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 전체 > Molecular Biology-RNA > Purification/Isolation
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질문 total RNA 전기영동 사진 좀 봐주세요 ㅠㅠ
초보  |  2010.04.21 20:16
첨부파일 파일첨부: 123.bmp (217 KB)
DNA만 주구장창 뽑다가
Trizol reagent를 사용해서 처음 rna를 뽑아봤는데요

짙은 밴드 두개가 떠야 되는걸로 알고 있는데
2-6번까지 라인이 rna뽑은 결과입니다.

로딩은 3ul했구요.
로딩양이 많아서 그럴수도 있나요? ;;

너무 밴드가 smear해서 rna가 깨진 거 같긴한데 ㅠㅠ
어떤 상탠지 해석 좀 부탁드립니다...

이런 상태로 Real-time돌리면 안되겠죠? -.ㅠ 흑
#rna
#전기영동
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
wowphils  |  2010.04.21    

사진으로 봐서는 RNA가 RNase에 의해 degradation 되어있는 것 같습니다. 

그렇다고 로딩양의 문제는 아닌듯 싶습니다. 

저의 경우도 마찬가지로 2ul의 total RNA와 1ul의 RNA sample loading bf를 mix하여 걸어줄 때, 두개의 밴드가 명확하게 뜹니다. 

이렇게 smear하게 뜨는 것은 아무래도 현재의 RNA 상태가 좋지 않다고 판단됩니다. 

따라서 Real-Time을 이 샘플을 갖고 하면 잘못된 결과를 가져오기 때문에, 처음부터 RNA를 다시 뽑는 것이 좋을 것이라 생각됩니다. 그리고, 상태가 좋지 않은 샘플로 Real-time을 하게 되면 실험자가 실험 결과에 대해 계속 의심을 하게 될 것 같습니다.  


RNase로 부터 조심하시면 RNA 추출은 큰 문제가 없을 것 같습니다.

일단, 현재 사용하시는 tip, D.W, e-tube 등은 모두 autoclave 후 사용하시고, TBE bf도 새로 만들어서 사용해 보세요.

그럼 좋은 결과 있길 바랍니다.



위암  |  2010.04.22    
첨부파일 파일첨부: Minimum Information for ublication of Quantitative Real-Time PCR Experiments.pdf (114 KB)
RNA를 뽑으셨는데, 결과가 좋지 않습니다. 대부분이 분해되었습니다.

요즘은 RNA를 Gel 전기영동으로 확인하지 않습니다. 이유는 정확한 기준점을 가지고 진행할 수 없기 때문입니다.

RNA를 정확하게 QC하는 것은 상당히 중요합니다. RNA의 상태에 따라 결과가 너무 다르게 나오기 때문입니다.

RNA QC standard 장비 bioanalyzer를 소개해 드립니다.

RNA가 분해되었으면, 얼마나 분해되었고, 분해 되지 않았으면, 얼마나 좋은지, RNA에 DNA가 포함되어 있지 않은지 등을 확인할 수 있습니다. 인체자원조직은행에서는 RNA 정도관리로 RIN 값만 채택해 사용합니다.

또한 RNA의 상태에 따라 standard된 RIN number를 제공해 줍니다. RIN 사용 논문 수가 1만여편 정도 됩니다.

바로 Agilent 2100 Bioanalyzer 입니다.

링크에서 확인하실 수 있습니다.

http://www.genomics.agilent.com/GenericB.aspx?PageType=Family&SubPageType=FamilyOverview&PageID=183


Real-time PCR 실험시 도움이 되도록 Real-time PCR Guidelines 논문을 소개해 드립니다.

- clinical Chemistry에서 나온 MIQE Guidelines 을 첨부합니다.
 
Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments

자세한 설명이 필요하신 분은 언제든지 연락 부탁드립니다.


Agilent 2100 Bioanlayzer 담당자: 천재우 팀장(010-7338-9668)

코리아바이오믹스  |  2010.04.23    
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