[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
랩박스 - Neuroscience
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
전체보기 추천논문 상위피인용논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
김빛내리
김빛내리 (V. Narry Kim) 저자 이메일 보기
서울대학교, 기초과학연구원
 
조회 341  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Bias-minimized quantification of microRNA reveals widespread alternative processing and 3′ end modification
열기 Authors and Affiliations

Abstract

MicroRNAs (miRNAs) modulate diverse biological and pathological processes via post-transcriptional gene silencing. High-throughput small RNA sequencing (sRNA-seq) has been widely adopted to investigate the functions and regulatory mechanisms of miRNAs. However, accurate quantification of miRNAs has been limited owing to the severe ligation bias in conventional sRNA-seq methods. Here, we quantify miRNAs and their variants (known as isomiRs) by an improved sRNA-seq protocol, termed AQ-seq (accurate quantification by sequencing), that utilizes adapters with terminal degenerate sequences and a high concentration of polyethylene glycol (PEG), which minimize the ligation bias during library preparation. Measurement using AQ-seq allows us to correct the previously misannotated 5′ end usage and strand preference in public databases. Importantly, the analysis of 5′ terminal heterogeneity reveals widespread alternative processing events which have been underestimated. We also identify highly uridylated miRNAs originating from the 3p strands, indicating regulations mediated by terminal uridylyl transferases at the pre-miRNA stage. Taken together, our study reveals the complexity of the miRNA isoform landscape, allowing us to refine miRNA annotation and to advance our understanding of miRNA regulation. Furthermore, AQ-seq can be adopted to improve other ligation-based sequencing methods including crosslinking-immunoprecipitation-sequencing (CLIP-seq) and ribosome profiling (Ribo-seq).

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2019년 01월 (BRIC 등록일 2019-01-03)
- 연구진: 국내연구진태극기
m6A 변형에 의해 유도되는 RNA의 내부적 붕괴[Mol. Cell]
박옥현
발표: 박옥현 (고려대학교)
일자: 2019년 6월 21일 (금) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
CRISPR-BetaBinomial(CB2) 기법을 이용한 CRISPR pooled screen data 분석[Genome Res.]
정현환
발표: 정현환 (Baylor College of Medicine, Texas C...)
일자: 2019년 6월 26일 (수) 오전 10시 (한국시간)
언어:
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
목록
코리아바이오믹스
관련링크
김빛내리 님 전체논문보기 >
관련인물
Tuan Anh Nguyen (서울대학교)
강봉균 (서울대학교)
권성철 (기초과학연구원/서울대학교)
김동완 (서울대학교, 기초과학연구...)
김백규 (서울대학교, 기초과학연구...)
김보선 (서울대학교)
김수진 (KAIST)
김영국 (전남대학교 의과대학)
김유식 (KAIST)
김지미 (서울대학교)
김진수 (서울대학교, 기초과학연구...)
김해동 (서울대학교, 기초과학연구...)
김화 (서울대학교)
박성연 (서울대학교)
박종은 (서울대학교)
박좋아 (서울대학교, 기초과학연구...)
양한광 (서울대학교)
여진아 (기초과학연구원)
염규현 (서울대학교)
용정식 (University of Pennsylvani...)
우재성 (고려대학교 생명과학과)
위갑인 (서울대학교)
유권태 (기초과학연구원, 서울대학...)
유남경 (서울대학교)
유지은 (서울대학교)
이미혜 (서울대학교)
이영석 (서울대학교, 기초과학연구...)
이윤태 (POSTECH)
이정현 (서울대학교)
이혜림 (서울대학교, 기초과학연구...)
임재철 (Yale University School of...)
장혜식 (기초과학연구원)
정교원 (서울대학교)
조준 (서울대학교)
주철민 (Delft University of Techn...)
최연길 (서울대학교)
하민주 (서울대학교)
한진주 (의과학대학원, 한국과학기...)
허인하 (서울대학교)
현서강 (중앙대학교)
외부링크
Google (by V. Narry Kim)
Pubmed (by V. Narry Kim)
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
생물정보 빅데이터 분석 UCC 공모전
생물정보 빅데이터 분석 UCC 공모전
날짜: 2019.08.22
주관: K-Genome 유전체빅데..
[BRIC Webinar]CRISPR-BetaBinomial(CB2) 기법을 이용한 CRISPR pooled screen data 분석-정현환 (Baylor College of Medicine, Texas Children’s Hospital)
대구경북과학기술원(DGIST) 뇌·인지과학전공 3-DAY INTENSE BRAIN BOOTCAMP
대구경북과학기술원(DGIST) 뇌·인지과학전공 3-DAY INTENSE BRAIN BOOTCAMP
사전접수: ~2019.06.30
날짜: 2019.07.10~12
장소: 대구경북과학기술원 (DGIST) 뇌·인지과학전공
[BRIC Webinar]m6A변형에 의해 유도되는 RNA의 내부적 붕괴-박옥현(고려대학교)
[재직자 무료교육] 의약품 GMP 품질관리 실무(2일과정)
[재직자 무료교육] 의약품 GMP 품질관리 실무(2일과정)
사전접수: ~2019.07.10
날짜: 2019.07.11~12
장소: 청주시 흥덕구 오송생명1로 194-41 충북산학융합본부
[대졸 미취업자]바이오QC 실무과정 7기 모집
[대졸 미취업자]바이오QC 실무과정 7기 모집
날짜: 2019.09.02~06.12
장소: 성남시 분당구 황새울로 329번길 5
2019 대성해강미생물포럼
2019 대성해강미생물포럼
날짜: 2019.06.20
장소: 웨스틴 조선호텔 서울 오키드룸
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
에펜도르프코리아