만 그대로입니다.. 같은 증상을 겪고 해결하신분 있을까요..? C18 컬럼 이용하였고 이동상으로는 아세톤니트라일과 워터 사용했습니다. 둘다 HPLC등급으로 이용하였습니다.

2023.11.29

Q

세균수를 측정하기 위해 건강기능식품공전상에 나와있는 4.5.1 일반세균수 표준평판법으로 시험을 진행중인데, 기관마다 측정값이 너무 다르네요 A기관에서는 천만근처인데, 제가했을 때는 5백만근처고, 또 다른 B기관에 검사 의뢰를 하면 2천만이라고 하고, 근데 또 제가 했을때나, 같은 시료로 같은 기관에 검사의뢰를 했을때는 거의 비슷한 결과 나와요 EX) A기관 -> 1.0E+07 , 1.3E+07 , 9.0E+06 B기관 -> 2.0E+07 , 2.2E+07 , 2.3E+07 저 -> 5.0E+06 , 4.6E+06 , 5.2E+06 이런식으로 평판계수법이 원래 이렇게 측정자마다 오차가 큰 시험법인가요?? 누굴 믿어야 될까요??

2023.11.29