qPCR을 위한 프라이머를 짤 때 genomic DNA와 target이 겹쳐도 문제 없나요? | 소리마당 > 커뮤니티

소리마당 학술

qPCR을 위한 프라이머를 짤 때 genomic DNA와 target이 겹쳐도 문제 없나요?

크리스12 (대학원생)

등록일 2023.02.01 11:41:13
조회1455

안녕하세요~ 항상 큰 도움 주셔서 감사합니다.

세포에서 RNA를 뽑아서 cDNA로 합성해놓았고, 몇 가지 gene에 대한 expression level을 조사하기 위해 qPCR을 수행하려고 합니다.

여기서 질문 드립니다 ㅎㅎ..

프라이머를 짤 때, Foward primer와 reverse primer에 의해 커버되는 영역이 genomic DNA에는 없고,

cDNA에만 있어야 정확한 결과를 얻을 수 있다고 생각하는데, 저의 생각이 맞는지요?

저의 cDNA 샘플 안에 혹시라도 genomic DNA가 존재할 수도 있기 때문에, 프라이머의 타겟이 genomic DNA에도 존재하면 genomic DNA를 template으로도 반응이 일어날 수 있을 것 같다는 것이 제 생각입니다.

즉, 하나의 exon 안에 있는 sequence를 target으로 하면 안되고,

genomic DNA 상태에서는 하나 이상의 intron에 의해 분리되어있다가, mRNA로 가공되었을 때에만 스플라이싱에 의해 이어지게 되는 구간을 target해야 혹시 모를 genomic DNA contamination에 의해 결과가 영향을 받는 것을 예방할 수 있지 않을까요?

예전에 선배들이 주문해놓은 primer들을 보니까 genomic DNA와 cDNA가 완전히 일치하는 구간을 target으로 해서,, 이걸 써도 되는지 싶어서 노파심에 질문 드립니다..