[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
랩박스 - Neuroscience
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
전체보기 한빛사논문 추천논문 상위피인용논문 그이후 한빛사통계
권민진
권민진(Min Jin Kwon) 저자 이메일 보기
Technische Universität Berlin
  논문초록보기
조회 889  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Updating genome annotation for the microbial cell factory Aspergillus niger using gene co-expression networks

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드

국균 (Aspergillus)은 인간 병원균인 A. fumigatus, 모델 생물 A. nidulans 그리고 산업적으로 이용되고 있는 누룩 곰팡이 (A. oryzae), 흑 곰팡이 (A. niger)등이 속해 있습니다. 본 논문에서는 공개적으로 이용 가능한 155 개의 다른 배양 조건들의 흑 곰팡이 전사유전체 (transcriptomics) 자료를 이용하여, 유전자 동시발현 네트워크 (gene co-expression network)를 구축하였습니다.

이 네트워크를 이용하여 2차 대사물질 (secondary metabolites)의 발현을 제어하는 global 전사 인자를 찾는 것 또한 이 논문의 목적이었습니다. 흑곰팡이는 특히 78 개의 2차 대사물질 cluster (secondary metabolite cluster)를 가지고 있다고 예측되고 있습니다. 그래서 이 특정 대사 물질 cluster의 메인 합성 효소 유전자와 동시발현을 가지고 있는 두 개의 전사인자를 찾아서, 이 두 개의 전사인자를 과다 발현 또는 제거 함으로써 이차 대사물질의 발현 또는 생산이 어떻게 변화하는지를 실험하였습니다. 다행히 가설했던 것처럼, 선택되었던 전사인자 두 개 모두 2차 대사 물질의 발현 또는 생산에 변화를 가져왔습니다. 

더 나아가 지금까지 약 14,000 개의 추정되는 유전자 중 실험적으로 생물학적 기능이 증명된 유전자는 2 % (247)에 불과합니다. 이 네트워크를 통해서 대다수의 가설적 (hypothetical) 유전자들 (~9,000)의 기능을 유추할 수 있도록 하였습니다.

이 동시발현 네트워크는 FungiDB (http://fungidb.org/) 라는 데이터 베이스에 공유됨으로써 앞으로 다른 연구자들에게도 도움이 될 것이라고 기대합니다.

에피소드
이차 대사 물질 cluster가 보통 실험실 배양 조건에서는 발현이 잘 또는 아예 되지 않은 상황이고, 그리고 마이크로 어레이의 특성상 동시발현과 배경소음 (Background noise)의 구별이 어려웠습니다. 결국 전체 네트워크를 최소 몇 개의 배양 조건에서 발현 되는 유전자들로 제한함으로써 더 역량 있을 두 개의 전사 인자를 발견하게 되었습니다.

선택한 전사 인자 중 하나는 희귀한 균핵 (sclerotia) 생산을 보여주었는데, 이것을 발견하고는 많이 기뻐했던 기억이 있습니다. 원래 흑곰팡이는 무성생식을 하며, 보통의 배양조건에서는 균핵 생산을 하지 않는데, 이 균핵은 곰팡이의 생식과 발달에 관여한다고 알려져 있으며, 또한 이차 대사물의 발현 또는 생산과도 밀접한 연관성이 예상되었기 때문입니다.

2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다.

저는 베를린 공과 대학교 (Technische Universitat Berlin) 응용 분자 미생물 학과 (Department of Applied and Molecular Microbiology) 에 소속되어 있습니다. Vera Meyer 교수님과, 다수의 박사 후 연구자분, 그리고 박사/석사 과정 학생분 들과 다양한 연구를 수행하고 있습니다. 대표적인 연구로는 Aspergillus를 이용한 대사물질 생산, 분비, 그리고 항진균제  (Antifungal agents) 생산 및 개발 등이 이루어 지고 있습니다. 

3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람

연구란 예상한 데로 항상 되는 것이 아니지만, 포기하지 않고 계속 생각하고 노력하다 보면 그 전에는 보이지 않던 새로운 길이 열리는 시기가 온다고 생각하면서 노력하고 있습니다.  

4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?

열정이 있으시다면 길은 열리게 되어 있다고 말씀 드리고 싶습니다. 유럽은 등록금이 거의 무료에, 월급을 받을 기회도 많기 때문에, 공부하시면서 생활이 크게 어렵진 않다고 생각합니다.   

5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?

대사 물질 생산과 유전자 조작 연구를 지금 하고 있고, 앞으로 산업 쪽으로 경력을 이어 나가고 싶습니다.

6. 다른 하시고 싶은 이야기들....

일단 제가 동서대학교와 베를린 공대와의 이중 학위 과정을 통하여 독일에서 좀 더 쉽게 공부할 수 있는 길을 열어주신 동서대학교의 조만기 교수님 그리고 김정선 교수님께 감사의 인사를 드리고 싶습니다. 그리고 석사 과정에서부터 지금까지 한결같이 열정과 긍정적인 기운을 북돋아 주신 벌써 10년의 인연이 된 Vera Meyer 교수님께도 감사 드립니다. 그리고 항상 저를 따뜻하게 응원해 주는 남편, 그리고 독일 땅에서 밝고 씩씩하게 잘 자라고 있는 딸 지민, 민서 에게 정말 사랑하고 고맙다고 말하고 싶습니다. 한국에 계시는 소중한 가족 분들께도 역시 감사의 말씀을 드리고 싶습니다. 마지막으로 한빛사에 소개되어 정말 영광스럽게 생각합니다. 감사 드립니다.        


 등록일 2018-12-18
Category: Genomics, Genetics
  댓글 0
등록
목록
라이카코리아
관련링크
권민진 님 전체논문보기 >
외부링크
Google (by Min Jin Kwon)
Pubmed (by Min Jin Kwon)
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
에펜도르프코리아