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안녕하세요, SW 관련 학과 학생인데 염기서열 분석과 관련해서 질문드립니다.

guest (비회원)

등록일 2022.12.21 21:54:34
조회1346

제가 나방속 각기 다른 19종의 나방의 염기서열 데이터를 가지고 비슷한 유전자끼리 묶는 작업, 그러니까 계통도를 그리고 싶습니다.

관련 내용들을 찾아보니 pairwise alignment 등의 내용이 나오던데 쉽게 읽히질 않아서 단순히 one-hot encoding을 통해 값을 매핑하고 cosine similarity로 값을 구한 후 hierarchical clustering을 진행하려고 하는데 아무리 생각해도 올바른 방법이 아닌 거 같아 질문을 드립니다.

궁극적으로 19 x 19 크기의 유사도 테이블을 생성하고 이를 바탕으로 계통도를 그려내고 싶습니다.

작업은 파이썬으로 진행하려고 합니다.